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- EMDB-6339: Molecular architecture of the Ub-PCNA/Pol eta complex bound to DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6339
タイトルMolecular architecture of the Ub-PCNA/Pol eta complex bound to DNA
マップデータReconstruction of Ub-PCNA/Pol eta/DNA ternary complex
試料
  • 試料: Ub-PCNA/Pol eta/DNA
  • タンパク質・ペプチド: Monoubiquitinated PCNA
  • タンパク質・ペプチド: Pol eta
キーワードTranslesion synthesis (DNA修復) / DNA damage tolerance / Y-Family polymerase / PCNA monoubiquitination
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of deoxyribonuclease activity / dinucleotide insertion or deletion binding / PCNA-p21 complex / mitotic telomere maintenance via semi-conservative replication / purine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / positive regulation of DNA-directed DNA polymerase activity / MutLalpha complex binding / 核ラミナ / Polymerase switching / Telomere C-strand (Lagging Strand) Synthesis ...positive regulation of deoxyribonuclease activity / dinucleotide insertion or deletion binding / PCNA-p21 complex / mitotic telomere maintenance via semi-conservative replication / purine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / positive regulation of DNA-directed DNA polymerase activity / MutLalpha complex binding / 核ラミナ / Polymerase switching / Telomere C-strand (Lagging Strand) Synthesis / Processive synthesis on the lagging strand / PCNA complex / Processive synthesis on the C-strand of the telomere / Removal of the Flap Intermediate / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / Polymerase switching on the C-strand of the telomere / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / replisome / response to UV-C / response to L-glutamate / histone acetyltransferase binding / leading strand elongation / DNA synthesis involved in DNA repair / DNA polymerase processivity factor activity / error-free translesion synthesis / replication fork processing / G1/S-Specific Transcription / response to dexamethasone / nuclear replication fork / SUMOylation of DNA replication proteins / estrous cycle / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / DNAミスマッチ修復 / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / cellular response to UV-C / pyrimidine dimer repair / DNA修復 / error-prone translesion synthesis / regulation of DNA repair / response to cadmium ion / DNA polymerase binding / base-excision repair, gap-filling / positive regulation of DNA repair / epithelial cell differentiation / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / DNA複製 / positive regulation of DNA replication / male germ cell nucleus / liver regeneration / nuclear estrogen receptor binding / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Termination of translesion DNA synthesis / Translesion Synthesis by POLH / response to radiation / HDR through Homologous Recombination (HRR) / Dual Incision in GG-NER / receptor tyrosine kinase binding / cellular response to hydrogen peroxide / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / cellular response to UV / cellular response to xenobiotic stimulus / response to estradiol / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / site of double-strand break / heart development / DNA複製 / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / nuclear body / DNA修復 / 中心体 / chromatin binding / クロマチン / protein-containing complex binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / extracellular exosome / 核質 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Ubiquitin-Binding Zinc Finger / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / DNA polymerase eta, ubiquitin-binding zinc finger ...Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Ubiquitin-Binding Zinc Finger / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / DNA polymerase eta, ubiquitin-binding zinc finger / Zinc finger UBZ3-type profile. / DNApol eta/Rev1, HhH motif / : / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
増殖細胞核抗原 / DNA polymerase eta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 22.0 Å
データ登録者Lau WCY / Li Y / Zhang Q / Huen MSY
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Molecular architecture of the Ub-PCNA/Pol η complex bound to DNA.
著者: Wilson C Y Lau / Yinyin Li / Qinfen Zhang / Michael S Y Huen /
要旨: Translesion synthesis (TLS) is the mechanism by which DNA polymerases replicate through unrepaired DNA lesions. TLS is activated by monoubiquitination of the homotrimeric proliferating cell nuclear ...Translesion synthesis (TLS) is the mechanism by which DNA polymerases replicate through unrepaired DNA lesions. TLS is activated by monoubiquitination of the homotrimeric proliferating cell nuclear antigen (PCNA) at lysine-164, followed by the switch from replicative to specialized polymerases at DNA damage sites. Pol η belongs to the Y-Family of specialized polymerases that can efficiently bypass UV-induced lesions. Like other members of the Y-Family polymerases, its recruitment to the damaged sites is mediated by the interaction with monoubiquitinated PCNA (Ub-PCNA) via its ubiquitin-binding domain and non-canonical PCNA-interacting motif in the C-terminal region. The structural determinants underlying the direct recognition of Ub-PCNA by Pol η, or Y-Family polymerases in general, remain largely unknown. Here we report a structure of the Ub-PCNA/Pol η complex bound to DNA determined by single-particle electron microscopy (EM). The overall obtained structure resembles that of the editing PCNA/PolB complex. Analysis of the map revealed the conformation of ubiquitin that binds the C-terminal domain of Pol η. Our present study suggests that the Ub-PCNA/Pol η interaction requires the formation of a structured binding interface, which is dictated by the inherent flexibility of Ub-PCNA.
履歴
登録2015年5月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年8月26日-
マップ公開2015年11月18日-
更新2015年12月9日-
現状2015年12月9日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.27
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 1.27
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-3ja9, PDB-3jaa
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3ja9
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3jaa
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6339.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6339.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 4.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of Ub-PCNA/Pol eta/DNA ternary complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.14 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.27 / ムービー #1: 1.27
最小 - 最大-0.31146783 - 2.77413011
平均 (標準偏差)0.0 (±0.31292593)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-52-52-52
サイズ104104104
Spacing104104104
セルA=B=C: 222.56001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.142.142.14
M x/y/z104104104
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z222.560222.560222.560
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-8211244
NX/NY/NZ115138149
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-52-52-52
NC/NR/NS104104104
D min/max/mean-0.3112.7740.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Ub-PCNA/Pol eta/DNA

全体名称: Ub-PCNA/Pol eta/DNA
要素
  • 試料: Ub-PCNA/Pol eta/DNA
  • タンパク質・ペプチド: Monoubiquitinated PCNA
  • タンパク質・ペプチド: Pol eta

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超分子 #1000: Ub-PCNA/Pol eta/DNA

超分子名称: Ub-PCNA/Pol eta/DNA / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse
集合状態: Monomeric catalytic core of Pol eta binds to one homotrimeric Ub-PCNA
Number unique components: 2
分子量実験値: 200 KDa / 理論値: 200 KDa / 手法: Chemical crosslinking, SDS-PAGE

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分子 #1: Monoubiquitinated PCNA

分子名称: Monoubiquitinated PCNA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 集合状態: trimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量実験値: 120 KDa / 理論値: 120 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3)

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分子 #2: Pol eta

分子名称: Pol eta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: RW644 / 組換プラスミド: pJM879

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 50mM Tris-HCl, 5mM MgCl2
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids with adsorbed protein floated on two 20ul drops of 2% w/v uranyl acetate solution for 30 seconds
グリッド詳細: Continuous carbon coated copper grids (Ted Pella), glow-discharged for 30 seconds
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2010
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
日付2014年11月12日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均電子線量: 18 e/Å2

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画像解析

CTF補正詳細: Particles
最終 2次元分類クラス数: 227
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用した粒子像数: 7330

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1vym

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-3ja9:
Structure of native human PCNA

PDB-3jaa:
HUMAN DNA POLYMERASE ETA in COMPLEX WITH NORMAL DNA AND INCO NUCLEOTIDE (NRM)

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

3mr2

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-3ja9:
Structure of native human PCNA

PDB-3jaa:
HUMAN DNA POLYMERASE ETA in COMPLEX WITH NORMAL DNA AND INCO NUCLEOTIDE (NRM)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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