PDB-4l99: Structure of the RBP from lactococcal phage 1358 in complex with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4l99

タイトル

Structure of the RBP from lactococcal phage 1358 in complex with glycerol

要素

Receptor Binding Protein

受容体

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) /

beta sandwich domain / phage receptor binding protein / Lactococcus lactis pellicle surface saccharide

機能・相同性

Viral head domain of polysaccharide receptor-binding protein-like / Triple-stranded beta-helix / Phage fibre proteins / Jelly Rolls /

サンドイッチ / Mainly Beta /

metal ion binding / Putative phage structural protein

機能・相同性情報

生物種

Lactococcus phage 1358 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Farenc, C. / Spinelli, S. / Bebeacua, C. / Tremblay, D. / Orlov, I. / Blangy, S. / Klaholz, B.P. / Moineau, S. / Cambillau, C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: A Virulent Siphophage CyoEM Structure and Host Recognition and Infection Mechanism
著者: Farenc, C. / Spinelli, S. / Bebeacua, C. / Tremblay, D. / Orlov, I. / Blangy, S. / Klaholz, B.P. / Moineau, S. / Cambillau, C.

履歴

登録	2013年6月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年4月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4l99.cif.gz	328.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4l99.ent.gz	268.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4l99.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/4l99 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/4l99	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4l92C 4l97C 4l9bSC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4rgg-1 4rga-2 4l97-2 4rgg-2 4l92-1 4l97-1 4l92-2 4rga-1 6lq1-d 7k6n-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Receptor Binding Protein

B: Receptor Binding Protein

ヘテロ分子

87.1 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Receptor Binding Protein

ヘテロ分子

A: Receptor Binding Protein

ヘテロ分子

A: Receptor Binding Protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
131 kDa, 3 ポリマー
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2

B: Receptor Binding Protein

ヘテロ分子

B: Receptor Binding Protein

ヘテロ分子

B: Receptor Binding Protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
131 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	166.210, 166.210, 166.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-401- ZN

#1: タンパク質	Receptor Binding Protein / 受容体 / RBP 分子量: 43326.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactococcus phage 1358 (ファージ) 遺伝子: ORF20 / プラスミド: pETG20A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: D3W0F1
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 762 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.15 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 10 mM zinc sulfate heptahydrate, 100 mM MES, pH 6.5, 25% v/v PEG550 MME, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.921 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月7日 / 詳細: Kirkpatrick-Baez pair of bi-morph mirrors
放射	モノクロメーター: channel cut cryogenically cooled crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.921 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 77461 / Num. obs: 77461 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 51.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.154 / Net I/σ(I): 9.3
反射シェル	解像度: 2.2→2.33 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 2.15 / Num. unique all: 12354 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PROTEUM PLUS	PLUS	データ収集
MOLREP		位相決定
BUSTER	2.11.2	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4L9B

4l9b

解像度: 2.2→32.21 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9477 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU R Cruickshank DPI: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.163 / SU R_free Blow DPI: 0.137 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.133 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2034	3873	5 %	RANDOM
R_work	0.188	-	-	-
all	0.1888	77461	-	-
obs	0.1888	77461	99.98 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.261 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→32.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6058	0	12	762	6832

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	2085	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	178	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	914	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	6226	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd	2	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	834	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	7464	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	6226	HARMONIC	2	0.009
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	8485	HARMONIC	2	1.12
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				3.6
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				16.79

