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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a3a | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF IIA MANNITOL FROM ESCHERICHIA COLI | ||||||
要素 | MANNITOL-SPECIFIC EII | ||||||
キーワード | PHOSPHOTRANSFERASE / PHOSPHOENOLPYRUVATE DEPENDENT PHOSPHOTRANSFERASE SYSTEM / IIA ENZYMES / HISTIDINE PHOSPHORYLATION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein-Npi-phosphohistidine-D-mannitol phosphotransferase / protein-N(PI)-phosphohistidine-mannitol phosphotransferase system transmembrane transporter activity / protein-phosphocysteine-mannitol phosphotransferase system transporter activity / mannitol transmembrane transport / protein-phosphocysteine-sugar phosphotransferase activity / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / kinase activity / リン酸化 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / MULTIPLE ANOMALOUS DISPERSION / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Van Montfort, R.L.M. / Pijning, T. / Kalk, K.H. / Hangyi, I. / Kouwijzer, M.L.C.E. / Robillard, G.T. / Dijkstra, B.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1998 タイトル: The structure of the Escherichia coli phosphotransferase IIAmannitol reveals a novel fold with two conformations of the active site. 著者: van Montfort, R.L. / Pijning, T. / Kalk, K.H. / Hangyi, I. / Kouwijzer, M.L. / Robillard, G.T. / Dijkstra, B.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1a3a.cif.gz | 130.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1a3a.ent.gz | 102.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1a3a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/1a3a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/1a3a | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16348.547 Da / 分子数: 4 / 断片: IIA DOMAIN, RESIDUES 491 - 637 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 細胞内の位置: CYTOPLASM細胞質 / 遺伝子: MTLA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P00550, protein-Npi-phosphohistidine-sugar phosphotransferase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.4 % 解説: MAD DATA WERE COLLECTED AT THE BM14 AT THE ESRF, GRENOBLE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 5 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.92 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年2月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 45271 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 14.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.262 / % possible all: 84.2 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 195844 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 84.2 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: MULTIPLE ANOMALOUS DISPERSION / 解像度: 1.8→5 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→5 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor all: 0.185 / Rfactor obs: 0.19 / Rfactor Rwork: 0.19 | ||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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