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- PDB-2buz: Crystal Structure of Protocatechuate 3,4-Dioxygenase from Acineto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2buz
タイトルCrystal Structure of Protocatechuate 3,4-Dioxygenase from Acinetobacter Sp. ADP1 Mutant R133H in Complex with 4-Nitrocatechol
要素
  • PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE ALPHA CHAIN
  • PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE BETA CHAIN
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / DIOXYGENASE / AROMATIC DEGRADATION / NON-HEME IRON / BETA- SANDWICH / MIXED ALPHA/BETA STRUCTURE OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


プロトカテク酸-3,4-ジオキシゲナーゼ / protocatechuate 3,4-dioxygenase activity / 3,4-dihydroxybenzoate catabolic process / beta-ketoadipate pathway / ferric iron binding
類似検索 - 分子機能
Protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit / Protocatechuate 3,4-dioxygenase, alpha subunit / Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta subunit, N-terminal / Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta subunit N terminal / Intradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A / Aromatic compound dioxygenase / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, C-terminal / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, core / Dioxygenase ...Protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit / Protocatechuate 3,4-dioxygenase, alpha subunit / Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta subunit, N-terminal / Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta subunit N terminal / Intradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A / Aromatic compound dioxygenase / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, C-terminal / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, core / Dioxygenase / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-NITROCATECHOL / : / Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain / Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種ACINETOBACTER CALCOACETICUS (アシネトバクター・カルコアセティカス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Valley, M.P. / D'Argenio, D.A. / Ornston, L.N. / Lipscomb, J.D. / Ohlendorf, D.H.
引用ジャーナル: Ph D Thesis / 年: 2001
タイトル: Crystallographic Studies of Intradiol Dioxygenases
著者: Vetting, M.W.
履歴
登録2005年6月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年6月20日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE ALPHA CHAIN
B: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE BETA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2834
ポリマ－51,0722
非ポリマー2112
水3,981221
1
A: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE ALPHA CHAIN
B: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE BETA CHAIN
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)615,39648
ポリマ－612,86524
非ポリマー2,53124
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)145.090, 145.090, 145.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2054-

HOH

詳細THE PHYSIOLOGICAL STATE OF THE MOLECULE IS A (AB)12DODECAMER.FOR THE HETERO-ASSEMBLY DESCRIBED BY REMARK 350

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要素

#1: タンパク質 PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE ALPHA CHAIN / PROTOCATECHUATE 3 / 4-DIOXYGENASE / 3 / 4-PCD


分子量: 23489.053 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ACINETOBACTER CALCOACETICUS (アシネトバクター・カルコアセティカス)
株: ADP1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B86DE3
参照: UniProt: P20371, プロトカテク酸-3,4-ジオキシゲナーゼ
#2: タンパク質 PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE BETA CHAIN / PROTOCATECHUATE 3 / 4-DIOXYGENASE / 3 / 4-PCD


分子量: 27583.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ACINETOBACTER CALCOACETICUS (アシネトバクター・カルコアセティカス)
株: ADP1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B86DE3
参照: UniProt: P20372, プロトカテク酸-3,4-ジオキシゲナーゼ
#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-4NC / 4-NITROCATECHOL


分子量: 155.108 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5NO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE ARG 142 HIS, CHAIN A
配列の詳細RESIDUES ARE NUMBERED TO CORRELATE WITH RESIDUE NUMBERING OF 3,4-PCD FROM PSEUDOMONAS PUTIDA ...RESIDUES ARE NUMBERED TO CORRELATE WITH RESIDUE NUMBERING OF 3,4-PCD FROM PSEUDOMONAS PUTIDA STRUCTURE, AND SO DO NOT EXACTLY CORRELATE WITH WHAT ONE WOULD EXPECT FOR A SEQUENTIAL NUMBERING. THIS INCLUDES AN INSERTION OF 5 RESIDUES IN THE A SUBUNIT BETWEEN K88 AND F89.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.8 %
解説: CRYSTAL WAS SOAKED IN 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM TRIS PH 8.5, 30-MM-4-NITROCATECHOL WITHIN AN AEROBIC ENVIRONMENT PRIOR TO DATA COLLECTION.
結晶化pH: 8.5
詳細: 1.8 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM TRIS-MALEATE PH 7.5, 0.08% PEG4000 PROTEIN AT 20 MG/ML

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データ収集

回折平均測定温度: 292 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200B / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: OSMIC CONFOCAL MAXFLUX OPTICS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 46410 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EO2

1eo2


解像度: 1.8→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.202 2356 5 %RANDOM
Rwork0.173 ---
obs0.173 46410 99.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3527 0 12 221 3760
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.02
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.86 Å /
Rfactor%反射
Rfree0.314 5 %
Rwork0.278 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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