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- EMDB-42124: Cryo-EM structure of human STEAP1 in complex with AMG 509 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42124
タイトルCryo-EM structure of human STEAP1 in complex with AMG 509 Fab
マップデータsharpened map
試料
  • 複合体: complex of human STEAP1 with AMG 509 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Metalloreductase STEAP1
    • タンパク質・ペプチド: AMG 509 anti-STEAP1 Fab, heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: AMG 509 anti-STEAP1 Fab, light chain
  • リガンド: 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine
  • リガンド: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDEフラビンアデニンジヌクレオチド
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: water水
キーワードmembrane protein (膜タンパク質) / antibody (抗体) / cancer (悪性腫瘍) / membrane protein-immune system complex (生体膜)
機能・相同性
機能・相同性情報


cell-cell junction / endosome membrane / エンドソーム / heme binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Ferric reductase transmembrane component-like domain / Ferric reductase like transmembrane component
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Li F / Bailis JM
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Other private 米国
引用ジャーナル: Cancer Discov / 年: 2024
タイトル: AMG 509 (Xaluritamig), an Anti-STEAP1 XmAb 2+1 T-cell Redirecting Immune Therapy with Avidity-Dependent Activity against Prostate Cancer.
著者: Olivier Nolan-Stevaux / Cong Li / Lingming Liang / Jinghui Zhan / Juan Estrada / Tao Osgood / Fei Li / Hanzhi Zhang / Ryan Case / Christopher M Murawsky / Bram Estes / Gregory L Moore / ...著者: Olivier Nolan-Stevaux / Cong Li / Lingming Liang / Jinghui Zhan / Juan Estrada / Tao Osgood / Fei Li / Hanzhi Zhang / Ryan Case / Christopher M Murawsky / Bram Estes / Gregory L Moore / Matthew J Bernett / Umesh Muchhal / John R Desjarlais / Binnaz K Staley / Jennitte Stevens / Keegan S Cooke / Famke Aeffner / Oliver Thomas / Julia Stieglmaier / Jae-Lyun Lee / Angela Coxon / Julie M Bailis /
要旨: The tumor-associated antigen STEAP1 is a potential therapeutic target that is expressed in most prostate tumors and at increased levels in metastatic castration-resistant prostate cancer (mCRPC). We ...The tumor-associated antigen STEAP1 is a potential therapeutic target that is expressed in most prostate tumors and at increased levels in metastatic castration-resistant prostate cancer (mCRPC). We developed a STEAP1-targeted XmAb 2+1 T-cell engager (TCE) molecule, AMG 509 (also designated xaluritamig), that is designed to redirect T cells to kill prostate cancer cells that express STEAP1. AMG 509 mediates potent T cell-dependent cytotoxicity of prostate cancer cell lines in vitro and promotes tumor regression in xenograft and syngeneic mouse models of prostate cancer in vivo. The avidity-driven activity of AMG 509 enables selectivity for tumor cells with high STEAP1 expression compared with normal cells. AMG 509 is the first STEAP1 TCE to advance to clinical testing, and we report a case study of a patient with mCRPC who achieved an objective response on AMG 509 treatment.
SIGNIFICANCE: Immunotherapy in prostate cancer has met with limited success due to the immunosuppressive microenvironment and lack of tumor-specific targets. AMG 509 provides a targeted immunotherapy ...SIGNIFICANCE: Immunotherapy in prostate cancer has met with limited success due to the immunosuppressive microenvironment and lack of tumor-specific targets. AMG 509 provides a targeted immunotherapy approach to engage a patient's T cells to kill STEAP1-expressing tumor cells and represents a new treatment option for mCRPC and potentially more broadly for prostate cancer. See related commentary by Hage Chehade et al., p. 20. See related article by Kelly et al., p. 76. This article is featured in Selected Articles from This Issue, p. 5.
履歴
登録2023年9月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月22日-
マップ公開2023年11月22日-
更新2024年1月24日-
現状2024年1月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42124.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42124.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 361.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-1.1436234 - 2.179612
平均 (標準偏差)-0.0003019661 (±0.025092438)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ456456456
Spacing456456456
セルA=B=C: 392.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_42124_half_map_1.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_42124_half_map_2.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : complex of human STEAP1 with AMG 509 Fab

