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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mi4 | ||||||
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タイトル | Glyphosate insensitive G96A mutant EPSP synthase liganded with shikimate-3-phosphate | ||||||
要素 | 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / inside-out alpha-beta barrel | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3-ホスホシキミ酸-1-カルボキシビニルトランスフェラーゼ / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Eschenburg, S. / Healy, M.L. / Priestman, M.A. / Lushington, G.H. / Schonbrunn, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: PLANTA / 年: 2002 タイトル: How the mutation glycine96 to alanine confers glyphosate insensitivity to 5-enolpyruvyl shikimate-3-phosphate synthase from Escherichia coli. 著者: Eschenburg, S. / Healy, M.L. / Priestman, M.A. / Lushington, G.H. / Schonbrunn, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1mi4.cif.gz | 106.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1mi4.ent.gz | 79.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1mi4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/1mi4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/1mi4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1g6tS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46155.637 Da / 分子数: 1 / 変異: G96A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: aroA / プラスミド: pET24D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0A6D3, 3-ホスホシキミ酸-1-カルボキシビニルトランスフェラーゼ | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-S3P / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-FMT / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.36 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: sodium formate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 19 ℃ / pH: 7.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年10月10日 / 詳細: confocal mirrors |
放射 | モノクロメーター: confocal mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→15 Å / Num. all: 47038 / Num. obs: 47038 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.054 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.75 Å / Rmerge(I) obs: 0.346 / Num. unique all: 3815 / % possible all: 96 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 15 Å / Num. measured all: 199475 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / % possible obs: 96 % / Num. unique obs: 3815 / Num. measured obs: 16125 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1G6T 解像度: 1.7→15 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→15 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 15 Å / % reflection Rfree: 2.5 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |