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- EMDB-40651: Phosphoinositide phosphate 3 kinase gamma bound with ATP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40651
タイトルPhosphoinositide phosphate 3 kinase gamma bound with ATP
マップデータPI3Kg-ATP
試料
  • 複合体: PI3K-gamma-ATP
    • タンパク質・ペプチド: phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase
    • タンパク質・ペプチド: Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 5
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
キーワードPhosphoinositide 3-Kinase (PI3キナーゼ) / Chemotaxis (走化性) / Cancer (悪性腫瘍) / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IB / phosphatidylinositol-mediated signaling / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / kinase activity / リン酸化 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 5/6 / Phosphoinositide 3-kinase gamma adapter protein p101 subunit / PIK3 catalytic subunit gamma, adaptor-binding domain / PIK3 catalytic subunit gamma adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. ...Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 5/6 / Phosphoinositide 3-kinase gamma adapter protein p101 subunit / PIK3 catalytic subunit gamma, adaptor-binding domain / PIK3 catalytic subunit gamma adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase C2 / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / C2 domain superfamily / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 5 / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.32 Å
データ登録者Chen C-L / Tesmer JJG / Bandekar SJ / Cash J
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
American Heart Association834497 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Molecular basis for Gβγ-mediated activation of phosphoinositide 3-kinase γ.
著者: Chun-Liang Chen / Ramizah Syahirah / Sandeep K Ravala / Yu-Chen Yen / Thomas Klose / Qing Deng / John J G Tesmer /
要旨: The conversion of phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate to phosphatidylinositol 3,4,5-triphosphate by phosphoinositide 3-kinase γ (PI3Kγ) is critical for neutrophil chemotaxis and cancer metastasis. ...The conversion of phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate to phosphatidylinositol 3,4,5-triphosphate by phosphoinositide 3-kinase γ (PI3Kγ) is critical for neutrophil chemotaxis and cancer metastasis. PI3Kγ is activated by Gβγ heterodimers released from G protein-coupled receptors responding to extracellular signals. Here we determined cryo-electron microscopy structures of Sus scrofa PI3Kγ-human Gβγ complexes in the presence of substrates/analogs, revealing two Gβγ binding sites: one on the p110γ helical domain and another on the p101 C-terminal domain. Comparison with PI3Kγ alone reveals conformational changes in the kinase domain upon Gβγ binding that are similar to Ras·GTP-induced changes. Assays of variants perturbing the Gβγ binding sites and interdomain contacts altered by Gβγ binding suggest that Gβγ recruits the enzyme to membranes and allosterically regulates activity via both sites. Studies of zebrafish neutrophil migration align with these findings, paving the way for in-depth investigation of Gβγ-mediated activation mechanisms in this enzyme family and drug development for PI3Kγ.
履歴
登録2023年4月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月3日-
マップ公開2024年4月3日-
更新2024年4月17日-
現状2024年4月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40651.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40651.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈PI3Kg-ATP
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.18
最小 - 最大-0.9370515 - 1.7505722
平均 (標準偏差)0.00086725055 (±0.026796011)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 345.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_40651_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_40651_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PI3K-gamma-ATP

全体名称: PI3K-gamma-ATP
要素
  • 複合体: PI3K-gamma-ATP
    • タンパク質・ペプチド: phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase
    • タンパク質・ペプチド: Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 5
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

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超分子 #1: PI3K-gamma-ATP

超分子名称: PI3K-gamma-ATP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 210 kDa/nm

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分子 #1: phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase

分子名称: phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 127.573531 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MHHHHHHELE NYEQPVVLRE DNRRRRRRMK PRSTAASLSS MELIPIEFVL PTSQRNTKTP ETALLHVAGH GNVEQMKAQV WLRALETSV SADFYHRLGP DHFLLLYQKK GQWYEIYDKY QVVQTLDCLR YWKVLHRSPG QIHVVQRHAP SEETLAFQRQ L NALIGYDV ...文字列:
MHHHHHHELE NYEQPVVLRE DNRRRRRRMK PRSTAASLSS MELIPIEFVL PTSQRNTKTP ETALLHVAGH GNVEQMKAQV WLRALETSV SADFYHRLGP DHFLLLYQKK GQWYEIYDKY QVVQTLDCLR YWKVLHRSPG QIHVVQRHAP SEETLAFQRQ L NALIGYDV TDVSNVHDDE LEFTRRRLVT PRMAEVAGRD PKLYAMHPWV TSKPLPEYLL KKITNNCVFI VIHRSTTSQT IK VSADDTP GTILQSFFTK MAKKKSLMDI PESQNERDFV LRVCGRDEYL VGETPIKNFQ WVRQCLKNGE EIHLVLDTPP DPA LDEVRK EEWPLVDDCT GVTGYHEQLT IHGKDHESVF TVSLWDCDRK FRVKIRGIDI PVLPRTADLT VFVEANIQYG QQVL CQRRT SPKPFTEEVL WNVWLEFSIK IKDLPKGALL NLQIYCGKAP ALSGKTSAEM PSPESKGKAQ LLYYVNLLLI DHRFL LRHG EYVLHMWQLS GKGEDQGSFN ADKLTSATNP DKENSMSISI LLDNYCHPIA LPKHRPTPDP EGDRVRAEMP NQLRKQ LEA IIATDPLNPL TAEDKELLWH FRYESLKDPK AYPKLFSSVK WGQQEIVAKT YQLLAKREVW DQSALDVGLT MQLLDCN FS DENVRAIAVQ KLESLEDDDV LHYLLQLVQA VKFEPYHDSA LARFLLKRGL RNKRIGHFLF WFLRSEIAQS RHYQQRFA V ILEAYLRGCG TAMLHDFTQQ VQVIDMLQKV TIDIKSLSAE KYDVSSQVIS QLKQKLENLQ NLNLPQSFRV PYDPGLKAG ALVIEKCKVM ASKKKPLWLE FKCADPTALS NETIGIIFKH GDDLRQDMLI LQILRIMESI WETESLDLCL LPYGCISTGD KIGMIEIVK DATTIAKIQQ STVGNTGAFK DEVLSHWLKE KCPIEEKFQA AVERFVYSCA GYCVATFVLG IGDRHNDNIM I SETGNLFH IDFGHILGNY KSFLGINKER VPFVLTPDFL FVMGTSGKKT SLHFQKFQDV CVKAYLALRH HTNLLIILFS MM LMTGMPQ LTSKEDIEYI RDALTVGKSE EDAKKYFLDQ IEVCRDKGWT VQFNWFLHLV LGIKQGEKHS A

