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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5838 | |||||||||
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タイトル | Characterization of Human Papilloma Virus Type 11 VLP decorated with antibody fragment H11.B2 B2 | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of HPV Type 11 VLP + H11.B2 B2 Fab | |||||||||
試料 |
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キーワード | Human Papilloma Virus VLP | |||||||||
生物種 | unidentified (未定義) / Human papillomavirus (パピローマウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhao Q / Potter CS / Carragher B / Lander G / Sworen J / Towne V / Abraham D / Duncan P / Washabaugh MW / Sitrin RD | |||||||||
引用 | ジャーナル: Hum Vaccin Immunother / 年: 2014 タイトル: Characterization of virus-like particles in GARDASIL® by cryo transmission electron microscopy. 著者: Qinjian Zhao / Clinton S Potter / Bridget Carragher / Gabriel Lander / Jaime Sworen / Victoria Towne / Dicky Abraham / Paul Duncan / Michael W Washabaugh / Robert D Sitrin / 要旨: Cryo-transmission electron microscopy (cryoTEM) is a powerful characterization method for assessing the structural properties of biopharmaceutical nanoparticles, including Virus Like Particle-based ...Cryo-transmission electron microscopy (cryoTEM) is a powerful characterization method for assessing the structural properties of biopharmaceutical nanoparticles, including Virus Like Particle-based vaccines. We demonstrate the method using the Human Papilloma Virus (HPV) VLPs in GARDASIL®. CryoTEM, coupled to automated data collection and analysis, was used to acquire images of the particles in their hydrated state, determine their morphological characteristics, and confirm the integrity of the particles when absorbed to aluminum adjuvant. In addition, we determined the three-dimensional structure of the VLPs, both alone and when interacting with neutralizing antibodies. Two modes of binding of two different neutralizing antibodies were apparent; for HPV type 11 saturated with H11.B2, 72 potential Fab binding sites were observed at the center of each capsomer, whereas for HPV 16 interacting with H16.V5, it appears that 60 pentamers (each neighboring 6 other pentamers) bind five Fabs per pentamer, for the total of 300 potential Fab binding sites per VLP. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5838.map.gz | 31.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5838-v30.xml emd-5838.xml | 8.4 KB 8.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5838.png | 135.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5838 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5838 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5838.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 41.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of HPV Type 11 VLP + H11.B2 B2 Fab | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.26 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Human Papilloma Virus Type 11 VLP decorated with antibody fragmen...
全体 | 名称: Human Papilloma Virus Type 11 VLP decorated with antibody fragment H11.B2 |
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要素 |
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-超分子 #1000: Human Papilloma Virus Type 11 VLP decorated with antibody fragmen...
超分子 | 名称: Human Papilloma Virus Type 11 VLP decorated with antibody fragment H11.B2 タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2 |
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-超分子 #1: Human papillomavirus
超分子 | 名称: Human papillomavirus / タイプ: virus / ID: 1 詳細: VLP bound with Type 11 VLP dh antibody fragment H11.B2 NCBI-ID: 10566 / 生物種: Human papillomavirus / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes / Sci species serotype: Type 11 |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES |
-分子 #1: H11.B2 Fab
分子 | 名称: H11.B2 Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: unidentified (未定義) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK II |
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-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
日付 | 2006年10月11日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN / 使用した粒子像数: 6209 |
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