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万見
- EMDB-6178: CryoEM map of Mycobacterium tuberculosis 50S ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6178
タイトルCryoEM map of Mycobacterium tuberculosis 50S ribosome
マップデータMycobacterium tuberculosis 50S ribosome
試料
  • 試料: Mycobacterium tuberculosis ribosome 50S
  • 複合体: 50S ribosomeProkaryotic large ribosomal subunit
キーワードMycobacterium tuberculosis (結核菌) / ribosome (リボソーム) / 50S
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.3 Å
データ登録者Yang K / Zhang J
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Structure of Ribosomal Silencing Factor Bound to Mycobacterium tuberculosis Ribosome.
著者: Xiaojun Li / Qingan Sun / Cai Jiang / Kailu Yang / Li-Wei Hung / Junjie Zhang / James C Sacchettini /
要旨: The ribosomal silencing factor RsfS slows cell growth by inhibiting protein synthesis during periods of diminished nutrient availability. The crystal structure of Mycobacterium tuberculosis (Mtb) ...The ribosomal silencing factor RsfS slows cell growth by inhibiting protein synthesis during periods of diminished nutrient availability. The crystal structure of Mycobacterium tuberculosis (Mtb) RsfS, together with the cryo-electron microscopy (EM) structure of the large subunit 50S of Mtb ribosome, reveals how inhibition of protein synthesis by RsfS occurs. RsfS binds to the 50S at L14, which, when occupied, blocks the association of the small subunit 30S. Although Mtb RsfS is a dimer in solution, only a single subunit binds to 50S. The overlap between the dimer interface and the L14 binding interface confirms that the RsfS dimer must first dissociate to a monomer in order to bind to L14. RsfS interacts primarily through electrostatic and hydrogen bonding to L14. The EM structure shows extended rRNA density that it is not found in the Escherichia coli ribosome, the most striking of these being the extended RNA helix of H54a.
履歴
登録2014年11月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年12月24日-
マップ公開2015年8月26日-
更新2015年10月14日-
現状2015年10月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.08
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.08
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6178.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6178.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 26.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Mycobacterium tuberculosis 50S ribosome
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.85 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.08 / ムービー #1: 0.08
最小 - 最大-0.05872771 - 0.24779128
平均 (標準偏差)0.00658154 (±0.02942729)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 355.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.851.851.85
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z355.200355.200355.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-0.0590.2480.007

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Mycobacterium tuberculosis ribosome 50S

全体名称: Mycobacterium tuberculosis ribosome 50S
要素
  • 試料: Mycobacterium tuberculosis ribosome 50S
  • 複合体: 50S ribosomeProkaryotic large ribosomal subunit

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超分子 #1000: Mycobacterium tuberculosis ribosome 50S

超分子名称: Mycobacterium tuberculosis ribosome 50S / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse / 集合状態: 1 / Number unique components: 1
分子量実験値: 1.6 MDa / 理論値: 1.6 MDa

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超分子 #1: 50S ribosome

超分子名称: 50S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
Ribosome-details: ribosome-prokaryote: LSU 50S, LSU RNA 23S, LSU RNA 5S
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 株: MC_2 7000
分子量理論値: 1.6 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.6 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 5 mM HEPES sodium, pH 7.5, 10 mM NH4Cl, 50 mM KCl, 10 mM MgCl2
グリッド詳細: 200 mesh R2/2 Quantifoil grid, glow-discharged
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK I

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 81081 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 62000
試料ステージ試料ホルダー: 626 holder / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
温度平均: 100 K
日付2013年8月6日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 165 / 平均電子線量: 20 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.3 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: CTFFIND3, EMAN2.1, RELION1.3 / 使用した粒子像数: 21287
詳細Images processed with CTFFIND3, EMAN2.1, and RELION1.3.
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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