UniProtKB: phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase

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分子 #2: Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 5

分子名称: Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 98.497773 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MQPGATTCTE DRIQHALERC LHGLSLSRRS TSWSAGLCLN CWSLQELVSR DPGHFLILLE QILQKTREVQ EKGTYDLLAP LALLFYSTV LCTPHFPPDS DLLLKAARTY HRFLTWPVPY CSICQELLTF IDAELKAPGI SYQRLVRAEQ GLSTRSHRSS T VTVLLLNP ...文字列:
MQPGATTCTE DRIQHALERC LHGLSLSRRS TSWSAGLCLN CWSLQELVSR DPGHFLILLE QILQKTREVQ EKGTYDLLAP LALLFYSTV LCTPHFPPDS DLLLKAARTY HRFLTWPVPY CSICQELLTF IDAELKAPGI SYQRLVRAEQ GLSTRSHRSS T VTVLLLNP VEVQAEFLDV ADKLSTPGPS PHSAYITLLL HAFQATFGAH CDLSGLHRRL QSKTLAELEA IFTETAEAQE LA SGIGDAA EARQWLRTKL QAVGEKAGFP GVLDTAKPGK LRTIPIPVAR CYTYSWNQDS FDILQEILLK EQELLQPEIL DDE EDEDEE DEEEDLDADG HCAERDSVLS TGSAASHAST LSLASSQASG PTLSRQLLTS FVSGLSDGVD SGYMEDIEES AYER PRRPG GHERRGHRRP GQKFNRIYKL FKSTSQMVLR RDSRSLEGSP DSGPPLRRAG SLCSPLDSPT LPPSRAQRSR SLPQP KLSP QLPGWLLAPA SRHQRRRPFL SGDEDPKAST LRVVVFGSDR ISGKVARAYS NLRRLENNRP LLTRFFKLQF FYVPVK RSR GTGTPTSPAP RSQTPPLPTD APRHPGPAEL GAAPWEESTN DISHYLGMLD PWYERNVLGL MHLPPEVLCQ SLKAEPR PL EGSPAQLPIL ADMLLYYCRF AARPVLLQVY QTELTFITGE KTTEIFIHSL ELGHSAATRA IKASGPGSKR LGIDGDRE A VPLTLQIIYS KGAISGRSRW SNMEKLCTSV NLSKACRQQE ELDSSTEALT LNLTEVVKRQ TPKSKKGFNQ ISTSQIKVD KVQIIGSNSC PFAVCLDQDE RKILQSVIRC EVSPCYKPEK SSLCPPPQRP SYPPAPATPD LCSLLCLPIM TFSGALPGGG GSDYKDDDD K

UniProtKB: Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 5

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分子 #3: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン三リン酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4S(4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid)
200.0 mMNaCl塩化ナトリウムSodium Chloride塩化ナトリウム
10.0 mMMgCl2Magnesium Chloride
1.0 mMC10H16N5O13P3ATPアデノシン三リン酸
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: Glow discharge for 60s
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot force 2.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum ER / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
アライメント法Coma free - Residual tilt: 0.01 mrad
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 11520 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 8184 pixel / 平均露光時間: 3.12 sec. / 平均電子線量: 55.0 e/Å2
詳細: Images were collected in movie-mode at 40 frames per second
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab-initio model generated from cryoSPARC
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 3次元分類クラス数: 2 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.32 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / 使用した粒子像数: 200533
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

1e8x

chain_id: A, source_name: SwissModel, initial_model_type: in silico model
chain_id: B, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient
得られたモデル

PDB-8soa:
Phosphoinositide phosphate 3 kinase gamma bound with ATP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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