+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3hs0 | |||||||||
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Title | Cobra Venom Factor (CVF) in complex with human factor B | |||||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / serine protease / glycosilated / multi-domain / complement system / convertase / Complement alternate pathway / Complement pathway / Disulfide bond / Glycoprotein / Immune response / Inflammatory response / Innate immunity / Secreted / Thioester bond / Cleavage on pair of basic residues / Glycation / Hydrolase / Protease / Sushi / Zymogen | |||||||||
Function / homology | Function and homology information alternative-complement-pathway C3/C5 convertase / classical-complement-pathway C3/C5 convertase complex / complement binding / Alternative complement activation / Activation of C3 and C5 / complement activation, alternative pathway / complement activation / endopeptidase inhibitor activity / Regulation of Complement cascade / response to bacterium ...alternative-complement-pathway C3/C5 convertase / classical-complement-pathway C3/C5 convertase complex / complement binding / Alternative complement activation / Activation of C3 and C5 / complement activation, alternative pathway / complement activation / endopeptidase inhibitor activity / Regulation of Complement cascade / response to bacterium / toxin activity / blood microparticle / inflammatory response / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Naja kaouthia (monocled cobra) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 3 Å | |||||||||
Authors | Janssen, B.J.C. / Gomes, L. / Koning, R.I. / Svergun, D.I. / Koster, A.J. / Fritzinger, D.C. / Vogel, C.-W. / Gros, P. | |||||||||
Citation | Journal: Embo J. / Year: 2009 Title: Insights into complement convertase formation based on the structure of the factor B-cobra venom factor complex Authors: Janssen, B.J. / Gomes, L. / Koning, R.I. / Svergun, D.I. / Koster, A.J. / Fritzinger, D.C. / Vogel, C.W. / Gros, P. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3hs0.cif.gz | 1.5 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3hs0.ent.gz | 1.3 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3hs0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/3hs0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/3hs0 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3hrzSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 4 types, 8 molecules AFBGCHDI
#1: Protein | Mass: 69581.984 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: residues 23-649 / Source method: isolated from a natural source / Details: Cobra venom / Source: (natural) Naja kaouthia (monocled cobra) / References: UniProt: Q91132 #2: Protein | Mass: 28418.568 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: residues 733-984 / Source method: isolated from a natural source / Details: Cobra venom / Source: (natural) Naja kaouthia (monocled cobra) / References: UniProt: Q91132 #3: Protein | Mass: 43626.547 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: residues 1264-1642 / Source method: isolated from a natural source / Details: Cobra venom / Source: (natural) Naja kaouthia (monocled cobra) / References: UniProt: Q91132 #4: Protein | Mass: 83194.859 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: residues 26-764 / Mutation: D279G,N285D Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: CFB, BF, BFD / Cell line (production host): HEK293 / Production host: Homo sapiens (human) References: UniProt: P00751, alternative-complement-pathway C3/C5 convertase |
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-Sugars , 2 types, 9 molecules
#5: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #6: Sugar | ChemComp-NAG / |
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-Non-polymers , 2 types, 12 molecules
#7: Chemical | ChemComp-MG / #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.9 Å3/Da / Density % sol: 57.53 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 9 Details: PEG 1500, 2,3 butanediol, malic acid 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid tris (hydroxymethyl)aminomethane buffer (MMT), pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 0.9834 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jun 15, 2008 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9834 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3→35 Å / Num. all: 105184 / Num. obs: 104868 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 80.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 12.6 |
Reflection shell | Resolution: 3→3.16 Å / Redundancy: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.555 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. measured all: 58990 / Num. unique all: 15157 / Rsym value: 0.555 / % possible all: 99.9 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3HRZ Resolution: 3→34.883 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.83 / SU ML: 0.32 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 1.35 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 24.409 Å2 / ksol: 0.255 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 305.5 Å2 / Biso mean: 89.093 Å2 / Biso min: 23.87 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3→34.883 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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