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- EMDB-41784: PRD-0038 RBD bound to Rhinolophus alcyone ACE2 (local refinement) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41784
タイトルPRD-0038 RBD bound to Rhinolophus alcyone ACE2 (local refinement)
マップデータ
試料
  • 複合体: PRD-0038 RBD bound to R. alcyone ACE2
    • タンパク質・ペプチド: Angiotensin-converting enzymeアンジオテンシン変換酵素
    • タンパク質・ペプチド: PRD-0038
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: ZINC ION
キーワードSarbecoviruses / Spike glycoprotein (スパイクタンパク質) / fusion protein (融合タンパク質) / neutralizing antibodies (中和抗体) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / inhibitor (酵素阻害剤) / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / peptidyl-dipeptidase activity / carboxypeptidase activity / 繊毛 / metallopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular region / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / アンジオテンシン変換酵素
類似検索 - ドメイン・相同性
アンジオテンシン変換酵素
類似検索 - 構成要素
生物種Sarbecovirus (SARS関連コロナウイルス) / Rhinolophus alcyone (アルキュオンキクガシラコウモリ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Park YJ / Veesler D / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI158186 米国
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2023
タイトル: Broad receptor tropism and immunogenicity of a clade 3 sarbecovirus.
著者: Jimin Lee / Samantha K Zepeda / Young-Jun Park / Ashley L Taylor / Joel Quispe / Cameron Stewart / Elizabeth M Leaf / Catherine Treichel / Davide Corti / Neil P King / Tyler N Starr / David Veesler /
要旨: Although Rhinolophus bats harbor diverse clade 3 sarbecoviruses, the structural determinants of receptor tropism along with the antigenicity of their spike (S) glycoproteins remain uncharacterized. ...Although Rhinolophus bats harbor diverse clade 3 sarbecoviruses, the structural determinants of receptor tropism along with the antigenicity of their spike (S) glycoproteins remain uncharacterized. Here, we show that the African Rhinolophus bat clade 3 sarbecovirus PRD-0038 S has a broad angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) usage and that receptor-binding domain (RBD) mutations further expand receptor promiscuity and enable human ACE2 utilization. We determine a cryo-EM structure of the PRD-0038 RBD bound to Rhinolophus alcyone ACE2, explaining receptor tropism and highlighting differences with SARS-CoV-1 and SARS-CoV-2. Characterization of PRD-0038 S using cryo-EM and monoclonal antibody reactivity reveals its distinct antigenicity relative to SARS-CoV-2 and identifies PRD-0038 cross-neutralizing antibodies for pandemic preparedness. PRD-0038 S vaccination elicits greater titers of antibodies cross-reacting with vaccine-mismatched clade 2 and clade 1a sarbecoviruses compared with SARS-CoV-2 S due to broader antigenic targeting, motivating the inclusion of clade 3 antigens in next-generation vaccines for enhanced resilience to viral evolution.
履歴
登録2023年8月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月6日-
マップ公開2023年12月6日-
更新2023年12月27日-
現状2023年12月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41784.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41784.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.6
最小 - 最大-4.7006493 - 6.5671473
平均 (標準偏差)0.0008024293 (±0.09430343)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 320.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_41784_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_41784_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_41784_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PRD-0038 RBD bound to R. alcyone ACE2

全体名称: PRD-0038 RBD bound to R. alcyone ACE2
要素
  • 複合体: PRD-0038 RBD bound to R. alcyone ACE2
    • タンパク質・ペプチド: Angiotensin-converting enzymeアンジオテンシン変換酵素
    • タンパク質・ペプチド: PRD-0038
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: PRD-0038 RBD bound to R. alcyone ACE2

超分子名称: PRD-0038 RBD bound to R. alcyone ACE2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Sarbecovirus (SARS関連コロナウイルス)

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分子 #1: Angiotensin-converting enzyme

分子名称: Angiotensin-converting enzyme / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhinolophus alcyone (アルキュオンキクガシラコウモリ)
分子量理論値: 89.075398 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSGSSWLFLS LVAVAAAQST PEDLAKIFLD NFNSEAENLS HQSSLASWEY NTNISDENIQ KMDEAGAKWS DFYETQSKHA KNFSLEEIH NDTVKLQLQI LQQSGSPVLS EDKSKRLNSI LNAMSTIYST GKVCRPNNPQ ECLLLEPGLD NIMGTSKDYN E RLWAWEGW ...文字列:
MSGSSWLFLS LVAVAAAQST PEDLAKIFLD NFNSEAENLS HQSSLASWEY NTNISDENIQ KMDEAGAKWS DFYETQSKHA KNFSLEEIH NDTVKLQLQI LQQSGSPVLS EDKSKRLNSI LNAMSTIYST GKVCRPNNPQ ECLLLEPGLD NIMGTSKDYN E RLWAWEGW RAEVGKQLRP LYEEYVVLKN EMARGYHYED YGDYWRRDYE TEGSPDLEYS RDQLTKDVER IFAEIKPLYE QL HAYVRTK LMDTYPFHIS PTGCLPAHLL GDMWGRFWTN LYPLTVPFAQ KPNIDVTDAM LNQTWDAKRI FKEAEKFFVS IGL PHMTEG FWNNSMLTDP GDGRKVVCHP TAWDLGKGDF RIKMCTKVTM EDFLTAHHEM GHIQYDMAYA SQPYLLRNGA NEGF HEAVG EVMSLSVATP KHLKTMGLLS PDFLEDNETE INFLFKQALT IVGTLPFTYM LEKWRWMVFK GEIPKEEWMT KWWEM KRKI VGVVEPVPHD ETYCDPASLF HVANDYSFIR YYTRTIFEFQ FHEALCRIAK HDGPLHKCDI SNSTDAGKKL HQMLSV GKS QPWTSVLKDF VDSKDMDVGP LLRYFEPLYT WLKEQNRNSF VGWNTDWSPY ADQSIKVRIS LKSALGEKAY EWNNNEM YL FRSSVAYAMR EYFLKTKNQT ILFGEEDVWV SNLKPRISFN FYVTSPRNLS DIIPRPEVEG AIRMSRSRIN DAFRLDDN S LEFLGIQPTL GPPYQPPVTH HHHHHHHGGS SGLNDIFEAQ KIEWHE

UniProtKB: アンジオテンシン変換酵素

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分子 #2: PRD-0038

分子名称: PRD-0038 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sarbecovirus (SARS関連コロナウイルス)
分子量理論値: 28.584332 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGILPSPGMP ALLSLVSLLS VLLMGCVARF PNITNLCPFG QVFNASKFPS VYAWERLRIS DCVADYSVLY NSSSSFSTFK CYGVSPTKL NDLCFSSVYA DYFVVKGDDV RQIAPAQTGV IADYNYKLPD DFTGCVLAWN TNSVDSKQGN NFYYRLFRHG K IKPYERDI ...文字列:
MGILPSPGMP ALLSLVSLLS VLLMGCVARF PNITNLCPFG QVFNASKFPS VYAWERLRIS DCVADYSVLY NSSSSFSTFK CYGVSPTKL NDLCFSSVYA DYFVVKGDDV RQIAPAQTGV IADYNYKLPD DFTGCVLAWN TNSVDSKQGN NFYYRLFRHG K IKPYERDI SNVLYNSAGG TCSSTSQLGC YEPLKSYGFT PTVGVGYQPY RVVVLSFELL NAPATVCGPK KSTHHHHHHH HG GSSGLND IFEAQKIEWH E

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 9 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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分子 #4: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 284934

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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