全体名称: complex of human STEAP1 with AMG 509 Fab
要素
  • 複合体: complex of human STEAP1 with AMG 509 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Metalloreductase STEAP1
    • タンパク質・ペプチド: AMG 509 anti-STEAP1 Fab, heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: AMG 509 anti-STEAP1 Fab, light chain
  • リガンド: 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine
  • リガンド: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDEフラビンアデニンジヌクレオチド
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: water水

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超分子 #1: complex of human STEAP1 with AMG 509 Fab

超分子名称: complex of human STEAP1 with AMG 509 Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 168 KDa

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分子 #1: Metalloreductase STEAP1

分子名称: Metalloreductase STEAP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.21527 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MESRKDITNQ EELWKMKPRR NLEEDDYLHK DTGETSMLKR PVLLHLHQTA HADEFDCPSE LQHTQELFPQ WHLPIKIAAI IASLTFLYT LLREVIHPLA TSHQQYFYKI PILVINKVLP MVSITLLALV YLPGVIAAIV QLHNGTKYKK FPHWLDKWML T RKQFGLLS ...文字列:
MESRKDITNQ EELWKMKPRR NLEEDDYLHK DTGETSMLKR PVLLHLHQTA HADEFDCPSE LQHTQELFPQ WHLPIKIAAI IASLTFLYT LLREVIHPLA TSHQQYFYKI PILVINKVLP MVSITLLALV YLPGVIAAIV QLHNGTKYKK FPHWLDKWML T RKQFGLLS FFFAVLHAIY SLSYPMRRSY RYKLLNWAYQ QVQQNKEDAW IEHDVWRMEI YVSLGIVGLA ILALLAVTSI PS VSDSLTW REFHYIQSKL GIVSLLLGTI HALIFAWNKW IDIKQFVWYT PPTFMIAVFL PIVVLIFKSI LFLPCLRKKI LKI RHGWED VTKINKTEIC SQLGGGGSDY KDDDDK

UniProtKB: STEAP1 protein

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分子 #2: AMG 509 anti-STEAP1 Fab, heavy chain

分子名称: AMG 509 anti-STEAP1 Fab, heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 20.227457 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFS TYWIEWVRQA PGQRLEWMGE ILPGSGQTDF NEKFQGRVTF TADTSSDTAY MELSSLRSE DTAVYYCTRW GYYGTRGYFN VWGQGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS

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分子 #3: AMG 509 anti-STEAP1 Fab, light chain

分子名称: AMG 509 anti-STEAP1 Fab, light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.391014 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EIVLTQSPAT LSLSPGERAT LSCRASSSVS YMHWFQQKPG QAPRLLIYST SNLASGIPAR FSGSGSGTDY TLTISSLEPE DFAVYYCQQ RRSFPYTFGQ GTKLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK ...文字列:
EIVLTQSPAT LSLSPGERAT LSCRASSSVS YMHWFQQKPG QAPRLLIYST SNLASGIPAR FSGSGSGTDY TLTISSLEPE DFAVYYCQQ RRSFPYTFGQ GTKLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK DSTYSLSSTL TLSKADYEKH KVYACEVTHQ GLSSPVTKSF NRGEC

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分子 #4: 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine

分子名称: 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: LBN
分子量理論値: 760.076 Da
Chemical component information

ChemComp-LBN:
1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / リン脂質*YM / POホスファチジルコリン

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分子 #5: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 3 / 式: FAD
分子量理論値: 785.55 Da
Chemical component information

ChemComp-FAD:
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / FAD*YM / フラビンアデニンジヌクレオチド

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分子 #6: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Heme B

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分子 #7: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッド材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec.
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 47.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6y9b

初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 203530
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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