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万見
- EMDB-8172: Core region of shut state rabbit ryanodine receptor 1 activated b... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8172
タイトルCore region of shut state rabbit ryanodine receptor 1 activated by calcium ion
マップデータNone
試料
  • 複合体: Ryanodine Receptor 1
    • タンパク質・ペプチド: rabbit ryanodine receptor 1
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-gated ion channel activity / terminal cisterna / ryanodine receptor complex / ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / ossification involved in bone maturation / skin development / cellular response to caffeine / intracellularly gated calcium channel activity / outflow tract morphogenesis ...ATP-gated ion channel activity / terminal cisterna / ryanodine receptor complex / ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / ossification involved in bone maturation / skin development / cellular response to caffeine / intracellularly gated calcium channel activity / outflow tract morphogenesis / organelle membrane / toxic substance binding / voltage-gated calcium channel activity / skeletal muscle fiber development / release of sequestered calcium ion into cytosol / sarcoplasmic reticulum membrane / cellular response to calcium ion / 筋小胞体 / muscle contraction / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / intracellular calcium ion homeostasis / disordered domain specific binding / protein homotetramerization / transmembrane transporter binding / calmodulin binding / calcium ion binding / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Ryanodine receptor junctional solenoid repeat / Ryanodine receptor, SPRY domain 2 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / リアノジン受容体 / Ryanodine receptor, SPRY domain 1 / Ryanodine receptor, SPRY domain 3 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor Ryr / RyR domain ...: / Ryanodine receptor junctional solenoid repeat / Ryanodine receptor, SPRY domain 2 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / リアノジン受容体 / Ryanodine receptor, SPRY domain 1 / Ryanodine receptor, SPRY domain 3 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor Ryr / RyR domain / RyR/IP3 receptor binding core, RIH domain superfamily / : / RyR/IP3R Homology associated domain / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / RyR and IP3R Homology associated / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / MIR motif / MIR domain / MIR domain profile. / Domain in ryanodine and inositol trisphosphate receptors and protein O-mannosyltransferases / Mir domain superfamily / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / SPRY domain / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / Ion transport domain / Ion transport protein / EF-hand domain pair / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ryanodine receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å
データ登録者Wang X / Wei R / Yin C / Sun F
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2016
タイトル: Structural insights into Ca(2+)-activated long-range allosteric channel gating of RyR1.
著者: Risheng Wei / Xue Wang / Yan Zhang / Saptarshi Mukherjee / Lei Zhang / Qiang Chen / Xinrui Huang / Shan Jing / Congcong Liu / Shuang Li / Guangyu Wang / Yaofang Xu / Sujie Zhu / Alan J ...著者: Risheng Wei / Xue Wang / Yan Zhang / Saptarshi Mukherjee / Lei Zhang / Qiang Chen / Xinrui Huang / Shan Jing / Congcong Liu / Shuang Li / Guangyu Wang / Yaofang Xu / Sujie Zhu / Alan J Williams / Fei Sun / Chang-Cheng Yin /
要旨: Ryanodine receptors (RyRs) are a class of giant ion channels with molecular mass over 2.2 mega-Daltons. These channels mediate calcium signaling in a variety of cells. Since more than 80% of the RyR ...Ryanodine receptors (RyRs) are a class of giant ion channels with molecular mass over 2.2 mega-Daltons. These channels mediate calcium signaling in a variety of cells. Since more than 80% of the RyR protein is folded into the cytoplasmic assembly and the remaining residues form the transmembrane domain, it has been hypothesized that the activation and regulation of RyR channels occur through an as yet uncharacterized long-range allosteric mechanism. Here we report the characterization of a Ca(2+)-activated open-state RyR1 structure by cryo-electron microscopy. The structure has an overall resolution of 4.9 Å and a resolution of 4.2 Å for the core region. In comparison with the previously determined apo/closed-state structure, we observed long-range allosteric gating of the channel upon Ca(2+) activation. In-depth structural analyses elucidated a novel channel-gating mechanism and a novel ion selectivity mechanism of RyR1. Our work not only provides structural insights into the molecular mechanisms of channel gating and regulation of RyRs, but also sheds light on structural basis for channel-gating and ion selectivity mechanisms for the six-transmembrane-helix cation channel family.
履歴
登録2016年5月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年7月6日-
マップ公開2016年11月16日-
更新2016年11月16日-
現状2016年11月16日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.138
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8172.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8172.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 229.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈None
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.396 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.138 / ムービー #1: 0.138
最小 - 最大-1.7535816 - 1.1442759
平均 (標準偏差)0.00019829153 (±0.01127109)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ392392392
Spacing392392392
セルA=B=C: 547.232 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.3961.3961.396
M x/y/z392392392
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z547.232547.232547.232
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ329329329
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS392392392
D min/max/mean-1.7541.1440.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Ryanodine Receptor 1

