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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1exq | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE HIV-1 INTEGRASE CATALYTIC CORE DOMAIN | ||||||
要素 | POL POLYPROTEIN | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / HIV-1 integrase / polynucleotidyl transferase / DNA-binding protein (DNA結合タンパク質) / DD35E | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / Uncoating of the HIV Virion / 2-LTR circle formation / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus ...integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / Uncoating of the HIV Virion / 2-LTR circle formation / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / Binding and entry of HIV virion / ウイルスのライフサイクル / Assembly Of The HIV Virion / HIV-1 retropepsin / : / Budding and maturation of HIV virion / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / : / exoribonuclease H activity / protein processing / host multivesicular body / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / viral penetration into host nucleus / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / peptidase activity / viral nucleocapsid / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNAポリメラーゼ / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host gene expression / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, J.C.-H. / Krucinski, J. / Miercke, L.J.W. / Finer-Moore, J.S. / Tang, A.H. / Leavitt, A.D. / Stroud, R.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000 タイトル: Crystal structure of the HIV-1 integrase catalytic core and C-terminal domains: a model for viral DNA binding. 著者: Chen, J.C. / Krucinski, J. / Miercke, L.J. / Finer-Moore, J.S. / Tang, A.H. / Leavitt, A.D. / Stroud, R.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1exq.cif.gz | 72.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1exq.ent.gz | 52.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1exq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/1exq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/1exq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is the dimer in the asymmetric unit |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16733.027 Da / 分子数: 2 / 断片: HIV-1 INTEGRASE CATALYTIC CORE / 変異: C56S, W131D, F139D, F185K / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirusレンチウイルス属 / プラスミド: PT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04585 #2: 化合物 | ChemComp-CD / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.41 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: ammonium sulfate, cadmium chloride, Na citrate, DTT, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年12月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→22.1 Å / Num. all: 213312 / Num. obs: 35599 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 24.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 17 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / % possible all: 95.9 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 213312 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.6→22.11 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1115788.41 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.52 Å2 / ksol: 0.408 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→22.11 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 7.6 % / Rfactor obs: 0.228 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 32.5 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.356 / % reflection Rfree: 8.4 % / Rfactor Rwork: 0.369 |