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万見
- EMDB-5536: Visualization of Bacteriophage T7 Infection by Cryo-Electron Tomo... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5536
タイトルVisualization of Bacteriophage T7 Infection by Cryo-Electron Tomography
マップデータAsymmetric reconstruction of bacteriophage fiberless virion
試料
  • 試料: Bacteriophage T7 fiberless virion
  • ウイルス: Enterobacteria phage T7 (ファージ)
キーワードBacteriophage infection E. coli minicell DNA ejection
生物種Enterobacteria phage T7 (ファージ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 40.0 Å
データ登録者Hu B / Margolin W / Molineux IJ / Liu J
引用ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: The bacteriophage t7 virion undergoes extensive structural remodeling during infection.
著者: Bo Hu / William Margolin / Ian J Molineux / Jun Liu /
要旨: Adsorption and genome ejection are fundamental to the bacteriophage life cycle, yet their molecular mechanisms are not well understood. We used cryo-electron tomography to capture T7 virions at ...Adsorption and genome ejection are fundamental to the bacteriophage life cycle, yet their molecular mechanisms are not well understood. We used cryo-electron tomography to capture T7 virions at successive stages of infection of Escherichia coli minicells at ~4-nm resolution. The six phage tail fibers were folded against the capsid, extending and orienting symmetrically only after productive adsorption to the host cell surface. Receptor binding by the tail triggered conformational changes resulting in the insertion of an extended tail, which functions as the DNA ejection conduit into the cell cytoplasm. After ejection, the extended phage tail collapsed or disassembled, which allowed resealing of the infected cell membrane. These structural studies provide a detailed series of intermediates during phage infection.
履歴
登録2012年12月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年7月3日-
マップ公開2013年9月4日-
更新2013年9月25日-
現状2013年9月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5536.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5536.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 13.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Asymmetric reconstruction of bacteriophage fiberless virion
ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.7 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-4.09669447 - 4.93614149
平均 (標準偏差)0.0 (±0.99999994)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-70-70-90
サイズ140140180
Spacing140140180
セルA: 798.0 Å / B: 798.0 Å / C: 1026.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.75.75.7
M x/y/z140140180
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z798.000798.0001026.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-5029166
NX/NY/NZ106122134
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-70-70-90
NC/NR/NS140140180
D min/max/mean-4.0974.9360.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bacteriophage T7 fiberless virion

全体名称: Bacteriophage T7 fiberless virion
要素
  • 試料: Bacteriophage T7 fiberless virion
  • ウイルス: Enterobacteria phage T7 (ファージ)

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超分子 #1000: Bacteriophage T7 fiberless virion

超分子名称: Bacteriophage T7 fiberless virion / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Enterobacteria phage T7

超分子名称: Enterobacteria phage T7 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Bacteriophage T7 mutant / NCBI-ID: 10760 / 生物種: Enterobacteria phage T7 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: Bacteriophage T7 mutant
宿主生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: capsid / 直径: 600 Å

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8 / 詳細: 50 mM Tris-HCl, 10 mM MgCl2, 0.1 M NaCl
グリッド詳細: 200 mesh grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 100 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 手法: Blot for 3 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 倍率（公称値）: 31000
試料ステージ試料ホルダー: Liquid Nitrogen cooled / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -64 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 64 °
温度最低: 90 K / 最高: 100 K / 平均: 95 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 200,000x magnification
日付2011年7月17日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GENERIC TVIPS (4k x 4k)
平均電子線量: 100 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: No CTF correction
最終 3次元分類クラス数: 4
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 40.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMOD, Raptor, Protomo / 使用したサブトモグラム数: 1945
詳細The particles were manually selected from cryo-tomograms.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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