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万見
- EMDB-8234: 17 nm RNA Tetrahedron -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8234
タイトル17 nm RNA Tetrahedron
マップデータ17 nm RNA Tetrahedron
試料
  • 複合体: 17 nm RNA Tetrahedron
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 23.0 Å
データ登録者Li H / Zhang K / Pi F / Guo S / Shlyakhtenko L / Chiu W / Shu D / Guo P
引用ジャーナル: Adv Mater / 年: 2016
タイトル: Controllable Self-Assembly of RNA Tetrahedrons with Precise Shape and Size for Cancer Targeting.
著者: Hui Li / Kaiming Zhang / Fengmei Pi / Sijin Guo / Luda Shlyakhtenko / Wah Chiu / Dan Shu / Peixuan Guo /
要旨: RNA tetrahedral nanoparticles with two different sizes are successfully assembled by a one-pot bottom-up approach with high efficiency and thermal stability. The reported design principles can be ...RNA tetrahedral nanoparticles with two different sizes are successfully assembled by a one-pot bottom-up approach with high efficiency and thermal stability. The reported design principles can be extended to construct higher-order polyhedral RNA architectures for various applications such as targeted cancer imaging and therapy.
履歴
登録2016年6月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年6月15日-
マップ公開2016年6月29日-
更新2023年9月6日-
現状2023年9月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 6.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 6.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8234.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8234.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 18.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈17 nm RNA Tetrahedron
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.5 Å
密度
表面レベル登録者による: 6.3 / ムービー #1: 6.3
最小 - 最大-8.064673000000001 - 17.277092
平均 (標準偏差)0.036018766 (±0.9587969)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-84-84-84
サイズ168168168
Spacing168168168
セルA=B=C: 420.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.52.52.5
M x/y/z168168168
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z420.000420.000420.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ416416416
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-84-84-84
NC/NR/NS168168168
D min/max/mean-8.06517.2770.036

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 17 nm RNA Tetrahedron

全体名称: 17 nm RNA Tetrahedron
要素
  • 複合体: 17 nm RNA Tetrahedron

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超分子 #1: 17 nm RNA Tetrahedron

超分子名称: 17 nm RNA Tetrahedron / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: The RNA strands are made by in vitro transcription.
分子量理論値: 250 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 100 mM NaCl, 50 mM Tris
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 25 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Blot for 3 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV)..
詳細The RNA strands are made by in vitro transcription.

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FS
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 倍率（公称値）: 20000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-12 (4k x 3k)
検出モード: INTEGRATING / 実像数: 131 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 75.0 e/Å2

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1662
初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 1582

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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