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万見
- PDB-1ej6: Reovirus core -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ej6
タイトルReovirus core
要素
  • LAMBDA1
  • LAMBDA2
  • SIGMA2
キーワードVIRUS (ウイルス) / icosahedral (二十面体) / non-equivalence / dsRNA virus / methylase (メチルトランスフェラーゼ) / methyltransferase (メチルトランスフェラーゼ) / guanylyltransferase / zinc finger (ジンクフィンガー) / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


icosahedral viral capsid / viral inner capsid / viral outer capsid / 7-methylguanosine mRNA capping / mRNA guanylyltransferase activity / mRNA guanylyltransferase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / ヘリカーゼ ...icosahedral viral capsid / viral inner capsid / viral outer capsid / 7-methylguanosine mRNA capping / mRNA guanylyltransferase activity / mRNA guanylyltransferase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / ヘリカーゼ / GTP binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Inner capsid protein lambda-1 / Inner capsid protein lambda-1 / Helix Hairpins - #1520 / Reovirus core / Reovirus components fold / Reovirus components / Reovirus components fold / Reovirus components / Sigma1/sigma2, reoviral / Reoviral Sigma1/Sigma2 family ...Inner capsid protein lambda-1 / Inner capsid protein lambda-1 / Helix Hairpins - #1520 / Reovirus core / Reovirus components fold / Reovirus components / Reovirus components fold / Reovirus components / Sigma1/sigma2, reoviral / Reoviral Sigma1/Sigma2 family / : / : / : / : / : / : / : / : / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), 6th domain / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), 7th domain / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), ferredoxin-like domain / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), GTase domain / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), N-terminal / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), methyltransferase-1 / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), methyltransferase-2 / Reovirus core-spike lambda-2 / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), C-terminal / Inner capsid protein lambda-1/ VP3 / 3-Layer(bab) Sandwich / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / Vaccinia Virus protein VP39 / Helix Hairpins / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Inner capsid protein sigma-2 / Outer capsid protein lambda-2 / Inner capsid protein sigma-2 / Inner capsid protein lambda-1
類似検索 - 構成要素
生物種Reovirus sp. (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Reinisch, K.M. / Nibert, M.L. / Harrison, S.C.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2000
タイトル: Structure of the reovirus core at 3.6 A resolution.
著者: Reinisch, K.M. / Nibert, M.L. / Harrison, S.C.
履歴
登録2000年2月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LAMBDA2
B: LAMBDA1
C: LAMBDA1
D: SIGMA2
E: SIGMA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)522,4916
ポリマ－522,4265
非ポリマー651
水0
1
A: LAMBDA2
B: LAMBDA1
C: LAMBDA1
D: SIGMA2
E: SIGMA2
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,349,479360
ポリマ－31,345,554300
非ポリマー3,92560
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: LAMBDA2
B: LAMBDA1
C: LAMBDA1
D: SIGMA2
E: SIGMA2
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 2.61 MDa, 25 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,612,45730
ポリマ－2,612,13025
非ポリマー3275
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: LAMBDA2
B: LAMBDA1
C: LAMBDA1
D: SIGMA2
E: SIGMA2
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 3.13 MDa, 30 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,134,94836
ポリマ－3,134,55530
非ポリマー3926
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: LAMBDA2
B: LAMBDA1
C: LAMBDA1
D: SIGMA2
E: SIGMA2
ヘテロ分子
x 5


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 2.61 MDa, 25 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,612,45730
ポリマ－2,612,13025
非ポリマー3275
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation4
単位格子
Length a, b, c (Å)1255.000, 1255.000, 1255.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number209
Space group name H-MF432
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.80901699, 0.309017, -0.5), (0.309017, 0.50000001, 0.80901699), (0.5, -0.809017, 0.30901699)119.84184, -193.90817, 313.74998
3generate(0.5, 0.80901699, -0.30901699), (0.809017, -0.30901699, 0.5), (0.30901699, -0.5, -0.809017)1.0E-5, -2.0E-5, 627.49998
4generate(0.5, 0.80901699, 0.309017), (0.809017, -0.309017, -0.49999999), (-0.309017, 0.5, -0.80901699)-193.90815, 313.74997, 507.65816
5generate(0.809017, 0.30901699, 0.5), (0.309017, 0.5, -0.80901699), (-0.50000001, 0.80901699, 0.309017)-193.90816, 313.74999, 119.84185

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要素

#1: タンパク質 LAMBDA2


分子量: 144098.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Reovirus sp. (ウイルス) / 株: REASSORTANT F18 / 参照: UniProt: P11079
#2: タンパク質 LAMBDA1


分子量: 142008.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Reovirus sp. (ウイルス) / 株: REASSORTANT F18 / 参照: UniProt: P15024
#3: タンパク質 SIGMA2


分子量: 47155.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Reovirus sp. (ウイルス) / 株: REASSORTANT F18 / 参照: UniProt: P03525, UniProt: P11314*PLUS
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 500

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: sodium chloride, sodium acetate, magnesium chloride, hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
16 mg/mlprotein1drop
20.5 M1dropNaCl
30-0.3 M1dropNaOAc
450 mM1dropMgCl2
550 mMHEPES1drop
61 M1reservoirNaCl
70-0.6 M1reservoirNaOAc
8100 mMHEPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 273 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→65 Å / Num. all: 947106 / Num. obs: 928767 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Net I/σ(I): 2.7
反射 シェル解像度: 3.47→3.71 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Num. unique all: 132212 / % possible all: 70
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 70 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
CCP4モデル構築
RAVEモデル構築
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
CCP4位相決定
RAVE位相決定
精密化解像度: 3.6→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: positional refinement, torsion angle dynamics, individual B-factor refinement. strict 5-fold ncs restraints were maintained. NOTE: Portions of the sigma2 positioned on the ...詳細: positional refinement, torsion angle dynamics, individual B-factor refinement. strict 5-fold ncs restraints were maintained. NOTE: Portions of the sigma2 positioned on the icosahedral/crystallographic 2-fold axis (for which we do not provide coordinates) were included in the refinement (occupancy 1/2 for each of two possible orientations) but were not refined. No portions at the interface with lambda1 were included.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2081 1428 -random
Rwork0.2059 ---
all0.2081 833412 --
obs0.2081 831984 88.5 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数34486 0 1 0 34487

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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