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2187	282	5 %
R_work	0.1972	5362	-
all	0.1983	5644	-
obs	-	-	99.98 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0263	0.031	-0.0313	0	-0.1088	0.0325	-0.0003	-0.0011	0.0009	0.0059	0.0003	-0.0024	0.002	0.0007	0	-0.0112	-0.02	0.01	0.0012	-0.0023	-0.0035	-7.3349	-102.384	5.1649
2	1.08	-0.0479	-1.2335	0.0087	0.5089	0.0945	0.0031	0.0119	0.0109	0.0106	-0.0094	0.0024	-0.0017	-0.0037	0.0063	-0.027	0.0035	0.0214	0.0111	-0.0394	-0.0091	6.417	-80.0451	20.062
3	0.1509	-0.0701	-0.0905	0	0.1882	0.0005	0.001	-0.0032	-0.0001	0.0101	-0.0029	0.0076	-0.0051	0.0002	0.0019	-0.015	0.0019	0.0237	0.0019	-0.0073	0.0069	3.6181	-82.3449	24.6481
4	0	0.9362	0.2376	0	-0.8108	1.2317	-0.0028	-0.0078	-0.0045	0.0172	-0.0025	0.0169	0.0066	0.0085	0.0054	-0.0166	-0.0299	0.0343	0.0184	0.0378	-0.0272	4.4418	-91.2289	27.3739
5	0.254	0.437	-0.2608	0	-0.2351	0.0675	-0.0005	-0.0075	-0.0082	0.0045	-0.0075	0.0036	0.0079	0.0037	0.0081	-0.0174	0.0183	-0.0138	0.0259	0.0351	-0.0153	16.0577	-92.2152	15.6141
6	0	-0.0253	0.1769	0.0264	-0.1056	0.0014	0.003	-0.0086	0.0008	0.0096	-0.001	0.0021	-0.0098	0.006	-0.0021	-0.0075	-0.0156	-0.0128	0.0241	-0.0042	-0.0231	17.8065	-79.5	24.0866
7	0.1287	-0.236	0.3215	0.4342	-0.2636	0.3975	-0.0033	-0.0028	0.0069	0.0005	0.0152	-0.0012	-0.0184	0.0292	-0.0119	-0.05	-0.0598	-0.003	0.0091	0.0021	0.0186	21.5187	-67.1187	-0.5813
8	0.1721	-0.1165	0.5869	0.1445	0.181	0.0571	0.0018	-0.0049	0.0088	-0.0027	0.0088	-0.0038	-0.0245	0.0123	-0.0106	-0.0319	-0.057	-0.0413	0.0138	-0.0397	0.0147	25.396	-61.8262	3.3356
9	0.8079	0.1011	-0.2528	0.016	-0.5892	0.1454	0.0052	-0.0007	0.0287	-0.0217	0.0021	-0.0111	-0.0025	0.0095	-0.0073	-0.0386	-0.0349	-0.0254	0.0362	-0.0292	-0.0018	27.7889	-67.4445	-6.2059
10	0.822	0.2655	-0.2063	0.5274	-0.501	0.2177	0.0013	0.0029	0.0139	-0.0168	0.0152	-0.0363	-0.0115	0.0222	-0.0166	-0.0358	0.002	-0.0006	0.0357	0.0106	-0.0246	31.354	-73.1144	-10.8528
11	0.4942	0.0553	-0.1067	0.0462	-0.3401	0.0244	0.0022	0.005	0.0198	-0.009	0.0037	-0.0068	-0.0036	0.0081	-0.0058	-0.0224	-0.0197	-0.0061	0.023	0.0007	-0.0085	25.2639	-69.6513	-10.2781
12	0.1182	-0.1686	0.0833	0.0196	-0.1271	0.0071	0.0002	0.0036	0.0011	-0.0017	0.0009	-0.0033	-0.0002	0.0054	-0.001	-0.0176	-0.0113	0.0218	0.0128	0.0128	0.0057	39.2796	-63.5937	-14.8948
13	0	0.1567	-0.1567	0	0.0517	0	-0.0004	0.0006	0.002	0.0016	0.0011	-0.0005	-0.0013	0.0003	-0.0008	-0.0128	-0.0321	0.0108	-0.0003	0.0078	0.0072	38.6926	-52.7657	-10.9352
14	0.5907	-0.4315	0.075	0.0208	-0.1441	0	0.0011	0.0061	0.0098	-0.0041	-0.0014	-0.0002	0.0012	0.0059	0.0003	-0.0257	-0.033	-0.0116	-0.003	0.0139	0.0108	20.0354	-73.0441	-6.2855
15	0	-0.0331	-0.0359	0.0032	0.0244	0.0099	0	-0.0011	-0.0022	-0.0005	0.0002	-0.0005	0.0022	0.0006	-0.0002	-0.0021	0.0007	0.0078	0.0064	-0.0151	-0.0043	21.6229	-89.0752	-11.3745
16	0.087	-0.2117	-0.0598	0.0516	0.1224	0.0213	-0.0004	0.0002	0.0014	-0.0008	0.0015	0.0046	0.0003	-0.0013	-0.0011	0.0027	0.0104	0.0145	0.0009	-0.0281	-0.0009	27.7525	-14.2375	55.4211
17	0.0486	-0.061	-0.854	0.0086	0.9631	0.0048	0.0008	-0.0011	0.0003	0.0042	0	0.0019	0.025	-0.0007	-0.0008	-0.0043	0.0337	0.0268	0.0073	-0.0165	-0.0048	13.7201	-38.5921	44.3501
18	0.0615	-0.1544	-0.225	0	0.1454	0	0.0004	-0.0018	-0.0022	0.0062	-0.0009	0.004	0.0078	-0.0061	0.0004	0	0.0236	0.019	0.0022	-0.0075	-0.0053	8.9724	-36.526	47.603
19	1.37	-1.1047	0.1383	0.0031	0.8482	0	0.0015	0.0117	0.0072	0.0155	0.0048	0.008	-0.0025	-0.0056	-0.0063	-0.0238	0.0682	0.0468	0.0229	-0.0413	-0.0043	5.6862	-27.7639	46.0578
20	0.2201	-0.2855	-0.174	0	0.4812	0.0617	0.0014	0.0062	0.0037	0.004	-0.0054	-0.003	-0.006	-0.0032	0.004	-0.0258	0.0751	0.0089	0.0231	-0.0127	0.006	16.6223	-26.8925	33.6133
21	0.1249	-0.224	-0.136	0	0.387	0	-0.0025	0.0027	-0.0038	-0.001	0.0001	0.0063	0.0105	-0.0036	0.0024	-0.0258	0.0199	0.02	0.0246	-0.0258	-0.0044	9.014	-40.2697	33.3435
22	0.6892	-0.4312	0.2348	0.1246	0.6339	0.0301	-0.0049	0.0111	-0.0003	0.0186	0.0137	0.0089	-0.0162	-0.0145	-0.0088	-0.031	0.0066	0.0128	0.0414	-0.0041	-0.0114	34.287	-51.2287	28.7404
23	0.5732	0.0416	0.2218	0.0666	1.0635	0.1221	-0.004	0.006	-0.0006	0.0057	0.0099	0.0056	-0.0085	-0.033	-0.0059	-0.0498	-0.0068	-0.0071	0.0571	-0.0091	-0.002	30.5163	-57.0904	25.5158
24	0.2991	-0.1223	0.0382	0.3758	0.2923	0.1882	-0.0023	0.002	0.0063	0	-0.0015	-0.0061	-0.001	-0.0221	0.0038	-0.0273	0.0151	-0.0168	0.0226	-0.0121	-0.0033	39.0988	-50.5225	22.2594
25	0.3773	0.1833	0.228	0.0494	-0.0969	0.6926	-0.0076	0.024	-0.003	-0.0241	0.019	-0.005	-0.0322	-0.0455	-0.0115	-0.0576	0.0586	0.0006	0.0029	0.0214	0.0093	43.3123	-45.1375	17.8776
26	0.1286	0.0115	-0.1231	0.1174	0.2623	0.1891	-0.0004	0.0022	0.0076	0.0036	0.0018	0.0001	-0.0104	-0.0199	-0.0014	-0.0214	0.0124	-0.0187	0.0157	0.0001	0.0037	43.4802	-48.2605	24.1842
27	0.0696	-0.1981	0.218	0	-0.2011	0.171	-0.0012	0.0056	-0.0006	-0.0051	0.0019	-0.0025	-0.0011	0.0009	-0.0006	-0.0055	0.0081	0.0089	0.0144	0.0041	-0.0081	47.1457	-55.0603	10.529
28	0.0375	0.0779	0.07	0	-0.0562	0.055	-0.0004	0.0027	0.0014	0.0009	0.0033	-0.0016	0.0053	0.0002	-0.0029	-0.0134	-0.0252	-0.0376	0.0224	-0.0208	-0.009	44.6232	-65.9972	11.9321
29	0.349	-0.1787	-0.1998	0	0.2085	0.0018	0.0001	0.0006	0.0118	0.0051	0.0048	0.0022	-0.0103	-0.0224	-0.0049	-0.004	0.0258	-0.0083	0.0055	-0.018	-0.0016	39.5876	-44.8177	29.3982
30	0.0044	0.0097	0.0108	0.0185	-0.0183	0.0198	-0.0001	-0.0008	0.0012	-0.0008	-0.0001	0	-0.0005	0.0002	0.0002	0.0013	0.0103	-0.0006	-0.003	0.0075	0.0075	43.285	-28.6271	26.328

