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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nud | ||||||
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タイトル | Role of Calcium Ions in the Activation and Activity of the Transglutaminase 3 Enzyme (3 calciums, active form) | ||||||
要素 | Protein-glutamine glutamyltransferase E | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Transglutaminase 3 (タンパク質-グルタミンγ-グルタミルトランスフェラーゼ) / metalloenzyme (金属タンパク質) / calcium ion (カルシウム) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 タンパク質-グルタミンγ-グルタミルトランスフェラーゼ / protein-glutamine gamma-glutamyltransferase activity / peptide cross-linking / hair follicle morphogenesis / acyltransferase activity / ケラチン / catalytic activity / keratinocyte differentiation / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / protein modification process ...タンパク質-グルタミンγ-グルタミルトランスフェラーゼ / protein-glutamine gamma-glutamyltransferase activity / peptide cross-linking / hair follicle morphogenesis / acyltransferase activity / ケラチン / catalytic activity / keratinocyte differentiation / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / protein modification process / calcium ion binding / structural molecule activity / protein-containing complex / extracellular exosome / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Ahvazi, B. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: Roles of Calcium Ions in the Activation and Activity of the Transglutaminase 3 Enzyme 著者: Ahvazi, B. / Boeshans, K.M. / Idler, W. / Baxa, U. / Steinert, P.M. #1: ジャーナル: Embo J. / 年: 2002 タイトル: Three-dimensional structure of the human transglutaminase 3 enzyme:binding of calcium ions changes structure for activation 著者: Ahvazi, B. / Kim, H.C. / Kee, S.H. / Nemes, Z. / Steinert, P.M. #2: ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2001 タイトル: Crystallization and Preliminary X-ray Analysis of Human Transglutaminase 3 from Zymogen to Active Form 著者: Kim, H.C. / Nemes, Z. / Idler, W.W. / Hyde, C.C. / Steinert, P.M. / Ahvazi, B. | ||||||
履歴 |
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Remark 295 | NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON THE MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE ... NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON THE MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG ATOMS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE RESIDUES LISTED SECOND. CHAIN IDENTIFIERS GIVEN AS "?" REFER TO CHAINS FOR WHICH ATOMS ARE NOT FOUND IN THIS ENTRY. APPLIED TO TRANSFORMED TO TRANSFORM CHAIN RESIDUES CHAIN RESIDUES RMSD SSS M 1 A 1 .. 692 B 1 .. 692 0.408 WHERE SSS -> COLUMNS 8-10 OF MTRIX RECORDS REMARK: THE MATRIX TRANSFORMS CA ONLY. | ||||||
Remark 400 | COMPOUND THE ENZYME WAS PROTEOLYZED WITH DISPASE I FOR ACTIVATION. | ||||||
Remark 999 | SEQUENCE The following residues are noted as conflicts in the Swiss-Prot database: K562R, G654R ...SEQUENCE The following residues are noted as conflicts in the Swiss-Prot database: K562R, G654R (sequence database numbering). According to the author, residue 251 (sequence database numbering) is Asp and does not represent a mutation but a mistake in the Swiss-Prot database. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1nud.cif.gz | 276.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1nud.ent.gz | 221.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1nud.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/1nud ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/1nud | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (1, 0.00023, -0.00133), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 76670.500 Da / 分子数: 2 / 変異: F264L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGM3 / プラスミド: Bac-N_Blue, Invitrogen / 細胞株 (発現宿主): SF9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q08188, タンパク質-グルタミンγ-グルタミルトランスフェラーゼ #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | ChemComp-BR / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.12 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 4% (w/v) Peg 20K, 100 mM Tris-HCl (pH 8.5) , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 21 ℃ / pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 | モノクロメーター: SI 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.7→20 Å / Num. all: 41052 / Num. obs: 41052 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 23.8 Å2 / Net I/σ(I): 8.9 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.87 Å / % possible all: 88.4 | ||||||||||||||||||
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 409995 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 2.8 Å / % possible obs: 88.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB Entry 1L9N 解像度: 2.7→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: NCS two fold averaging was employed during refinement
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.015
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 10 % | |||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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