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- EMDB-36743: PSI-AcpPCI supercomplex from Symbiodinium -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36743
タイトルPSI-AcpPCI supercomplex from Symbiodinium
マップデータ
試料
  • 複合体: PSI-AcpPCI supercomplex from Symbiodinium
    • タンパク質・ペプチド: x 25種
  • リガンド: x 12種
キーワードPhotosysrem I / Photosynthesis (光合成) / Dinoflagellate
機能・相同性Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / 光化学系I / 光合成 / 生体膜 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Symbiodinium (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Li XY / Li ZH / Wang WD
資金援助 中国, 9件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of Sciences2019YFA0906300 中国
Chinese Academy of Sciences2021YFA1300403 中国
Chinese Academy of SciencesXDA26050402 中国
Chinese Academy of SciencesXDB17000000 中国
Chinese Academy of Sciences2020081 中国
Chinese Academy of SciencesJCTD-2020-06 中国
Chinese Academy of SciencesYSBR-004 中国
Chinese Academy of Sciences31970260 中国
Chinese Academy of Sciences32222007 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: Structures and organizations of PSI-AcpPCI supercomplexes from red tidal and coral symbiotic photosynthetic dinoflagellates.
著者: Xiaoyi Li / Zhenhua Li / Fangfang Wang / Songhao Zhao / Caizhe Xu / Zhiyuan Mao / Jialin Duan / Yue Feng / Yang Yang / Lili Shen / Guanglei Wang / Yanyan Yang / Long-Jiang Yu / Min Sang / ...著者: Xiaoyi Li / Zhenhua Li / Fangfang Wang / Songhao Zhao / Caizhe Xu / Zhiyuan Mao / Jialin Duan / Yue Feng / Yang Yang / Lili Shen / Guanglei Wang / Yanyan Yang / Long-Jiang Yu / Min Sang / Guangye Han / Xuchu Wang / Tingyun Kuang / Jian-Ren Shen / Wenda Wang /
要旨: Marine photosynthetic dinoflagellates are a group of successful phytoplankton that can form red tides in the ocean and also symbiosis with corals. These features are closely related to the ...Marine photosynthetic dinoflagellates are a group of successful phytoplankton that can form red tides in the ocean and also symbiosis with corals. These features are closely related to the photosynthetic properties of dinoflagellates. We report here three structures of photosystem I (PSI)-chlorophylls (Chls) /-peridinin protein complex (PSI-AcpPCI) from two species of dinoflagellates by single-particle cryoelectron microscopy. The crucial PsaA/B subunits of a red tidal dinoflagellate are remarkably smaller and hence losing over 20 pigment-binding sites, whereas its PsaD/F/I/J/L/M/R subunits are larger and coordinate some additional pigment sites compared to other eukaryotic photosynthetic organisms, which may compensate for the smaller PsaA/B subunits. Similar modifications are observed in a coral symbiotic dinoflagellate species, where two additional core proteins and fewer AcpPCIs are identified in the PSI-AcpPCI supercomplex. The antenna proteins AcpPCIs in dinoflagellates developed some loops and pigment sites as a result to accommodate the changed PSI core, therefore the structures of PSI-AcpPCI supercomplex of dinoflagellates reveal an unusual protein assembly pattern. A huge pigment network comprising Chls and and various carotenoids is revealed from the structural analysis, which provides the basis for our deeper understanding of the energy transfer and dissipation within the PSI-AcpPCI supercomplex, as well as the evolution of photosynthetic organisms.
履歴
登録2023年7月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月28日-
マップ公開2024年2月28日-
更新2024年2月28日-
現状2024年2月28日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36743.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36743.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.215
最小 - 最大-0.31171027 - 1.6284502
平均 (標準偏差)0.0007149088 (±0.025184773)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 532.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_36743_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_36743_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PSI-AcpPCI supercomplex from Symbiodinium

全体名称: PSI-AcpPCI supercomplex from Symbiodinium
要素
  • 複合体: PSI-AcpPCI supercomplex from Symbiodinium
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-7, acpPCI-7
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-6, acpPCI-6
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I unk光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I unk光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-8, acpPCI-8
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-10, acpPCI-10
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I PsaC光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I PsaD光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I PsaE光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I PsaF光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I PsaR光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I PsaI光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I PsaJ光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I PsaL光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I PsaM光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I PsaA光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I PsaB光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-11, acpPCI-11
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-9, acpPCI-9
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-2, acpPCI-2
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-12, acpPCI-12
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-3, acpPCI-3
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-5, acpPCI-5
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-4, acpPCI-4
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-13, acpPCI-13
  • リガンド: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol
  • リガンド: [(1~{S},5~{R})-3,3,5-trimethyl-5-oxidanyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{S},4~{S},6~{R})-2,2,6-trimethyl-4-oxidanyl-7-oxabicyclo[4.1.0]heptan-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenylidene]cyclohexyl] ethanoate
  • リガンド: CHLOROPHYLL Aクロロフィルa
  • リガンド: Chlorophyll c1Chlorophyll c
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: PERIDININペリジニン
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER鉄・硫黄クラスター
  • リガンド: BETA-CAROTENEΒ-カロテン
  • リガンド: PHYLLOQUINONEフィロキノン
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