全体名称: Ryanodine Receptor 1
要素
  • 複合体: Ryanodine Receptor 1
    • タンパク質・ペプチド: rabbit ryanodine receptor 1

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超分子 #1: Ryanodine Receptor 1

超分子名称: Ryanodine Receptor 1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 2.2 MDa

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分子 #1: rabbit ryanodine receptor 1

分子名称: rabbit ryanodine receptor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
配列文字列: MGDGGEGEDE VQFLRTDDEV VLQCSATVLK EQLKLCLAAE GFGNRLCFLE PTSNAQNVPP DLAICCFTLE QSLSVRALQE MLANTVEAGV ESSQGGGHRT LLYGHAILLR HAHSRMYLSC LTTSRSMTDK LAFDVGLQED ATGEACWWTM HPASKQRSEG EKVRVGDDLI ...文字列:
MGDGGEGEDE VQFLRTDDEV VLQCSATVLK EQLKLCLAAE GFGNRLCFLE PTSNAQNVPP DLAICCFTLE QSLSVRALQE MLANTVEAGV ESSQGGGHRT LLYGHAILLR HAHSRMYLSC LTTSRSMTDK LAFDVGLQED ATGEACWWTM HPASKQRSEG EKVRVGDDLI LVSVSSERYL HLSTASGELQ VDASFMQTLW NMNPICSCCE EGYVTGGHVL RLFHGHMDEC LTISAADSDD QRRLVYYEGG AVCTHARSLW RLEPLRISWS GSHLRWGQPL RIRHVTTGRY LALTEDQGLV VVDACKAHTK ATSFCFRVSK EKLDTAPKRD VEGMGPPEIK YGESLCFVQH VASGLWLTYA APDPKALRLG VLKKKAILHQ EGHMDDALFL TRCQQEESQA ARMIHSTAGL YNQFIKGLDS FSGKPRGSGP PAGPALPIEA VILSLQDLIG YFEPPSEELQ HEEKQSKLRS LRNRQSLFQE EGMLSLVLNC IDRLNVYTTA AHFAEYAGEE AAESWKEIVN LLYELLASLI RGNRANCALF STNLDWVVSK LDRLEASSGI LEVLYCVLIE SPEVLNIIQE NHIKSIISLL DKHGRNHKVL DVLCSLCVCN GVAVRSNQDL ITENLLPGRE LLLQTNLINY VTSIRPNIFV GRAEGSTQYG KWYFEVMVDE VVPFLTAQAT HLRVGWALTE GYSPYPGGGE GWGGNGVGDD LYSYGFDGLH LWTGHVARPV TSPGQHLLAP EDVVSCCLDL SVPSISFRIN GCPVQGVFEA FNLDGLFFPV VSFSAGVKVR FLLGGRHGEF KFLPPPGYAP CHEAVLPRER LRLEPIKEYR REGPRGPHLV GPSRCLSHTD FVPCPVDTVQ IVLPPHLERI REKLAENIHE LWALTRIEQG WTYGPVRDDN KRLHPCLVNF HSLPEPERNY NLQMSGETLK TLLALGCHVG MADEKAEDNL KKTKLPKTYM MSNGYKPAPL DLSHVRLTPA QTTLVDRLAE NGHNVWARDR VAQGWSYSAV QDIPARRNPR LVPYRLLDEA TKRSNRDSLC QAVRTLLGYG YNIEPPDQEP SQVENQSRWD RVRIFRAEKS YTVQSGRWYF EFEAVTTGEM RVGWARPELR PDVELGADEL AYVFNGHRGQ RWHLGSEPFG RPWQSGDVVG CMIDLTENTI IFTLNGEVLM SDSGSETAFR EIEIGDGFLP VCSLGPGQVG HLNLGQDVSS LRFFAICGLQ EGFEPFAINM QRPVTTWFSK SLPQFEPVPP EHPHYEVARM DGTVDTPPCL RLAHRTWGSQ NSLVEMLFLR LSLPVQFHQH FRCTAGATPL APPGLQPPAE DEARAAEPDP DYENLRRSAG GWGEAEGGKE GTAKEGTPGG TPQPGVEAQP VRAENEKDAT TEKNKKRGFL FKAKKAAMMT QPPATPALPR LPHDVVPADN RDDPEIILNT TTYYYSVRVF AGQEPSCVWV GWVTPDYHQH DMNFDLSKVR AVTVTMGDEQ GNVHSSLKCS NCYMVWGGDF VSPGQQGRIS HTDLVIGCLV DLATGLMTFT ANGKESNTFF QVEPNTKLFP AVFVLPTHQN VIQFELGKQK NIMPLSAAMF LSERKNPAPQ CPPRLEVQML MPVSWSRMPN HFLQVETRRA GERLGWAVQC QDPLTMMALH IPEENRCMDI LELSERLDLQ RFHSHTLRLY RAVCALGNNR VAHALCSHVD QAQLLHALED AHLPGPLRAG YYDLLISIHL ESACRSRRSM LSEYIVPLTP ETRAITLFPP GRKGGNARRH GLPGVGVTTS LRPPHHFSPP CFVAALPAAG VAEAPARLSP AIPLEALRDK ALRMLGEAVR 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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
300.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
2.0 mMDTTdithiothreitolジチオトレイトール
2.0 mMPMSFフッ化フェニルメチルスルホニルphenylmethanesulfonyl fluoride
20.0 mMHepes4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid

