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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9553 | |||||||||
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タイトル | Single particle reconstruction of CNTNAP2: conformation #3 | |||||||||
マップデータ | Single particle reconstruction of CNTNAP2: conformation #3 | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 limbic system development / clustering of voltage-gated potassium channels / neuron recognition / protein localization to juxtaparanode region of axon / vocal learning / paranodal junction / thalamus development / superior temporal gyrus development / vocalization behavior / paranode region of axon ...limbic system development / clustering of voltage-gated potassium channels / neuron recognition / protein localization to juxtaparanode region of axon / vocal learning / paranodal junction / thalamus development / superior temporal gyrus development / vocalization behavior / paranode region of axon / striatum development / juxtaparanode region of axon / adult behavior / transmission of nerve impulse / social behavior / positive regulation of gap junction assembly / axolemma / prepulse inhibition / voltage-gated potassium channel complex / neuron projection morphogenesis / synaptic membrane / 学習 / brain development / cerebral cortex development / neuron projection development / perikaryon / cell population proliferation / protease binding / transmembrane transporter binding / エンドソーム / 細胞接着 / 神経繊維 / 樹状突起 / neuronal cell body / ゴルジ体 / enzyme binding / 細胞膜 / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 15.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Lu Z / Reddy MS / Liu JF / Kalichava A / Liu JK / Zhang L / Chen F / Wang Y / Holthauzen LM / Seshadrinathan S ...Lu Z / Reddy MS / Liu JF / Kalichava A / Liu JK / Zhang L / Chen F / Wang Y / Holthauzen LM / Seshadrinathan S / Zhong XY / Ren G / Rudenko G | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2016 タイトル: Molecular Architecture of Contactin-associated Protein-like 2 (CNTNAP2) and Its Interaction with Contactin 2 (CNTN2). 著者: Zhuoyang Lu / M V V V Sekhar Reddy / Jianfang Liu / Ana Kalichava / Jiankang Liu / Lei Zhang / Fang Chen / Yun Wang / Luis Marcelo F Holthauzen / Mark A White / Suchithra Seshadrinathan / ...著者: Zhuoyang Lu / M V V V Sekhar Reddy / Jianfang Liu / Ana Kalichava / Jiankang Liu / Lei Zhang / Fang Chen / Yun Wang / Luis Marcelo F Holthauzen / Mark A White / Suchithra Seshadrinathan / Xiaoying Zhong / Gang Ren / Gabby Rudenko / 要旨: Contactin-associated protein-like 2 (CNTNAP2) is a large multidomain neuronal adhesion molecule implicated in a number of neurological disorders, including epilepsy, schizophrenia, autism spectrum ...Contactin-associated protein-like 2 (CNTNAP2) is a large multidomain neuronal adhesion molecule implicated in a number of neurological disorders, including epilepsy, schizophrenia, autism spectrum disorder, intellectual disability, and language delay. We reveal here by electron microscopy that the architecture of CNTNAP2 is composed of a large, medium, and small lobe that flex with respect to each other. Using epitope labeling and fragments, we assign the F58C, L1, and L2 domains to the large lobe, the FBG and L3 domains to the middle lobe, and the L4 domain to the small lobe of the CNTNAP2 molecular envelope. Our data reveal that CNTNAP2 has a very different architecture compared with neurexin 1α, a fellow member of the neurexin superfamily and a prototype, suggesting that CNTNAP2 uses a different strategy to integrate into the synaptic protein network. We show that the ectodomains of CNTNAP2 and contactin 2 (CNTN2) bind directly and specifically, with low nanomolar affinity. We show further that mutations in CNTNAP2 implicated in autism spectrum disorder are not segregated but are distributed over the whole ectodomain. The molecular shape and dimensions of CNTNAP2 place constraints on how CNTNAP2 integrates in the cleft of axo-glial and neuronal contact sites and how it functions as an organizing and adhesive molecule. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9553.map.gz | 6.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9553-v30.xml emd-9553.xml | 19.7 KB 19.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_9553.png | 36.9 KB | ||
その他 | emd_9553_additional.map.gz | 5.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9553 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9553 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6717C 9543C 9544C 9545C 9546C 9547C 9548C 9549C 9550C 9551C 9552C 9554C 9555C 9556C 9557C 9558C 9559C 9560C 9561C 9562C 9563C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9553.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Single particle reconstruction of CNTNAP2: conformation #3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.88 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Single particle reconstruction of CNTNAP2: conformation #3, additional...
ファイル | emd_9553_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Single particle reconstruction of CNTNAP2: conformation #3, additional map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : CNTNAP2
全体 | 名称: CNTNAP2 |
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要素 |
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-超分子 #1: CNTNAP2
超分子 | 名称: CNTNAP2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: Human contactin-associated protein-like 2 (CNTNAP2) ectodomain (or fragments) with a C-terminal ASTSHHHHHH tag were produced using baculovirus-mediated overexpression in High Five cells in ...詳細: Human contactin-associated protein-like 2 (CNTNAP2) ectodomain (or fragments) with a C-terminal ASTSHHHHHH tag were produced using baculovirus-mediated overexpression in High Five cells in Insect-XPRESS+L-Glutamine medium (Lonza). |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 組換細胞: High Five / 組換プラスミド: baculovirus |
分子量 | 理論値: 134 kDa/nm |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.005 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: uranium formate / 詳細: 1% (w/v) uranyl formate | ||||||||||||
グリッド | モデル: EMSCF, 200-Cu / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 5.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER | ||||||||||||
詳細 | This sample was monodisperse. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | ZEISS LIBRA120PLUS |
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電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.1 µm / 倍率(公称値): 125000 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: Zeiss in-column Omega filter エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 平均電子線量: 3.0 e/Å2 |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 53774 |
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CTF補正 | ソフトウェア - 名称: SPIDER (ver. 1.8) |
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: IPET reconstructed density map (low pass filtered) |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 1.9) |
最終 3次元分類 | クラス数: 200 / ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 1.9) |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 1.9) |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IPET / 使用した粒子像数: 53774 |