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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41843 | |||||||||
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タイトル | PRD-0038 Spike glycoprotein NTD | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Sarbecoviruses / Spike glycoprotein (スパイクタンパク質) / fusion protein (融合タンパク質) / neutralizing antibodies (中和抗体) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / inhibitor (酵素阻害剤) / viral protein (ウイルスタンパク質) | |||||||||
生物種 | Sarbecovirus sp. (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Lee J / Park YJ / Veesler D | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2023 タイトル: Broad receptor tropism and immunogenicity of a clade 3 sarbecovirus. 著者: Jimin Lee / Samantha K Zepeda / Young-Jun Park / Ashley L Taylor / Joel Quispe / Cameron Stewart / Elizabeth M Leaf / Catherine Treichel / Davide Corti / Neil P King / Tyler N Starr / David Veesler / 要旨: Although Rhinolophus bats harbor diverse clade 3 sarbecoviruses, the structural determinants of receptor tropism along with the antigenicity of their spike (S) glycoproteins remain uncharacterized. ...Although Rhinolophus bats harbor diverse clade 3 sarbecoviruses, the structural determinants of receptor tropism along with the antigenicity of their spike (S) glycoproteins remain uncharacterized. Here, we show that the African Rhinolophus bat clade 3 sarbecovirus PRD-0038 S has a broad angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) usage and that receptor-binding domain (RBD) mutations further expand receptor promiscuity and enable human ACE2 utilization. We determine a cryo-EM structure of the PRD-0038 RBD bound to Rhinolophus alcyone ACE2, explaining receptor tropism and highlighting differences with SARS-CoV-1 and SARS-CoV-2. Characterization of PRD-0038 S using cryo-EM and monoclonal antibody reactivity reveals its distinct antigenicity relative to SARS-CoV-2 and identifies PRD-0038 cross-neutralizing antibodies for pandemic preparedness. PRD-0038 S vaccination elicits greater titers of antibodies cross-reacting with vaccine-mismatched clade 2 and clade 1a sarbecoviruses compared with SARS-CoV-2 S due to broader antigenic targeting, motivating the inclusion of clade 3 antigens in next-generation vaccines for enhanced resilience to viral evolution. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41843.map.gz | 483.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-41843-v30.xml emd-41843.xml | 16.1 KB 16.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_41843.png | 64.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-41843.cif.gz | 5.4 KB | ||
その他 | emd_41843_additional_1.map.gz emd_41843_half_map_1.map.gz emd_41843_half_map_2.map.gz | 257.5 MB 475 MB 475 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41843 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41843 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41843.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_41843_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_41843_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_41843_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : PRD-0038 Spike glycoprotein
全体 | 名称: PRD-0038 Spike glycoprotein |
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要素 |
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-超分子 #1: PRD-0038 Spike glycoprotein
超分子 | 名称: PRD-0038 Spike glycoprotein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Sarbecovirus sp. (ウイルス) |
-分子 #1: PRD-0038 Spike glycoprotein NTD
分子 | 名称: PRD-0038 Spike glycoprotein NTD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Sarbecovirus sp. (ウイルス) |
配列 | 文字列: MGILPSPGMP ALLSLVSLLS VLLMGCVAET GTQEGCGILS NKSKPALTQY SSSRRGFYYF DDTFRSSVRV LTTGYFLPFN SNLTGYSSRN AVTGRLIQFD NPNIPFKDGL YFAATERSNV IRGWIFGSTL DNTTQSAVLF NNGTHIVINV CNFYFCQDPM LTVANGSHYK ...文字列: MGILPSPGMP ALLSLVSLLS VLLMGCVAET GTQEGCGILS NKSKPALTQY SSSRRGFYYF DDTFRSSVRV LTTGYFLPFN SNLTGYSSRN AVTGRLIQFD NPNIPFKDGL YFAATERSNV IRGWIFGSTL DNTTQSAVLF NNGTHIVINV CNFYFCQDPM LTVANGSHYK SWVFLNATNC TYNRVHAFEI DPSLNTGAFI HLREHVFRNV DGFLYVYHNY ERANVYDNFP SGFSVLKPIL KLPFGLNITQ FKVIMTLFSP TTSSFNADAS VYFVGHLKPL TMLAEFDENG TITDAVDCSQ DPLSELKCTT KSLTVEKGIY QTSNFRVSPS TEVVRFPNIT NLCPFGQVFN ASKFPSVYAW ERLRISDCVA DYSVLYNSSS SFSTFKCYGV SPTKLNDLCF SSVYADYFVV KGDDVRQIAP AQTGVIADYN YKLPDDFTGC VLAWNTNSVD SKQGNNFYYR LFRHGKIKPY ERDISNVLYN SAGGTCSSTS QLGCYEPLKS YGFTPTVGVG YQPYRVVVLS FELLNAPATV CGPKKSTELV KNKCVNFNFN GLTGTGVLTS STKKFQPFQQ FGRDVSDFTD SVRDPKTLEI LDISPCSYGG VSVITPGTNT SKAVAVLYQD VNCTDVPTML HVEQVSTDWR VYALSADGNM FQTQAGCLVG ATYENSTYEC DIPIGAGICA KFGSNKLRLE SIVAYTMSIG EDQSIAYSNN TIAIPTNFSI SVTTEVLPVS MTKTSVDCNM YICGDSTECS NLLLQYGSFC TQLNRALSGI AVEQDRNTRD VFAQTKAIYK TPNIKDFGGF NFSQILPDPK KPSYRSPIED LLYNKVTLSD PGFMKQYGDC LGGINARDLI CAQKFNGLTV LPPLLTDDMI AAYTAALISG TATAGYTFGA GAALQIPFPM QMAYRFNGIG VTQNVLYENQ KQIANQFNNA ISKIQDSLTT TPAALGKLQD VINQNAVALN TLVKQLSSNF GAISSVLNDI LSRLDPPEAE VQIDRLITGR LQSLQTYVTQ QLIRAAEIRA SANLAATKMS ECVLGQSKRV DFCGKGYHLM SFPQAAPHGV VFLHVTYVPS QQQNFTTAPA ICHNGKAYFP REGVFVMNGT HWFITQRNFY SPQVITTDNT FESGSCDVVI GIVNNTVYDP LQPELESFKQ ELDKYFKNHT SPDVDLGDIS GINASVVDIK KEIAHLNEIA KNLNESLIDL QELGKYEQYV KSGRENLYFQ GGGGSGYIPE APRDGQAYVR KDGEWVLLST FLGHHHHHHH HGGSSGLNDI FEAQKIEWHE |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.0 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 310041 |