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|2 - A\|17}	A	2 - 17
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|18 - A\|53}	A	18 - 53
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|54 - A\|78}	A	54 - 78
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|79 - A\|116}	A	79 - 116
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|117 - A\|143}	A	117 - 143
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{A\|144 - A\|170}	A	144 - 170
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{A\|171 - A\|206}	A	171 - 206
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{A\|207 - A\|236}	A	207 - 236
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{A\|237 - A\|269}	A	237 - 269
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{A\|270 - A\|319}	A	270 - 319
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{A\|320 - A\|343}	A	320 - 343
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{A\|344 - A\|355}	A	344 - 355
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{A\|356 - A\|366}	A	356 - 366
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{A\|367 - A\|387}	A	367 - 387
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{A\|388 - A\|393}	A	388 - 393
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{B\|2 - B\|17}	B	2 - 17
17	X-RAY DIFFRACTION	17	{B\|18 - B\|53}	B	18 - 53
18	X-RAY DIFFRACTION	18	{B\|54 - B\|78}	B	54 - 78
19	X-RAY DIFFRACTION	19	{B\|79 - B\|116}	B	79 - 116
20	X-RAY DIFFRACTION	20	{B\|117 - B\|143}	B	117 - 143
21	X-RAY DIFFRACTION	21	{B\|144 - B\|170}	B	144 - 170
22	X-RAY DIFFRACTION	22	{B\|171 - B\|206}	B	171 - 206
23	X-RAY DIFFRACTION	23	{B\|207 - B\|236}	B	207 - 236
24	X-RAY DIFFRACTION	24	{B\|237 - B\|269}	B	237 - 269
25	X-RAY DIFFRACTION	25	{B\|270 - B\|319}	B	270 - 319
26	X-RAY DIFFRACTION	26	{B\|320 - B\|343}	B	320 - 343
27	X-RAY DIFFRACTION	27	{B\|344 - B\|355}	B	344 - 355
28	X-RAY DIFFRACTION	28	{B\|356 - B\|366}	B	356 - 366
29	X-RAY DIFFRACTION	29	{B\|367 - B\|387}	B	367 - 387
30	X-RAY DIFFRACTION	30	{B\|388 - B\|393}	B	388 - 393

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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