詳細: 1:1000 diluted protease inhibitor cocktail was also added in buffer.
グリッドモデル: Quantifoil R2.0/2.0 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Grids were blotted for 2s before plunging..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 5.4 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.3 µm / 倍率（補正後）: 100286 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
温度最低: 80.0 K / 最高: 80.0 K
アライメント法Coma free - Residual tilt: 23.0 mrad
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-31 / 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 4931 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 48.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 376537
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

1606


詳細: A 60 angstrom low-pass filtered cryo-EM reconstruction of RyR1 (EMDB-1606) was used as an initial mode.
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion (ver. 1.4)
最終 3次元分類クラス数: 2 / ソフトウェア - 名称: Relion (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion (ver. 1.4)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Relion (ver. 1.4)
詳細: The particles were used for focused refinement using a local-optimization refinement algorithm to subtract the signal of the peripheral region from the whole density map, which yielded a map ...詳細: The particles were used for focused refinement using a local-optimization refinement algorithm to subtract the signal of the peripheral region from the whole density map, which yielded a map of the core region (including the central region containing the U-motif, VSC and CTD and the transmembrane region) at 4.9 Angstrom.
使用した粒子像数: 30296
詳細The 31 frames of each video were processed into 10 images by merging 3 adjacent frames and then subjected into motion correction using program dosefgpu_driftcorr.

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3j8h


Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 1-5037
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: MDFF

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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