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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8364 | |||||||||
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タイトル | CryoEM map of the S. cerevisiae Vo region solubilized in DDM | |||||||||
マップデータ | Map of the Yeast Vo region solubilized in DDM | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 cell wall mannoprotein biosynthetic process / ATPase-coupled ion transmembrane transporter activity / cellular response to alkaline pH / P-type proton-exporting transporter activity / Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / polyphosphate metabolic process / ROS and RNS production in phagocytes / Amino acids regulate mTORC1 / Golgi lumen acidification ...cell wall mannoprotein biosynthetic process / ATPase-coupled ion transmembrane transporter activity / cellular response to alkaline pH / P-type proton-exporting transporter activity / Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / polyphosphate metabolic process / ROS and RNS production in phagocytes / Amino acids regulate mTORC1 / Golgi lumen acidification / vacuolar transport / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / endosomal lumen acidification / protein targeting to vacuole / proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / vacuole organization / fungal-type vacuole / vacuolar acidification / cellular hyperosmotic response / fungal-type vacuole membrane / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / proton transmembrane transporter activity / intracellular copper ion homeostasis / Neutrophil degranulation / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton transmembrane transport / cell periphery / transmembrane transport / エンドサイトーシス / ATPase binding / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / ゴルジ体 / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Mazhab-Jafari MT / Rohou A / Schmidt C / Bueler SA / Benlekbir S / Robinson C / Rubinstein JL | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2016 タイトル: Atomic model for the membrane-embedded V motor of a eukaryotic V-ATPase. 著者: Mohammad T Mazhab-Jafari / Alexis Rohou / Carla Schmidt / Stephanie A Bueler / Samir Benlekbir / Carol V Robinson / John L Rubinstein / 要旨: Vacuolar-type ATPases (V-ATPases) are ATP-powered proton pumps involved in processes such as endocytosis, lysosomal degradation, secondary transport, TOR signalling, and osteoclast and kidney ...Vacuolar-type ATPases (V-ATPases) are ATP-powered proton pumps involved in processes such as endocytosis, lysosomal degradation, secondary transport, TOR signalling, and osteoclast and kidney function. ATP hydrolysis in the soluble catalytic V region drives proton translocation through the membrane-embedded V region via rotation of a rotor subcomplex. Variability in the structure of the intact enzyme has prevented construction of an atomic model for the membrane-embedded motor of any rotary ATPase. We induced dissociation and auto-inhibition of the V and V regions of the V-ATPase by starving the yeast Saccharomyces cerevisiae, allowing us to obtain a ~3.9-Å resolution electron cryomicroscopy map of the V complex and build atomic models for the majority of its subunits. The analysis reveals the structures of subunits acc'c″de and a protein that we identify and propose to be a new subunit (subunit f). A large cavity between subunit a and the c-ring creates a cytoplasmic half-channel for protons. The c-ring has an asymmetric distribution of proton-carrying Glu residues, with the Glu residue of subunit c″ interacting with Arg735 of subunit a. The structure suggests sequential protonation and deprotonation of the c-ring, with ATP-hydrolysis-driven rotation causing protonation of a Glu residue at the cytoplasmic half-channel and subsequent deprotonation of a Glu residue at a luminal half-channel. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8364.map.gz | 14.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8364-v30.xml emd-8364.xml | 10.3 KB 10.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_8364_fsc.xml | 5.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_8364.png | 95.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8364 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8364 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8364.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Map of the Yeast Vo region solubilized in DDM | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.45 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Vo region
全体 | 名称: Vo region |
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要素 |
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-超分子 #1: Vo region
超分子 | 名称: Vo region / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 詳細: Vo region of Saccharomyces cerevisiae Vacuolar-type ATPase solubilized in DDM |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 300 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
詳細 | Vo solubilized in DDM Buffer: 50 mM Tris-HCl pH 7.5, 150 mM NaCl, 0.02 % [w/v] DDM |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-30 / 撮影したグリッド数: 6 / 平均露光時間: 15.0 sec. / 平均電子線量: 36.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |