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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-37847 | |||||||||
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タイトル | potassium outward rectifier channel SKOR | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Potassium transport / Cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / ion channel (イオンチャネル) / tetramer (四量体) / METAL TRANSPORT | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 outward rectifier potassium channel activity / potassium ion homeostasis / monoatomic ion channel complex / potassium ion transport 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Gao X / Sun T / Lu Y / Jia Y / Xu X / Zhang Y / Fu P / Yang G | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Plant Commun / 年: 2024 タイトル: Structural changes in the conversion of an Arabidopsis outward-rectifying K channel into an inward-rectifying channel. 著者: Xudong Gao / Xia Xu / Tengfei Sun / Yuhan Lu / Yutian Jia / Jiaqi Zhou / Peng Fu / Yanming Zhang / Guanghui Yang / | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_37847.map.gz | 79 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-37847-v30.xml emd-37847.xml | 14.1 KB 14.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_37847.png | 29.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-37847.cif.gz | 5.8 KB | ||
その他 | emd_37847_half_map_1.map.gz emd_37847_half_map_2.map.gz | 77.5 MB 77.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37847 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37847 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8wtzMC 8wuiC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_37847.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_37847_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_37847_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : SKOR
全体 | 名称: SKOR |
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要素 |
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-超分子 #1: SKOR
超分子 | 名称: SKOR / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
-分子 #1: Potassium channel SKOR
分子 | 名称: Potassium channel SKOR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
分子量 | 理論値: 95.146195 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: DYKDDDDKHM GGSSGGGVSY RSGGESDVEL EDYEVDDFRD GIVESRGNRF NPLTNFLGLD FAGGSGGKFT VINGIRDISR GSIVHPDNR WYKAWTMFIL IWALYSSFFT PLEFGFFRGL PENLFILDIA GQIAFLVDIV LTFFVAYRDS RTYRMIYKRS S IALRYLKS ...文字列: DYKDDDDKHM GGSSGGGVSY RSGGESDVEL EDYEVDDFRD GIVESRGNRF NPLTNFLGLD FAGGSGGKFT VINGIRDISR GSIVHPDNR WYKAWTMFIL IWALYSSFFT PLEFGFFRGL PENLFILDIA GQIAFLVDIV LTFFVAYRDS RTYRMIYKRS S IALRYLKS TFIIDLLACM PWDIIYKAAG EKEEVRYLLL IRLYRVHRVI LFFHKMEKDI RINYLFTRIV KLIFVELYCT HT AACIFYY LATTLPASQE GYTWIGSLKL GDYSYSKFRE IDLWTRYTTS MYFAVVTMAT VGYGDIHAVN MREMIFAMVY ISF DMILGA YLIGNMTALI VKGSKTERFR DKMADIMRYM NRNKLGRNIR GQITGHLRLQ YESSYTEAAV LQDIPVSIRA KIAQ TLYLP YIEKVPLFRG CSSEFINQIV IRLHEEFFLP GEVIMEQGSV VDQLYFVCHG VLEEIGITKD GSEEIVAVLQ PDHSF GEIS ILCNIPQPYT VRVAELCRIL RLDKQSFMNI LEIFFHDGRR ILNNLLEGKE SNVRIKQLES DITFHISKQE AELALK LNS AAFYGDLYQL KSLIRAGGDP NKTDYDGRSP LHLAASRGYE DITLYLIQES VDVNIKDKLG STPLLEAIKN GNDRVAA LL VKEGATLNIE NAGTFLCTVV AKGDSDFLKR LLSNGIDPNS KDYDHRTPLH VAASEGFYVL AIQLVEASAN VLAKDRWG N TPLDEALGCG NKMLIKLLED AKNSQISSFP SGSKEPKDKV YKKKCTVYFS HPGDSKEKRR RGIVLWVPRS IEELIRTAK EQLNVPEASC VLSEDEAKII DVDLISDGQK LYLAVET UniProtKB: Potassium channel SKOR |
-分子 #2: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
分子 | 名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 15 / 式: PC1 |
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分子量 | 理論値: 790.145 Da |
Chemical component information | ChemComp-PC1: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION回折 / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 153828 |