+
超分子 #1: PSI-AcpPCI supercomplex from Symbiodinium

超分子名称: PSI-AcpPCI supercomplex from Symbiodinium / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#25
由来(天然)生物種: Symbiodinium (真核生物)

+
分子 #1: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-7, acpPCI-7

分子名称: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-7, acpPCI-7
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Symbiodinium (真核生物)
分子量理論値: 21.839982 KDa
配列文字列: KETSASVPFL PKPKNLAGWV GGETEFDPIG FSNWFDMKWL REAELKHGRV CMMATVGFVL QPYIGAYPGV EMPADSLQAV YAAPSEAWF AFIFAAGYIE SSSYNGKITQ LNMFEDSDRV PGNLGWGSTR LEGMSKEESE LMQLKELKNG RLAMLAFSGM V HHNIVVKG ...文字列:
KETSASVPFL PKPKNLAGWV GGETEFDPIG FSNWFDMKWL REAELKHGRV CMMATVGFVL QPYIGAYPGV EMPADSLQAV YAAPSEAWF AFIFAAGYIE SSSYNGKITQ LNMFEDSDRV PGNLGWGSTR LEGMSKEESE LMQLKELKNG RLAMLAFSGM V HHNIVVKG ALFPLVPDGW TGPEPWAVGS IMNN(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)

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分子 #2: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-6, acpPCI-6

分子名称: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-6, acpPCI-6
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Symbiodinium (真核生物)
分子量理論値: 19.596793 KDa
配列文字列: GGYKMSKAVP FLPMSPALEG YVGAEEEGFD PMGFSLALDI RWLREAELKH GRICMLATVG WIATDLGMRL PGPAYQVSTL EAHDAMVKF GPMAQILIWL GIIEVFSFLA ITNMMEGTTD RQPGDYGLRR LYPKDEEGQY EMQLKELRNG RLAMLAFSGI V TTAVLTGR ...文字列:
GGYKMSKAVP FLPMSPALEG YVGAEEEGFD PMGFSLALDI RWLREAELKH GRICMLATVG WIATDLGMRL PGPAYQVSTL EAHDAMVKF GPMAQILIWL GIIEVFSFLA ITNMMEGTTD RQPGDYGLRR LYPKDEEGQY EMQLKELRNG RLAMLAFSGI V TTAVLTGR TWPF(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #3: Photosystem I unk

分子名称: Photosystem I unk / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Symbiodinium (真核生物)
分子量理論値: 6.656196 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
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分子 #4: Photosystem I unk

分子名称: Photosystem I unk / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Symbiodinium (真核生物)
分子量理論値: 11.166757 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
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分子 #5: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-8, acpPCI-8

分子名称: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-8, acpPCI-8
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Symbiodinium (真核生物)
分子量理論値: 24.560145 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) HPKHMLVAGV RGYEMEWQPI PGDAVKYPKP NSEEMFKTM IGADVETGGE AWDPLGFHKL FDRNFDFNML PVYPHVQWLR EAEIKHGRVC MLAFIGCFAQ AGYHIGSYPV Q PDWSKALA ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) HPKHMLVAGV RGYEMEWQPI PGDAVKYPKP NSEEMFKTM IGADVETGGE AWDPLGFHKL FDRNFDFNML PVYPHVQWLR EAEIKHGRVC MLAFIGCFAQ AGYHIGSYPV Q PDWSKALA ECYASPTGAV GLFQISVLIG WIEGKNYNGD AWVGMSEKEP GDLGFDPAGF TKNPDFDLKK AQLQEIKNGR LA MVGCASI AANHFIPGSV PLLTGFY

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分子 #6: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-10, acpPCI-10

分子名称: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-10, acpPCI-10
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Symbiodinium (真核生物)
分子量理論値: 20.093357 KDa
配列文字列: EFAGGLIGGQ SAFASQEYNF DPLGLAEKFP EQLPFFREAE LKHGRIAMLA WVGLVVPEFV RIPGPEKCWQ ASAVDAHSAC V(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK) ...文字列:
EFAGGLIGGQ SAFASQEYNF DPLGLAEKFP EQLPFFREAE LKHGRIAMLA WVGLVVPEFV RIPGPEKCWQ ASAVDAHSAC V(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)GALTQVF IFCGTLEICG TWAKMNPM(UNK)(UNK) (UNK)GLTMENAGD YRLGVN FLP DEPEKVKEMK LKELKNGRLA MLAFGGAITQ ATLTGSGFPW LY

+
分子 #7: Photosystem I PsaC

分子名称: Photosystem I PsaC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Symbiodinium (真核生物)
分子量理論値: 9.425731 KDa
配列文字列:
SHAVKIYDTC IGCTLCVRAC PTDVLEMVPA SINAAKQVAS SPRVEDCVGC KRCETACPTD FLSIRVYLQD NEETQYSLGL DLVDWS

