[日本語] English
万見
- PDB-1g8y: CRYSTAL STRUCTURE OF THE HEXAMERIC REPLICATIVE HELICASE REPA OF P... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g8y
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE HEXAMERIC REPLICATIVE HELICASE REPA OF PLASMID RSF1010
要素REGULATORY PROTEIN REPA
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / P-loop (Walkerモチーフ)
機能・相同性
機能・相同性情報


plasmid maintenance / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Regulatory protein RepA / AAA domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulatory protein RepA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Niedenzu, T. / Roeleke, D. / Bains, G. / Scherzinger, E. / Saenger, W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of the hexameric replicative helicase RepA of plasmid RSF1010.
著者: Niedenzu, T. / Roleke, D. / Bains, G. / Scherzinger, E. / Saenger, W.
履歴
登録2000年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: REGULATORY PROTEIN REPA
B: REGULATORY PROTEIN REPA
C: REGULATORY PROTEIN REPA
D: REGULATORY PROTEIN REPA
E: REGULATORY PROTEIN REPA
F: REGULATORY PROTEIN REPA
G: REGULATORY PROTEIN REPA
H: REGULATORY PROTEIN REPA
I: REGULATORY PROTEIN REPA
J: REGULATORY PROTEIN REPA
K: REGULATORY PROTEIN REPA
L: REGULATORY PROTEIN REPA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)359,34212
ポリマ－359,34212
非ポリマー00
水8,647480
1
A: REGULATORY PROTEIN REPA
B: REGULATORY PROTEIN REPA
C: REGULATORY PROTEIN REPA
D: REGULATORY PROTEIN REPA
E: REGULATORY PROTEIN REPA
F: REGULATORY PROTEIN REPA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,6716
ポリマ－179,6716
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18900 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area54460 Å2
手法PISA
2
G: REGULATORY PROTEIN REPA
H: REGULATORY PROTEIN REPA
I: REGULATORY PROTEIN REPA
J: REGULATORY PROTEIN REPA
K: REGULATORY PROTEIN REPA
L: REGULATORY PROTEIN REPA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,6716
ポリマ－179,6716
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18940 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area54650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.432, 179.156, 116.289
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.80, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is one of the two hexamers in the asymmetric unit: chains a-f or g-l

-
要素

#1: タンパク質
REGULATORY PROTEIN REPA / REPLICATION PROTEIN A


分子量: 29945.189 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: REPA ON PLASMID INCQ RSF1010 / プラスミド: PTACREP-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-BLUE / 参照: UniProt: P20356
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 480 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 5000 monomethyl ether, 2-methyl-2,4-pentanediol, NaCl, sodium citrate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
138 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1drop
310 mM1dropNa4P2O7
412 %(w/v)PEG5000 MME1reservoir
53 %(v/v)MPD1reservoir
6150 mM1reservoirNaCl
7100 mMsodium citrate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9059 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年10月22日
放射モノクロメーター: bent single-crystal germanium triangular monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9059 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 149192 / Num. obs: 149192 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.53 % / Biso Wilson estimate: 26.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 2.46 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / Num. unique all: 8579 / % possible all: 81.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 377676 / Rmerge(I) obs: 0.034
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 81.7 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
MLPHARE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→30 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 2983 2.1 %SHELLS
Rwork0.221 ---
all-144837 --
obs-144837 92 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.8 Å20 Å27.59 Å2
2---13.36 Å20 Å2
3---19.16 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.32 Å0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22056 0 0 480 22536
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.02
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 246 -
Rwork0.261 --
obs-11998 76 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 2.1 % / Rfactor obs: 0.221
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.32 / Rfactor Rwork: 0.261

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る