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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kk8 | ||||||
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タイトル | SCALLOP MYOSIN (S1-ADP-BeFx) IN THE ACTIN-DETACHED CONFORMATION | ||||||
要素 |
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キーワード | CONTRACTILE PROTEIN / actin-detached / Myosin (ミオシン) / Mechanics of MOTOR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 myosin filament / myosin complex / myofibril / cytoskeletal motor activity / actin filament binding / calmodulin binding / calcium ion binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Argopecten irradians (無脊椎動物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Himmel, M. / Gourinath, S. / Reshetnikova, L. / Shen, Y. / Szent-Gyorgyi, G. / Cohen, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002 タイトル: Crystallographic findings on the internally uncoupled and near-rigor states of myosin: further insights into the mechanics of the motor. 著者: Himmel, D.M. / Gourinath, S. / Reshetnikova, L. / Shen, Y. / Szent-Gyorgyi, A.G. / Cohen, C. #1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1999 タイトル: ATOMIC STRUCTURE OF SCALLOP MYOSIN SUBFRAGMENT S1 COMPLEXED WITH MGADP: A NOVEL CONFORMATION OF THE MYOSIN HEAD 著者: HOUDUSSE, A. / KALABOKIS, V. / HIMMEL, D. / SZENT-GYORGYI, A.G. / COHEN, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kk8.cif.gz | 234.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1kk8.ent.gz | 181.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kk8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/1kk8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/1kk8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 3種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 95543.750 Da / 分子数: 1 / 断片: MYOSIN HEAVY CHAIN / 変異: FRAGMENT: PAPAIN DIGESTED, SUBFRAGMENT 1 (S1) / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PAPAIN DIGESTION OF MYOSIN / 由来: (天然) Argopecten irradians (無脊椎動物) / 株: BAY SCALLOP / 参照: UniProt: P24733 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 15888.021 Da / 分子数: 1 / 断片: MYOSIN REGULATORY LIGHT CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PAPAIN DIGESTION OF MYOSIN / 由来: (天然) Argopecten irradians (無脊椎動物) / 株: BAY SCALLOP / 参照: UniProt: P13543 |
#3: タンパク質 | 分子量: 17391.365 Da / 分子数: 1 / 断片: MYOSIN ESSENTIAL LIGHT CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PAPAIN DIGESTION OF MYOSIN / 由来: (天然) Argopecten irradians (無脊椎動物) / 株: BAY SCALLOP / 参照: UniProt: P07291 |
-非ポリマー , 6種, 191分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-BEF / | #6: 化合物 | ChemComp-ADP / | #7: 化合物 | ChemComp-GOL / | #8: 化合物 | ChemComp-CA / | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.76 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG 20000, magnesium chloride, ethylene glycol, Tris HCl, ADP-berillium floride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / PH range low: 9 / PH range high: 8.5 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9298 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年8月13日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Rh-coated with Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9298 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 62330 / Num. obs: 49703 / % possible obs: 79.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 50.4 Å2 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 4527 / Rsym value: 0.247 / % possible all: 72.7 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.097 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 72.7 % / Rmerge(I) obs: 0.247 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1B7T 解像度: 2.3→29.84 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 145691422.33 / Data cutoff high rms absF: 145691422.33 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.7641 Å2 / ksol: 0.335473 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 55.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.84 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor all: 0.234 / Rfactor Rfree: 0.269 / Rfactor Rwork: 0.23 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.368 / Rfactor Rwork: 0.309 |