+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6899 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Full length cryo-EM structure of Drosophila-sumo-C3PO (sumo-TRAX + translin) complex | |||||||||
マップデータ | Drosophila full length cryoEM structure of sumo-C3PO complex (sumo-TRAX translin) | |||||||||
試料 |
| |||||||||
生物種 | Drosophila (ハエ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Mo X / Yuan AY | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2018 タイトル: Structural insights into Drosophila-C3PO complex assembly and 'Dynamic Side Port' model in substrate entry and release. 著者: Xiaobing Mo / Xia Yang / Yuren Adam Yuan / 要旨: In Drosophila and human, component 3 promoter of RISC (C3PO), a heteromeric complex, enhances RISC assembly and promotes RISC activity. Here, we report crystal structure of full-length Drosophila ...In Drosophila and human, component 3 promoter of RISC (C3PO), a heteromeric complex, enhances RISC assembly and promotes RISC activity. Here, we report crystal structure of full-length Drosophila C3PO (E126Q), an inactive C3PO mutant displaying much weaker RNA binding ability, at 2.1 Å resolution. In addition, we also report the cryo-EM structures of full-length Drosophila C3PO (E126Q), C3PO (WT) and SUMO-C3PO (WT, sumo-TRAX + Translin) particles trapped at different conformations at 12, 19.7 and 12.8 Å resolutions, respectively. Crystal structure of C3PO (E126Q) displays a half-barrel architecture consisting of two Trax/Translin heterodimers, whereas cryo-EM structures of C3PO (E126Q), C3PO (WT) and SUMO-C3PO (WT) adopt a closed football-like shape with a hollow interior cavity. Remarkably, both cryo-EM structures of Drosophila C3PO (E126Q) and Drosophila SUMO-C3PO (WT) particles contain a wide side port (∼25 Å × ∼30 Å versus ∼15 Å × ∼20 Å) for RNA substrate entry and release, formed by a pair of anti-parallel packed long α1 helices of TRAX subunits. Notably, cryo-EM structure of SUMO-C3PO showed that four copies of extra densities belonging to N-terminal SUMO tag are located at the outside shell of SUMO-C3PO particle, which demonstrated that the stoichiometry of TRAX/Translin for the in vitro expressed and assembled full-length Drosophila-SUMO-C3PO particle is 4:4, suggesting Drosophila C3PO is composed by TRAX/translin at a ratio of 4:4. Remarkably, the comparison of the cryo-EM structures suggests that the C3PO side ports regulated by α1 helices of TRAX molecules are highly dynamic. Hence, we propose that C3PO particles could adopt a 'Dynamic Side Port' model to capture/digest nucleic acid duplex substrate and release the digested fragments through the dynamic side ports. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6899.map.gz | 2.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-6899-v30.xml emd-6899.xml | 13.6 KB 13.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_6899_fsc.xml | 5.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_6899.png | 101.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6899 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6899 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6899.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Drosophila full length cryoEM structure of sumo-C3PO complex (sumo-TRAX translin) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.69 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : C3PO
全体 | 名称: C3PO |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: C3PO
超分子 | 名称: C3PO / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: In Drosophila, component 3 promoter of RISC (C3PO)is a complex, consisting of 4 Trax/Translin heterodimers. |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Drosophila (ハエ) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他) 組換株: DH5a / 組換プラスミド: pET-Duet |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他) 組換株: BL21 (DE3) / 組換プラスミド: pET-Duet |
分子量 | 実験値: 320 KDa |
-超分子 #2: sumo-TRAX
超分子 | 名称: sumo-TRAX / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 詳細: Translin-associated factor X |
---|
-超分子 #3: Translin
超分子 | 名称: Translin / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 詳細: A key component in C3PO complex |
---|
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: 20mM Tris (pH 7.4), 500mM NaCl, 1mM DTT and 2mM EDTA | |||||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: FORMVAR / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 5 seconds before pluning. | |||||||||||||||
詳細 | This sample was monodisperse. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 12 |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.2 µm / 倍率(補正後): 47000 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: DARK FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 47000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
温度 | 最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K |
詳細 | Preliminary grid screening was performed manually. |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 20 / 実像数: 800 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 25.0 e/Å2 |
-画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 200 |
---|