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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ucw | |||||||||||||||
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タイトル | Cytochrome P411 P-4 A82L A78V F263L amination catalyst | |||||||||||||||
要素 | NADPH-cytochrome P450 reductase 102A1V3 | |||||||||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / engineered (工学) / C-H functionalization / nitrene transfer / P411CHA | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 NADPH-ヘムタンパク質レダクターゼ / NADPH-hemoprotein reductase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / 非特異的モノオキシゲナーゼ / aromatase activity / 代謝 / FMN binding / iron ion binding / heme binding / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Bacillus megaterium (バクテリア) | |||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Zhang, R.K. / Buller, A.R. / Arnold, F.H. | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat Chem / 年: 2017 タイトル: Enantioselective, intermolecular benzylic C-H amination catalysed by an engineered iron-haem enzyme. 著者: Prier, C.K. / Zhang, R.K. / Buller, A.R. / Brinkmann-Chen, S. / Arnold, F.H. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ucw.cif.gz | 380.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ucw.ent.gz | 311.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ucw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/5ucw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/5ucw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4wg2S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54006.609 Da / 分子数: 2 変異: A82L,F87A,P142S,T175I,A184V,S226R,H236Q,E252G,I263L,T268G,A290V,A328V,L353V,I366V,C400S,T438S,E442K 由来タイプ: 組換発現 詳細: Due to the extensive engineering performed to obtain this catalyst, We created a simplified name for the catalyst. The mutation details are explained in the publication 由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2Q7T0, UniProt: P14779*PLUS #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.99 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1 M Bis-tris pH 5.0, 13% PEG 3350, 0.2 M NaHCOO, 22 mg/ml protein PH範囲: 4.0-5.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→40 Å / Num. obs: 108841 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.4 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 23.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 13.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / CC1/2: 0.593 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4WG2 解像度: 1.7→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 5.835 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.106 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.19 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.7→40 Å
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拘束条件 |
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