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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6484 | |||||||||
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タイトル | Mechanisms of Ribosome Stalling by SecM at Multiple Elongation Steps | |||||||||
マップデータ | Cryo EM reconstruction of SecM-Gly-RNC (ribosomal-nascent-peptide-complex) without 50S-tRNA mask | |||||||||
試料 |
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キーワード | electron microscopy (電子顕微鏡) / single particle analysis (単粒子解析法) / ribosome stalling | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 outer membrane protein complex / monoatomic ion transmembrane transporter activity / detection of virus / outer membrane / porin activity / pore complex / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding ...outer membrane protein complex / monoatomic ion transmembrane transporter activity / detection of virus / outer membrane / porin activity / pore complex / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / monoatomic ion transport / DnaA-L2 complex / four-way junction DNA binding / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mRNA stability / ribosome assembly / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / positive regulation of RNA splicing / transcription elongation factor complex / response to reactive oxygen species / DNA endonuclease activity / cytosolic ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / regulation of cell growth / maintenance of translational fidelity / DNA-templated transcription termination / cell outer membrane / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / large ribosomal subunit / リボソーム生合成 / regulation of translation / outer membrane-bounded periplasmic space / small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / transferase activity / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / molecular adaptor activity / リボソーム / structural constituent of ribosome / symbiont entry into host cell / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / mRNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.73 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang J / Pan XJ / Yan KG / Sun S / Gao N / Sui SF | |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2015 タイトル: Mechanisms of ribosome stalling by SecM at multiple elongation steps. 著者: Jun Zhang / Xijiang Pan / Kaige Yan / Shan Sun / Ning Gao / Sen-Fang Sui / 要旨: Regulation of translating ribosomes is a major component of gene expression control network. In Escherichia coli, ribosome stalling by the C-terminal arrest sequence of SecM regulates the SecA- ...Regulation of translating ribosomes is a major component of gene expression control network. In Escherichia coli, ribosome stalling by the C-terminal arrest sequence of SecM regulates the SecA-dependent secretion pathway. Previous studies reported many residues of SecM peptide and ribosome exit tunnel are critical for stalling. However, the underlying molecular mechanism is still not clear at the atomic level. Here, we present two cryo-EM structures of the SecM-stalled ribosomes at 3.3-3.7 Å resolution, which reveal two different stalling mechanisms at distinct elongation steps of the translation cycle: one is due to the inactivation of ribosomal peptidyl-transferase center which inhibits peptide bond formation with the incoming prolyl-tRNA; the other is the prolonged residence of the peptidyl-RNA at the hybrid A/P site which inhibits the full-scale tRNA translocation. These results demonstrate an elegant control of translation cycle by regulatory peptides through a continuous, dynamic reshaping of the functional center of the ribosome. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6484.map.gz | 117 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6484-v30.xml emd-6484.xml | 13.8 KB 13.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_6484_fsc.xml | 11.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_6484.tif | 131.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6484 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6484 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6484.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 122.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo EM reconstruction of SecM-Gly-RNC (ribosomal-nascent-peptide-complex) without 50S-tRNA mask | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.32 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : SecM-Gly-RNC(ribosome-nascent-peptide-complex) complex without mask
全体 | 名称: SecM-Gly-RNC(ribosome-nascent-peptide-complex) complex without mask |
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要素 |
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-超分子 #1000: SecM-Gly-RNC(ribosome-nascent-peptide-complex) complex without mask
超分子 | 名称: SecM-Gly-RNC(ribosome-nascent-peptide-complex) complex without mask タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 2.3 MDa |
-超分子 #1: SecM-Gly-RNC without mask
超分子 | 名称: SecM-Gly-RNC without mask / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: SecM-Gly-stalled RNC without mask / 組換発現: Yes / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: Escherichia coli MG1655 / 組換プラスミド: pET21 |
分子量 | 理論値: 2.3 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 詳細: 20mM HEPES, 50mM KOAc, 6mM Mg[OAc]2, 1mM DTT, 500ug/ml chloramphenicol, 0.05% Nikkol, 0.5% pill/ml Complete EDTA-free Protease inhibitor cocktail, 0.1U/ml RNasin and 125mM sucrose |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 1.5 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法 #1
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 37878 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 22500 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
Microscopy ID | 1 |
日付 | 2014年5月8日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 4 µm / 実像数: 3908 / 平均電子線量: 16 e/Å2 詳細: Every image is the average of 14 frames recorded by the direct electron detector |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-電子顕微鏡法 #2
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 37878 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 22500 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
Microscopy ID | 2 |
日付 | 2014年6月16日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 4 µm / 実像数: 3908 / 平均電子線量: 16 e/Å2 詳細: Every image is the average of 14 frames recorded by the direct electron detector |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-電子顕微鏡法 #3
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 37878 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 22500 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
Microscopy ID | 3 |
日付 | 2014年8月30日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 4 µm / 実像数: 3908 / 平均電子線量: 16 e/Å2 詳細: Every image is the average of 14 frames recorded by the direct electron detector |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: CTFFIND |
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最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.73 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 60354 |
FSC曲線 (解像度の算出) |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B |
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ソフトウェア | 名称: Chimera, EMFit, Coot |
精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |