+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6934 | |||||||||
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タイトル | Ribosome Structure bound to ABC-F protein. | |||||||||
マップデータ | None | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / regulation of translation / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome ...large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / regulation of translation / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / zinc ion binding / ATP binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) / Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス) / Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) / Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Su WX / Kumar V / Ero R / Andrew SWW / Jian S / Yong-Gui G | |||||||||
資金援助 | シンガポール, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018 タイトル: Ribosome protection by antibiotic resistance ATP-binding cassette protein. 著者: Weixin Su / Veerendra Kumar / Yichen Ding / Rya Ero / Aida Serra / Benjamin Sian Teck Lee / Andrew See Weng Wong / Jian Shi / Siu Kwan Sze / Liang Yang / Yong-Gui Gao / 要旨: The ribosome is one of the richest targets for antibiotics. Unfortunately, antibiotic resistance is an urgent issue in clinical practice. Several ATP-binding cassette family proteins confer ...The ribosome is one of the richest targets for antibiotics. Unfortunately, antibiotic resistance is an urgent issue in clinical practice. Several ATP-binding cassette family proteins confer resistance to ribosome-targeting antibiotics through a yet unknown mechanism. Among them, MsrE has been implicated in macrolide resistance. Here, we report the cryo-EM structure of ATP form MsrE bound to the ribosome. Unlike previously characterized ribosomal protection proteins, MsrE is shown to bind to ribosomal exit site. Our structure reveals that the domain linker forms a unique needle-like arrangement with two crossed helices connected by an extended loop projecting into the peptidyl-transferase center and the nascent peptide exit tunnel, where numerous antibiotics bind. In combination with biochemical assays, our structure provides insight into how MsrE binding leads to conformational changes, which results in the release of the drug. This mechanism appears to be universal for the ABC-F type ribosome protection proteins. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6934.map.gz | 25 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6934-v30.xml emd-6934.xml | 70.4 KB 70.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_6934_fsc.xml | 12.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_6934.png | 253.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6934 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6934 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6934.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Bacterial ribosome in complex with MsrE
+超分子 #1: Bacterial ribosome in complex with MsrE
+分子 #1: RNA (25-mer)
+分子 #8: 16S ribosomal RNA
+分子 #23: 23S ribosomal RNA
+分子 #24: 5S ribosomal RNA
+分子 #55: P-site tRNA
+分子 #2: 30S ribosomal protein S17
+分子 #3: 30S ribosomal protein S18
+分子 #4: 30S ribosomal protein S20
+分子 #5: 30S ribosomal protein S19
+分子 #6: 30S ribosomal protein S10
+分子 #7: 30S ribosomal protein Thx
+分子 #9: 30S ribosomal protein S2
+分子 #10: 30S ribosomal protein S3
+分子 #11: 30S ribosomal protein S4
+分子 #12: 30S ribosomal protein S5
+分子 #13: 30S ribosomal protein S6
+分子 #14: 30S ribosomal protein S7
+分子 #15: 30S ribosomal protein S8
+分子 #16: 30S ribosomal protein S9
+分子 #17: 30S ribosomal protein S11
+分子 #18: 30S ribosomal protein S12
+分子 #19: 30S ribosomal protein S13
+分子 #20: 30S ribosomal protein S14 type Z
+分子 #21: 30S ribosomal protein S15
+分子 #22: 30S ribosomal protein S16
+分子 #25: 50S ribosomal protein L1
+分子 #26: 50S ribosomal protein L2
+分子 #27: 50S ribosomal protein L3
+分子 #28: 50S ribosomal protein L4
+分子 #29: 50S ribosomal protein L5
+分子 #30: 50S ribosomal protein L6
+分子 #31: 50S ribosomal protein L10
+分子 #32: 50S ribosomal protein L11
+分子 #33: 50S ribosomal protein L13
+分子 #34: 50S ribosomal protein L14
+分子 #35: 50S ribosomal protein L15
+分子 #36: 50S ribosomal protein L16
+分子 #37: 50S ribosomal protein L17
+分子 #38: 50S ribosomal protein L18
+分子 #39: 50S ribosomal protein L19
+分子 #40: 50S ribosomal protein L20
+分子 #41: 50S ribosomal protein L21
+分子 #42: 50S ribosomal protein L22
+分子 #43: 50S ribosomal protein L23
+分子 #44: 50S ribosomal protein L24
+分子 #45: 50S ribosomal protein L25
+分子 #46: 50S ribosomal protein L27
+分子 #47: 50S ribosomal protein L29
+分子 #48: 50S ribosomal protein L30
+分子 #49: 50S ribosomal protein L31
+分子 #50: 50S ribosomal protein L32
+分子 #51: 50S ribosomal protein L33
+分子 #52: 50S ribosomal protein L34
+分子 #53: 50S ribosomal protein L35
+分子 #54: 50S ribosomal protein L36
+分子 #56: Macrolide efflux protein
+分子 #57: MAGNESIUM ION
+分子 #58: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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糖包埋 | 材質: Ice | ||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 0.2 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-5zlu: |