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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5124 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM of Rift Valley fever virus | |||||||||
マップデータ | this is RVFV map in 2-fold orientation | |||||||||
試料 |
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キーワード | cryo-electron microscopy / single particle averaging / Rift valley fever / bunyaviridae / inter-capsomer contacts | |||||||||
生物種 | Rift Valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 27.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Sherman MB / Freiberg AN / Holbrook AM / Watowich SJ | |||||||||
引用 | ジャーナル: Virology / 年: 2009 タイトル: Single-particle cryo-electron microscopy of Rift Valley fever virus. 著者: Michael B Sherman / Alexander N Freiberg / Michael R Holbrook / Stanley J Watowich / 要旨: Rift Valley fever virus (RVFV; Bunyaviridae; Phlebovirus) is an emerging human and veterinary pathogen causing acute hepatitis in ruminants and has the potential to cause hemorrhagic fever in humans. ...Rift Valley fever virus (RVFV; Bunyaviridae; Phlebovirus) is an emerging human and veterinary pathogen causing acute hepatitis in ruminants and has the potential to cause hemorrhagic fever in humans. We report a three-dimensional reconstruction of RVFV vaccine strain MP-12 (RVFV MP-12) by cryo-electron microcopy using icosahedral symmetry of individual virions. Although the genomic core of RVFV MP-12 is apparently poorly ordered, the glycoproteins on the virus surface are highly symmetric and arranged on a T=12 icosahedral lattice. Our RVFV MP-12 structure allowed clear identification of inter-capsomer contacts and definition of possible glycoprotein arrangements within capsomers. This structure provides a detailed model for phleboviruses, opens new avenues for high-resolution structural studies of the bunyavirus family, and aids the design of antiviral diagnostics and effective subunit vaccines. #1: ジャーナル: J.VIROL. / 年: 2008 タイトル: Three-dimensional organization of Rift Valley fever virus revealed by cryoelectron tomography 著者: Freiberg AN / Sherman MB / Morais MC / Holbrook MR / Watowich SJ | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5124.map.gz | 144.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5124-v30.xml emd-5124.xml | 11.3 KB 11.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5124_1.png | 347.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5124 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5124 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5124_validation.pdf.gz | 77.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_5124_full_validation.pdf.gz | 76.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5124_validation.xml.gz | 493 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5124 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5124 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5124.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 341.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | this is RVFV map in 2-fold orientation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Rift Valley fever virus, RVFV vaccine strain MP-12
全体 | 名称: Rift Valley fever virus, RVFV vaccine strain MP-12 |
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要素 |
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-超分子 #1000: Rift Valley fever virus, RVFV vaccine strain MP-12
超分子 | 名称: Rift Valley fever virus, RVFV vaccine strain MP-12 / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: monodisperse sample / 集合状態: single virions / Number unique components: 8 |
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-超分子 #1: Rift Valley fever virus
超分子 | 名称: Rift Valley fever virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: RVFV / 詳細: 100 nm particles / NCBI-ID: 11588 / 生物種: Rift Valley fever virus / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: RVFV |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 1000 Å / T番号(三角分割数): 12 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.2 / 詳細: 10 mM Tris-HCl, 100 mM NaCl, 1 mM EDTA |
グリッド | 詳細: 200 mesh copper Qauntifoil grids |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 95 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: pneumatic plunger / 手法: blot 2 sec before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 2200FS |
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温度 | 最低: 99 K / 最高: 99 K / 平均: 99 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification Legacy - Electron beam tilt params: 0 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: omega エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV |
日付 | 2007年11月1日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 93 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16 |
Tilt angle min | 0 |
Tilt angle max | 0 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 40200 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.7 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.7 µm / 倍率(公称値): 40000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Each particle |
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最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 27.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: PFT / 詳細: Final map calculated from 108 particles / 使用した粒子像数: 108 |
最終 2次元分類 | クラス数: 1 |