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- EMDB-41119: Cytoplasmic outer ring of the yeast NPC -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41119
タイトルCytoplasmic outer ring of the yeast NPC
マップデータc8 map of cytoplasmic outer ring reconstructed from multibody volume
試料
  • 複合体: Nuclear Pore Complex核膜孔
キーワードnuclear pore complex (核膜孔) / nucleocytoplasmic transport / nucleoporin (ヌクレオポリン) / membrane protein (膜タンパク質) / TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質)
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 22.0 Å
データ登録者Akey CW / Echeverria I / Ouch C / Fernandez-Martinez J / Rout MP
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIH R01 GM45377 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIH P41 GM109824 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIH R01 GM112108 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIH GM117212 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023
タイトル: Implications of a multiscale structure of the yeast nuclear pore complex.
著者: Christopher W Akey / Ignacia Echeverria / Christna Ouch / Ilona Nudelman / Yi Shi / Junjie Wang / Brian T Chait / Andrej Sali / Javier Fernandez-Martinez / Michael P Rout /
要旨: Nuclear pore complexes (NPCs) direct the nucleocytoplasmic transport of macromolecules. Here, we provide a composite multiscale structure of the yeast NPC, based on improved 3D density maps from ...Nuclear pore complexes (NPCs) direct the nucleocytoplasmic transport of macromolecules. Here, we provide a composite multiscale structure of the yeast NPC, based on improved 3D density maps from cryogenic electron microscopy and AlphaFold2 models. Key features of the inner and outer rings were integrated into a comprehensive model. We resolved flexible connectors that tie together the core scaffold, along with equatorial transmembrane complexes and a lumenal ring that anchor this channel within the pore membrane. The organization of the nuclear double outer ring reveals an architecture that may be shared with ancestral NPCs. Additional connections between the core scaffold and the central transporter suggest that under certain conditions, a degree of local organization is present at the periphery of the transport machinery. These connectors may couple conformational changes in the scaffold to the central transporter to modulate transport. Collectively, this analysis provides insights into assembly, transport, and NPC evolution.
履歴
登録2023年6月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月11日-
マップ公開2023年10月11日-
更新2023年10月11日-
現状2023年10月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41119.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41119.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈c8 map of cytoplasmic outer ring reconstructed from multibody volume
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.66 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0164
最小 - 最大-0.11530132 - 0.3653888
平均 (標準偏差)0.0005079929 (±0.008120659)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 1276.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: half map of cytoplasmic outer ring multibody volume

ファイルemd_41119_additional_1.map
注釈half map of cytoplasmic outer ring multibody volume
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: half map of cytoplasmic outer ring multibody volume

ファイルemd_41119_additional_2.map
注釈half map of cytoplasmic outer ring multibody volume
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: 2.5x multibody map of cytoplasmic outer ring

ファイルemd_41119_additional_3.map
注釈2.5x multibody map of cytoplasmic outer ring
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map of c8 cytoplasmic outer ring

ファイルemd_41119_half_map_1.map
注釈half map of c8 cytoplasmic outer ring
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map of c8 cytoplasmic outer ring

ファイルemd_41119_half_map_2.map
注釈half map of c8 cytoplasmic outer ring
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Nuclear Pore Complex

全体名称: Nuclear Pore Complex核膜孔
要素
  • 複合体: Nuclear Pore Complex核膜孔

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超分子 #1: Nuclear Pore Complex

超分子名称: Nuclear Pore Complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: Protein A tagged Mlp1 pullout of NPC
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: MATa ade2-1 ura3-1 his3-11,15 trp1-1 leu2-3,112 can1-100 MLP1-PPX-ProteinA::HIS5
Organelle: nucleus / 細胞中の位置: nuclear envelope

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20mM HEPES,50mM Potassium acetate,20mM NaCl,2mM MgCl2,1mM DTT
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 支持フィルム - Film thickness: 5 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III
詳細One step affinity purified

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 倍率（補正後）: 37651 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
詳細Preliminary grid screening done manually with individual images of low magnification montages of candidate meshes.
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4015 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 / 詳細: 3218 images retained after triage
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 26049
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: C8 symmetrized NPC map segmented in CHIMERA with Segger to provide initial 3D map of the cytoplasmic outer ring, which was low pass filtered for the first reference.
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.7) / 詳細: C8 symmetry used
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.7)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.7) / 詳細: C1 symmetry used to refine with 2.5x Multibody
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.7) / 詳細: Multibody in RELION / 使用した粒子像数: 34576
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: Other / Chain - Initial model type: experimental model / 詳細: none
詳細Rigid body docking of 3D map of cytoplasmic outer ring into NPC 3D map with Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: cross correlation

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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