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万見
- PDB-1fag: STRUCTURE OF CYTOCHROME P450 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fag
タイトルSTRUCTURE OF CYTOCHROME P450
要素CYTOCHROME P450 BM-3
キーワードELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / MONOOXYGENASE / HEME (ヘム)
機能・相同性
機能・相同性情報


NADPH-ヘムタンパク質レダクターゼ / NADPH-hemoprotein reductase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / 非特異的モノオキシゲナーゼ / aromatase activity / 代謝 / FMN binding / iron ion binding / heme binding / identical protein binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Bifunctional cytochrome P450/NADPH--cytochrome P450 reductase / シトクロムP450 / シトクロムP450 / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / フラボドキシン / Flavodoxin-like domain profile. ...Bifunctional cytochrome P450/NADPH--cytochrome P450 reductase / シトクロムP450 / シトクロムP450 / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / フラボドキシン / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Flavoprotein-like superfamily / シトクロムP450 / Cytochrome P450 superfamily / シトクロムP450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / パルミトレイン酸 / Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus megaterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Li, H.Y. / Poulos, T.L.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: The structure of the cytochrome p450BM-3 haem domain complexed with the fatty acid substrate, palmitoleic acid.
著者: Li, H. / Poulos, T.L.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Comformational Dynamics in Cytochrome P450-Substrate Interactions
著者: Li, H.Y. / Poulos, T.L.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1995
タイトル: Modeling Protein-Substrate Interactions in the Heme Domain of Cytochrome P450Bm-3
著者: Li, H.Y. / Poulos, T.L.
#3: ジャーナル: Science / 年: 1993
タイトル: Crystal Structure of Hemoprotein Domain of P450Bm-3, a Prototype for Microsomal P450'S
著者: Ravichandran, K.G. / Boddupalli, S.S. / Hasemann, C.A. / Peterson, J.A. / Deisenhofer, J.
履歴
登録1996年8月1日処理サイト: BNL
改定 1.01997年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / software / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME P450 BM-3
B: CYTOCHROME P450 BM-3
C: CYTOCHROME P450 BM-3
D: CYTOCHROME P450 BM-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,66912
ポリマ－215,1854
非ポリマー3,4848
水0
1
A: CYTOCHROME P450 BM-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6673
ポリマ－53,7961
非ポリマー8712
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CYTOCHROME P450 BM-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6673
ポリマ－53,7961
非ポリマー8712
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: CYTOCHROME P450 BM-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6673
ポリマ－53,7961
非ポリマー8712
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: CYTOCHROME P450 BM-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6673
ポリマ－53,7961
非ポリマー8712
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)106.200, 165.200, 223.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.736383, 0.000575, -0.676565), (-0.015594, -0.99972, -0.017822), (-0.676386, 0.023674, -0.736167)157.8562, -32.3265, 133.2411
2given(-0.917437, 0.327136, 0.226477), (0.338133, 0.341034, 0.877133), (0.209705, 0.881293, -0.423493)125.7098, -95.4045, 97.5033
3given(-0.838017, -0.356511, 0.41307), (-0.298673, -0.333839, -0.894062), (0.456642, -0.872612, 0.173283)189.3315, 58.3471, -23.694

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要素

#1: タンパク質
CYTOCHROME P450 BM-3 / P450 102 / FATTY ACID HYDROXYLASE


分子量: 53796.293 Da / 分子数: 4 / 断片: HEME DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア)
株: 14581 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P14779, 非特異的モノオキシゲナーゼ
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-PAM / PALMITOLEIC ACID / パルミトレイン酸 / パルミトレイン酸


分子量: 254.408 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H30O2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化pH: 6 / 詳細: SEE REFERENCE 1, pH 6.0
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
17.5-9 mg/mlprotein1drop
20.05 %(v/v)palmitoleic1drop
39 %PEG33501drop
480 mM1dropMgCl2
550 mMMES1drop
618 %PEG33501reservoir
7160 mM1reservoirMgCl2
8100 mMMES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.008
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年5月16日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.008 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→48.8 Å / Num. obs: 60630 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Rsym value: 0.5 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
TRUNCATEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SUBSTRATE-FREE P450BM-3 HEME DOMAIN

解像度: 2.7→10 Å / σ(F): 2
詳細: THE F/G AND G/H LOOP REGIONS IN FOUR MOLECULES SHOWED QUITE DIFFERENT CONFORMATIONS. A FEW RESIDUES IN THESE SURFACE LOOP REGIONS ARE NOT WELL DEFINED IN THE STRUCTURE WITH RATHER HIGH B ...詳細: THE F/G AND G/H LOOP REGIONS IN FOUR MOLECULES SHOWED QUITE DIFFERENT CONFORMATIONS. A FEW RESIDUES IN THESE SURFACE LOOP REGIONS ARE NOT WELL DEFINED IN THE STRUCTURE WITH RATHER HIGH B FACTORS, E.G. GLU 228 IN MOLECULES A AND C, GLN 229 IN MOLECULE D, ASP 195 IN MOLECULE C. THE PHI, PSI TORTION ANGLES OF LEUCINE 437 IN ALL FOUR MOLECULES FALL IN THE DISALLOWED REGION, BUT THE ODD CONFORMER MIGHT RESULT FROM THE NON-BONDING INTERACTION BETWEEN THE SUBSTRATE AND ENZYME.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 -10 %
Rwork0.246 --
obs0.246 52300 98.38 %
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14684 0 244 0 14928
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.496
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22.97
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22.976
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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