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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1efg | ||||||
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タイトル | THE CRYSTAL STRUCTURE OF ELONGATION FACTOR G COMPLEXED WITH GDP, AT 2.7 ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||
要素 | (ELONGATION FACTOR GEF-G) x 3 | ||||||
キーワード | ELONGATION FACTOR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 translational elongation / translation elongation factor activity / GDP binding / ribosome binding / GTPase activity / GTP binding / magnesium ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Czworkowski, J. / Wang, J. / Steitz, T.A. / Moore, P.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J. / 年: 1994 タイトル: The crystal structure of elongation factor G complexed with GDP, at 2.7 A resolution. 著者: Czworkowski, J. / Wang, J. / Steitz, T.A. / Moore, P.B. #1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1989 タイトル: Nucleotide Sequence of the Thermus Thermophilus Hb8 Gene Coding for Elongation Factor G 著者: Yakhnin, A.V. / Vorozheykina, D.P. / Matvienko, N.I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1efg.cif.gz | 35.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1efg.ent.gz | 17.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1efg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/1efg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/1efg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 76963.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P13551, UniProt: Q5SHN5*PLUS |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3081.790 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 |
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2400.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 |
#4: 化合物 | ChemComp-GDP / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.17 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / pH: 7.8 / 詳細: pH 7.8, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 26380 / % possible obs: 97.6 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.7→10 Å / σ(F): 2 詳細: AN OVERALL TEMPERATURE FACTOR HAS BEEN DETERMINED FOR EACH OF THE FIVE DOMAINS.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 33.18 Å2 | ||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.45 Å | ||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→10 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.267 / Rfactor Rfree: 0.396 / Rfactor Rwork: 0.267 | ||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |