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- PDB-1ijl: Crystal structure of acidic phospholipase A2 from deinagkistrodon... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ijl
タイトルCrystal structure of acidic phospholipase A2 from deinagkistrodon acutus
要素PHOSPHOLIPASE A2ホスホリパーゼA2
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / THREE LONG HELIX / ONE TWO STRAND BETA SHEET / CALCIUM BINDING LOOP
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipase A2 activity => GO:0004623 / phospholipase A2 activity => GO:0004623 / ホスホリパーゼA2 / phospholipase A2 activity / arachidonic acid secretion / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / toxin activity / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / ホスホリパーゼA2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / ホスホリパーゼA2 / Phospholipase A2 domain / ホスホリパーゼA2 / ホスホリパーゼA2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / ホスホリパーゼA2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / ホスホリパーゼA2 / Phospholipase A2 domain / ホスホリパーゼA2 / ホスホリパーゼA2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Acidic phospholipase A2
類似検索 - 構成要素
生物種Deinagkistrodon acutus (ヒャッポダ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Gu, L. / Zhang, H. / Song, S. / Zhou, Y. / Lin, Z.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Structure of an acidic phospholipase A2 from the venom of Deinagkistrodon acutus.
著者: Gu, L. / Zhang, H. / Song, S. / Zhou, Y. / Lin, Z.
#1: ジャーナル: ACTA BIOCHIM.BIOPHYS.SINICA / 年: 1999
タイトル: Cloning and sequencing of gene encoding Phospholipase A2 from Agkistrodon Acutus
著者: Liu, X.L. / Pan, H. / Yang, G.Z. / Wu, X.F. / Zhou, Y.C.
履歴
登録2001年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02001年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOLIPASE A2
B: PHOSPHOLIPASE A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3295
ポリマ－28,1832
非ポリマー1463
水1,69394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2160 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area12490 Å2
手法PISA
2
A: PHOSPHOLIPASE A2
ヘテロ分子

B: PHOSPHOLIPASE A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3295
ポリマ－28,1832
非ポリマー1463
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_647-x+1,y-1/2,-z+21
Buried area430 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area14320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.710, 38.000, 69.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.35, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 PHOSPHOLIPASE A2 / ホスホリパーゼA2


分子量: 14091.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinagkistrodon acutus (ヒャッポダ) / 参照: UniProt: Q7SID6, ホスホリパーゼA2
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.67 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: MPD, sodium chloride, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K
結晶化
*PLUS
温度: 291 K
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein1drop
20.05 MHEPES1droppH7.5
30.07 M1dropNaCl
412 %MPD1drop
50.1 MHEPES1reservoirpH7.5
670 %MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 291 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 8966 / Num. obs: 8966 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 30.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.403 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 898 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. measured all: 80310
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PSJ

1psj


解像度: 2.6→8 Å / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 816 -RANDOM
Rwork0.184 ---
all-7706 --
obs-7703 99.96 %-
原子変位パラメータBiso mean: 36.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.7 Å20 Å2-
2--1.7 Å20 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.29 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1923 0 3 94 2020
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.07
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.247
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.924
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.80594
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.6-2.690.317710.23X-RAY DIFFRACTION780100
2.69-2.790.257770.234X-RAY DIFFRACTION750100
2.79-2.910.259910.217X-RAY DIFFRACTION78299.9
2.91-3.060.211890.194X-RAY DIFFRACTION756100
3.06-3.240.225800.188X-RAY DIFFRACTION756100
3.24-3.470.229720.181X-RAY DIFFRACTION77399.7
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.184 / Rfactor Rfree: 0.225
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 36.6 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.07
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.22
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.88
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.79
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / Rfactor Rfree: 0.317 / Rfactor Rwork: 0.23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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