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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1p44 | ||||||
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タイトル | Targeting tuberculosis and malaria through inhibition of enoyl reductase: compound activity and structural data | ||||||
要素 | Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / InhA / short chain dehydrogenase reductase / inhibitor (酵素阻害剤) / rossmann fold (ロスマンフォールド) / enoyl-ACP reductase (エノイル(アシル輸送タンパク質)レダクターゼ (NADH)) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase activity (NAD(P)H) / trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / mycolic acid biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NAD+ binding / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid binding / fatty acid biosynthetic process ...enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase activity (NAD(P)H) / trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / mycolic acid biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NAD+ binding / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid binding / fatty acid biosynthetic process / response to antibiotic / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Kuo, M.R. / Morbidoni, H.R. / Alland, D. / Sneddon, S.F. / Gourlie, B.B. / Staveski, M.M. / Leonard, M. / Gregory, J.S. / Janjigian, A.D. / Yee, C. ...Kuo, M.R. / Morbidoni, H.R. / Alland, D. / Sneddon, S.F. / Gourlie, B.B. / Staveski, M.M. / Leonard, M. / Gregory, J.S. / Janjigian, A.D. / Yee, C. / Musser, J.M. / Kreiswirth, B. / Iwamoto, H. / Perozzo, R. / Jacobs Jr, W.R. / Sacchettini, J.C. / Fidock, D.A. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: Targeting tuberculosis and malaria through inhibition of Enoyl reductase: compound activity and structural data. 著者: Kuo, M.R. / Morbidoni, H.R. / Alland, D. / Sneddon, S.F. / Gourlie, B.B. / Staveski, M.M. / Leonard, M. / Gregory, J.S. / Janjigian, A.D. / Yee, C. / Musser, J.M. / Kreiswirth, B. / Iwamoto, ...著者: Kuo, M.R. / Morbidoni, H.R. / Alland, D. / Sneddon, S.F. / Gourlie, B.B. / Staveski, M.M. / Leonard, M. / Gregory, J.S. / Janjigian, A.D. / Yee, C. / Musser, J.M. / Kreiswirth, B. / Iwamoto, H. / Perozzo, R. / Jacobs, W.R. / Sacchettini, J.C. / Fidock, D.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1p44.cif.gz | 307 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1p44.ent.gz | 254.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1p44.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/1p44 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/1p44 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28554.781 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: INHA OR RV1484 OR MT1531 OR MTCY277.05 OR MB1520 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0A5Y6, UniProt: P9WGR1*PLUS, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) #2: 化合物 | ChemComp-NAD / #3: 化合物 | ChemComp-GEQ / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.61 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 100 mM ADA, 150 mM ammonium acetate, 12% PEG 3350, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 38313 / % possible obs: 85.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.085 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→30 Å / σ(F): 0 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→30 Å
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精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.19 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |