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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-37795 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Cry-EM structure of cannabinoid receptor-arrestin 2 complex | ||||||||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | complex / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / GPCR (Gタンパク質共役受容体) | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 renal water retention / Defective AVP does not bind AVPR2 and causes neurohypophyseal diabetes insipidus (NDI) / cannabinoid signaling pathway / regulation of penile erection / retrograde trans-synaptic signaling by endocannabinoid / Vasopressin-like receptors / regulation of systemic arterial blood pressure by vasopressin / vasopressin receptor activity / cannabinoid receptor activity / angiotensin receptor binding ...renal water retention / Defective AVP does not bind AVPR2 and causes neurohypophyseal diabetes insipidus (NDI) / cannabinoid signaling pathway / regulation of penile erection / retrograde trans-synaptic signaling by endocannabinoid / Vasopressin-like receptors / regulation of systemic arterial blood pressure by vasopressin / vasopressin receptor activity / cannabinoid receptor activity / angiotensin receptor binding / negative regulation of mast cell activation / trans-synaptic signaling by endocannabinoid, modulating synaptic transmission / negative regulation of fatty acid beta-oxidation / negative regulation of dopamine secretion / positive regulation of acute inflammatory response to antigenic stimulus / regulation of feeding behavior / negative regulation of serotonin secretion / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / Activation of SMO / positive regulation of systemic arterial blood pressure / 止血 / telencephalon development / negative regulation of action potential / negative regulation of interleukin-8 production / Class A/1 (Rhodopsin-like receptors) / positive regulation of blood pressure / positive regulation of fever generation / regulation of metabolic process / arrestin family protein binding / G protein-coupled receptor internalization / enzyme inhibitor activity / axonal fasciculation / positive regulation of intracellular signal transduction / Lysosome Vesicle Biogenesis / regulation of synaptic transmission, GABAergic / positive regulation of Rho protein signal transduction / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / stress fiber assembly / negative regulation of Notch signaling pathway / 仮足 / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / negative regulation of interleukin-6 production / regulation of insulin secretion / positive regulation of receptor internalization / endocytic vesicle / maternal process involved in female pregnancy / GABA-ergic synapse / クラスリン / positive regulation of vasoconstriction / negative regulation of protein ubiquitination / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / cellular response to hormone stimulus / insulin-like growth factor receptor binding / activation of adenylate cyclase activity / negative regulation of blood pressure / 視覚 / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / GTPase activator activity / response to nutrient / response to cocaine / response to nicotine / response to cytokine / G protein-coupled receptor binding / G protein-coupled receptor activity / peptide binding / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / cytoplasmic vesicle membrane / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / 記憶 / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / positive regulation of neuron projection development / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / マイクロフィラメント / protein transport / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / glucose homeostasis / presynaptic membrane / Clathrin-mediated endocytosis / G alpha (i) signalling events / 成長円錐 / ubiquitin-dependent protein catabolic process / G alpha (s) signalling events / cytoplasmic vesicle / 精子形成 / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / response to ethanol / mitochondrial outer membrane / response to lipopolysaccharide / electron transfer activity / transcription coactivator activity / ペリプラズム 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Phage display vector pTDisp (その他) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Wang YX / Wang T / Wu LJ / Hua T / Liu ZJ | ||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 5件
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引用 | ジャーナル: Protein Cell / 年: 2024 タイトル: Cryo-EM structure of cannabinoid receptor CB1-β-arrestin complex. 著者: Yuxia Wang / Lijie Wu / Tian Wang / Junlin Liu / Fei Li / Longquan Jiang / Zhongbo Fan / Yanan Yu / Na Chen / Qianqian Sun / Qiwen Tan / Tian Hua / Zhi-Jie Liu / | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_37795.map.gz | 57 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-37795-v30.xml emd-37795.xml | 19.6 KB 19.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_37795.png | 34.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-37795.cif.gz | 6.6 KB | ||
