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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-43310 | |||||||||
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タイトル | Constituent EM map: Focused refinement BSol of mouse RyR1 (EGTA-only dataset) | |||||||||
マップデータ | Constituent EM map: Focused refinement BSol of mouse RyR1 (EGTA-only dataset) | |||||||||
試料 |
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キーワード | Calcium (カルシウム) / Ion Channel (イオンチャネル) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.46 Å | |||||||||
データ登録者 | Weninger G / Marks AR | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural insights into the regulation of RyR1 by S100A1. 著者: Weninger G | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_43310.map.gz | 255.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-43310-v30.xml emd-43310.xml | 14.2 KB 14.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_43310_fsc.xml | 16.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_43310.png | 29.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-43310.cif.gz | 3.9 KB | ||
その他 | emd_43310_half_map_1.map.gz emd_43310_half_map_2.map.gz | 475.4 MB 475.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43310 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43310 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_43310.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Constituent EM map: Focused refinement BSol of mouse RyR1 (EGTA-only dataset) | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half Map B
ファイル | emd_43310_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map A
ファイル | emd_43310_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Complex of RyR1 with Calstabin-1 (EGTA condition)
全体 | 名称: Complex of RyR1 with Calstabin-1 (EGTA condition) |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of RyR1 with Calstabin-1 (EGTA condition)
超分子 | 名称: Complex of RyR1 with Calstabin-1 (EGTA condition) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 8.5 mg/mL | |||||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 | |||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12147 / 平均電子線量: 58.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |