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- PDB-1eoq: ROUS SARCOMA VIRUS CAPSID PROTEIN: C-TERMINAL DOMAIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eoq
タイトルROUS SARCOMA VIRUS CAPSID PROTEIN: C-TERMINAL DOMAIN
要素GAG POLYPROTEIN CAPSID PROTEIN P27
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / VIRUS/VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell nucleoplasm / viral procapsid maturation / host cell nucleolus / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / カプシド / structural constituent of virion / nucleic acid binding / aspartic-type endopeptidase activity / host cell plasma membrane / タンパク質分解 ...host cell nucleoplasm / viral procapsid maturation / host cell nucleolus / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / カプシド / structural constituent of virion / nucleic acid binding / aspartic-type endopeptidase activity / host cell plasma membrane / タンパク質分解 / zinc ion binding / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Retrovirus capsid C-terminal domain / Retroviral Gag polyprotein, M / Retroviral M domain / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / gag protein p24 N-terminal domain / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. ...Retrovirus capsid C-terminal domain / Retroviral Gag polyprotein, M / Retroviral M domain / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / gag protein p24 N-terminal domain / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / ジンクフィンガー / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rous sarcoma virus - Prague C (ラウス肉腫ウイルス)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing
データ登録者Kingston, R.L. / Fitzon-Ostendorp, T. / Eisenmesser, E.Z. / Schatz, G.W. / Vogt, V.M. / Post, C.B. / Rossmann, M.G.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000
タイトル: Structure and self-association of the Rous sarcoma virus capsid protein.
著者: Kingston, R.L. / Fitzon-Ostendorp, T. / Eisenmesser, E.Z. / Schatz, G.W. / Vogt, V.M. / Post, C.B. / Rossmann, M.G.
履歴
登録2000年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年6月5日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _audit_author.name
改定 1.42022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GAG POLYPROTEIN CAPSID PROTEIN P27


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4351
ポリマ－10,4351
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 GAG POLYPROTEIN CAPSID PROTEIN P27


分子量: 10435.036 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rous sarcoma virus - Prague C (ラウス肉腫ウイルス)
属: Alpharetrovirusアルファレトロウイルス属 / 生物種: Rous sarcoma virusラウス肉腫ウイルス / 株: PRAGUE C / プラスミド: PET-3XC (NOVAGEN) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03322

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1133D 13C-separated NOESY
1223D 15N-separated NOESY
132HNHA
142HNHB
151HNHA
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1U-15N RSV CA(155-249) (used for the 3D_15N-SEPARATED_NOESY, HNHA, HNHB expts) and U-15N/U-13C RSV CA(155-249) (used for the 3D_13C-SEPARATED_NOESY expt) both suspended in the same buffer (50 mM Sodium phosphate pH 4.9 50 mM NaCl 1 mM EDTA 1 mM DTT)90% H20, 10%D20
2U-15N RSV CA(155-249) 50 mM Sodium phosphate pH 4.9 50 mM NaCl 1 mM EDTA 1 mM DTT90% H20, 10%D20
3U-15N,13C RSV CA(155-249) 50 mM Sodium phosphate pH 4.9 50 mM NaCl 1 mM EDTA 1 mM DTT90% H20, 10%D20
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
150 mM NaCl 4.9 ambient 298 K
250 mM NaCl 4.9 ambient 298 K
350 mM NaCl 4.9 ambient 298 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITYPLUS / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe1.6Delaglio, F.解析
ANSIG3.3Kraulis, P.データ解析
CNS1BRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE-KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU,READ,RICE,SIMONSON,WARREN精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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