その他 | emd_37795_half_map_1.map.gz emd_37795_half_map_2.map.gz | 59.4 MB 59.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37795 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37795 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8wrzMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_37795.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_37795_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_37795_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Cry-EM structure of cannabinoid receptor-arrestin 2 complex
全体 | 名称: Cry-EM structure of cannabinoid receptor-arrestin 2 complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Cry-EM structure of cannabinoid receptor-arrestin 2 complex
超分子 | 名称: Cry-EM structure of cannabinoid receptor-arrestin 2 complex タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Beta-arrestin-1
分子 | 名称: Beta-arrestin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 44.271508 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MGDKGTRVFK KASPNGKLTV YLGKRDFVDH IDLVDPVDGV VLVDPEYLKE RRVYVTLTCA FRYGREDLDV LGLTFRKDLF VANVQSFPP APEDKKPLTR LQERLIKKLG EHAYPFTFEI PPNLPCSVTL QPGPEDTGKA CGVDYEVKAF CAENLEEKIH K RNSVRLVI ...文字列: MGDKGTRVFK KASPNGKLTV YLGKRDFVDH IDLVDPVDGV VLVDPEYLKE RRVYVTLTCA FRYGREDLDV LGLTFRKDLF VANVQSFPP APEDKKPLTR LQERLIKKLG EHAYPFTFEI PPNLPCSVTL QPGPEDTGKA CGVDYEVKAF CAENLEEKIH K RNSVRLVI RKVQYAPERP GPQPTAETTR QFLMSDKPLH LEASLDKEIY YHGEPISVNV HVTNNTNKTV KKIKISVRQY AD ICLFNTA QYKCPVAMEE ADDTVAPSST FCKVYTLTPF LANNREKRGL ALDGKLKHED TNLASSTLLR EGANREILGI IVS YKVKVK LVVSRGGLLG DLASSDVAVE LPFTLMHPKP KEEPPHREVP ENETPVDTNL IELDTNDDDI VFEDFAR UniProtKB: アレスチン |
-分子 #2: scfv30 light chain, scfv30 heavy chain
分子 | 名称: scfv30 light chain, scfv30 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Phage display vector pTDisp (その他) |
分子量 | 理論値: 28.693922 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYASDIQMTQ SPSSLSASVG DRVTITCRAS QSVSSAVAWY QQKPGKAPKL LIYSASSLYS GVPSRFSGS RSGTDFTLTI SSLQPEDFAT YYCQQYKYVP VTFGQGTKVE IKGTTAASGS SGGSSSGAEV QLVESGGGLV Q PGGSLRLS ...文字列: MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYASDIQMTQ SPSSLSASVG DRVTITCRAS QSVSSAVAWY QQKPGKAPKL LIYSASSLYS GVPSRFSGS RSGTDFTLTI SSLQPEDFAT YYCQQYKYVP VTFGQGTKVE IKGTTAASGS SGGSSSGAEV QLVESGGGLV Q PGGSLRLS CAASGFNVYS SSIHWVRQAP GKGLEWVASI SSYYGYTYYA DSVKGRFTIS ADTSKNTAYL QMNSLRAEDT AV YYCARSR QFWYSGLDYW GQGTLVTVSS A |
-分子 #3: Soluble cytochrome b562,Cannabinoid receptor 1
分子 | 名称: Soluble cytochrome b562,Cannabinoid receptor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 詳細: The chimera of Cytochrome b-562, linker, and Cannabinoid receptor 1 コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 53.577543 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: ADLEDNWETL NDNLKVIEKA DNAAQVKDAL TKMRAAALDA QKATPPKLED KSPDSPEMKD FRHGFDILVG QIDDALKLAN EGKVKEAQA AAEQLKTTRN AYIQKYLLEV LFQGPVPADQ VNITEFYNKS LSSFKENEEN IQCGENFMDI ECFMVLNPSQ Q LAIAVLSL ...文字列: ADLEDNWETL NDNLKVIEKA DNAAQVKDAL TKMRAAALDA QKATPPKLED KSPDSPEMKD FRHGFDILVG QIDDALKLAN EGKVKEAQA AAEQLKTTRN AYIQKYLLEV LFQGPVPADQ VNITEFYNKS LSSFKENEEN IQCGENFMDI ECFMVLNPSQ Q LAIAVLSL TLGTFTVLEN LLVLCVILHS RSLRCRPSYH FIGSLAVADL LGSVIFVYSF IDFHVFHRKD SRNVFLFKLG GV TASFTAS VGSLFLIAID RYISIHRPLA YKRIVTRPKA VVAFCLMWTI AIVIAVLPLL GWNCEKLQSV CSDIFPHIDK TYL MFWIGV VSVLLLFIVY AYMYILWKAH SHAVRMIQRG TQKSIIIHTS EDGKVQVTRP DQARMDIELA KTLVLILVVL IICW GPLLA IMVYDVFGKM NKLIKTVFAF CSMLCLLNST VNPIIYALRS KDLRHAFRSM FPSCEGTAQP LDNSMGDSDC L UniProtKB: Soluble cytochrome b562, Cannabinoid receptor 1 |
-分子 #4: Vasopressin V2 receptor
分子 | 名称: Vasopressin V2 receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 2.920651 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: ARGRTPPSLG PQDESC(TPO)(TPO)A(SEP) (SEP)(SEP)LAK UniProtKB: Vasopressin V2 receptor |
-分子 #5: (6~{a}~{R},9~{R},10~{a}~{R})-9-(hydroxymethyl)-3-(8-isothiocyanat...
分子 | 名称: (6~{a}~{R},9~{R},10~{a}~{R})-9-(hydroxymethyl)-3-(8-isothiocyanato-2-methyl-octan-2-yl)-6,6-dimethyl-6~{a},7,8,9,10,10~{a}-hexahydrobenzo[c]chromen-1-ol タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: 8D0 |
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分子量 | 理論値: 445.658 Da |
Chemical component information | ChemComp-8D0: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 実像数: 25847 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: 詳細: with 6U1N |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 3次元分類 | クラス数: 4 |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 130058 |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-8wrz: |