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万見
- EMDB-6341: Electron cryo-microscopy EBV gp350-based encapsulin nanoparticle -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6341
タイトルElectron cryo-microscopy EBV gp350-based encapsulin nanoparticle
マップデータReconstruction of EBV gp350-based encapsulin nanoparticle
試料
  • 試料: EBV gp350-based encapsulin nanoparticle
  • タンパク質・ペプチド: EBV gp350-based encapsulin nanoparticle
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 35.0 Å
データ登録者Kanekiyo M / Bu W / Joyce MG / Meng G / Whittle JR / Baxa U / Yamamoto T / Narpala S / Todd JP / Rao SS ...Kanekiyo M / Bu W / Joyce MG / Meng G / Whittle JR / Baxa U / Yamamoto T / Narpala S / Todd JP / Rao SS / McDermott AB / Koup RA / Rossmann MG / Mascola JR / Graham BS / Cohen JI / Nabel GJ
引用ジャーナル: Cell / 年: 2015
タイトル: Rational Design of an Epstein-Barr Virus Vaccine Targeting the Receptor-Binding Site.
著者: Masaru Kanekiyo / Wei Bu / M Gordon Joyce / Geng Meng / James R R Whittle / Ulrich Baxa / Takuya Yamamoto / Sandeep Narpala / John-Paul Todd / Srinivas S Rao / Adrian B McDermott / Richard A ...著者: Masaru Kanekiyo / Wei Bu / M Gordon Joyce / Geng Meng / James R R Whittle / Ulrich Baxa / Takuya Yamamoto / Sandeep Narpala / John-Paul Todd / Srinivas S Rao / Adrian B McDermott / Richard A Koup / Michael G Rossmann / John R Mascola / Barney S Graham / Jeffrey I Cohen / Gary J Nabel /
要旨: Epstein-Barr virus (EBV) represents a major global health problem. Though it is associated with infectious mononucleosis and ∼200,000 cancers annually worldwide, a vaccine is not available. The ...Epstein-Barr virus (EBV) represents a major global health problem. Though it is associated with infectious mononucleosis and ∼200,000 cancers annually worldwide, a vaccine is not available. The major target of immunity is EBV glycoprotein 350/220 (gp350) that mediates attachment to B cells through complement receptor 2 (CR2/CD21). Here, we created self-assembling nanoparticles that displayed different domains of gp350 in a symmetric array. By focusing presentation of the CR2-binding domain on nanoparticles, potent neutralizing antibodies were elicited in mice and non-human primates. The structurally designed nanoparticle vaccine increased neutralization 10- to 100-fold compared to soluble gp350 by targeting a functionally conserved site of vulnerability, improving vaccine-induced protection in a mouse model. This rational approach to EBV vaccine design elicited potent neutralizing antibody responses by arrayed presentation of a conserved viral entry domain, a strategy that can be applied to other viruses.
履歴
登録2015年5月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年6月3日-
マップ公開2016年5月4日-
更新2016年5月4日-
現状2016年5月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6341.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6341.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of EBV gp350-based encapsulin nanoparticle
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.019 Å
密度
表面レベルBy EMDB: 11.0 / ムービー #1: 6
最小 - 最大-4.44930649 - 283.391113280000013
平均 (標準偏差)9.26027489 (±36.378257750000003)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-80-80-80
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 483.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.0193.0193.019
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z483.040483.040483.040
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-34-31-64
NX/NY/NZ6963129
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-80-80-80
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-4.449283.3919.260

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : EBV gp350-based encapsulin nanoparticle

全体名称: EBV gp350-based encapsulin nanoparticle
要素
  • 試料: EBV gp350-based encapsulin nanoparticle
  • タンパク質・ペプチド: EBV gp350-based encapsulin nanoparticle

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超分子 #1000: EBV gp350-based encapsulin nanoparticle

超分子名称: EBV gp350-based encapsulin nanoparticle / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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分子 #1: EBV gp350-based encapsulin nanoparticle

分子名称: EBV gp350-based encapsulin nanoparticle / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: Yes / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: ETHANE / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
日付2013年11月20日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k)
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 35.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / 使用した粒子像数: 1000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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