+
分子 #8: Photosystem I PsaD

分子名称: Photosystem I PsaD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Symbiodinium (真核生物)
分子量理論値: 24.878785 KDa
配列文字列: VVAEAIPRPE DLLDSPKFPM FEGSTGGYMS RSTRERHAIT WTAKGQAKFE MPTGGFAIMN QGENLCYFRK KEQCIALGKQ LRKMKIENY KIYRLKKDGT VIFMHPADGV FPEKVNKGRV QVNGRPFTIR GNPQQSELKF TKYQGKGYEA DPLTTMFVKA R VMAFADVP ...文字列:
VVAEAIPRPE DLLDSPKFPM FEGSTGGYMS RSTRERHAIT WTAKGQAKFE MPTGGFAIMN QGENLCYFRK KEQCIALGKQ LRKMKIENY KIYRLKKDGT VIFMHPADGV FPEKVNKGRV QVNGRPFTIR GNPQQSELKF TKYQGKGYEA DPLTTMFVKA R VMAFADVP NLFALPQPNM DELVPAEEVD KYTRQEYTTR MMEALKRVQD DRAAKAAKSL

+
分子 #9: Photosystem I PsaE

分子名称: Photosystem I PsaE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Symbiodinium (真核生物)
分子量理論値: 8.266334 KDa
配列文字列:
PWVGPKKGSW VKILRPESYW FQQRGQVVNV NQKPEVKYPV TVKFDSVNYA NVNTNGYALW EVIEAPAPGP GEV

+
分子 #10: Photosystem I PsaF

分子名称: Photosystem I PsaF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Symbiodinium (真核生物)
分子量理論値: 20.609658 KDa
配列文字列:
AKPLEMFGGV DIDLEDTPAH WTIKASPVLE PCKDNKKFHK KLKDELYKVK KNQQKFAEGS AAYARFNKKI KMIELRETAY GDRLCGKKD GLPRTIATGE WNVRGSAMWP AAIFLYIAGW IGWAGRSYLI RTNDAAKEIN IDVPLAVTCM ASGFSWPVAA W QEIVNGEM AVPNDQIHNG GPWNQS

+
分子 #11: Photosystem I PsaR

分子名称: Photosystem I PsaR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Symbiodinium (真核生物)
分子量理論値: 15.221271 KDa
配列文字列:
YTETVADERL FEQVYLQYTS EYLKGPLYWH PDKLQGWLPD YPGTPMIKEG KYTSHVIGNL KAFSSNELAF LSMLFFGVGL YGNLQFNFY DPQWAKVDAG GFFNVSYIVE SFLLPISFFM HIACYIQRQN GK

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #12: Photosystem I PsaI

分子名称: Photosystem I PsaI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Symbiodinium (真核生物)
分子量理論値: 13.699559 KDa
配列文字列:
KYGDQRKFAA VLVPLTTLVF PAVAMGMFVL YSFQEDAFWR IVPGTKRARE LDEAWREHPL FANSKDPLDG LINPDDYEKG LEEAWERAK PAGSTVTVKD KLKQLSKQNN PHWESWRAMS

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #13: Photosystem I PsaJ

分子名称: Photosystem I PsaJ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Symbiodinium (真核生物)
分子量理論値: 11.153527 KDa
配列文字列:
AETEEGLIIK PEEAGKITSR DKNNNPPRIV VKTNDWDIPE YQLSTGASNQ VSYITPVVES EDIKAWLSLN VNFFSIIILF TVGGLIEIQ RFFPDTLYW

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #14: Photosystem I PsaL

分子名称: Photosystem I PsaL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Symbiodinium (真核生物)
分子量理論値: 27.708895 KDa
配列文字列: KIAYLQDIPR TIVEKDALEL ILKNTPKEQW ENPPEDSYLY TVKAFAEMYG PGKATKMGWW DYYRLKMDMP DTTRLSSERE LQEIEEYEK LMMSGKVPFA VPGPSGYFFT GFVTQWKGKE PFAGDQVITL TENGLFAKQF LSALAFYREG LKPWQRGLEI G MAHGYFLI ...文字列:
KIAYLQDIPR TIVEKDALEL ILKNTPKEQW ENPPEDSYLY TVKAFAEMYG PGKATKMGWW DYYRLKMDMP DTTRLSSERE LQEIEEYEK LMMSGKVPFA VPGPSGYFFT GFVTQWKGKE PFAGDQVITL TENGLFAKQF LSALAFYREG LKPWQRGLEI G MAHGYFLI GPFTSLGPLR NTPEAATVGL LCGCAIVGIV SIGGLIFGST IKPTRFDKDG DKPGAGFIEM INWHAVGGLG GA GFAHALI TVF

+
分子 #15: Photosystem I PsaM

分子名称: Photosystem I PsaM / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Symbiodinium (真核生物)
分子量理論値: 8.527976 KDa
配列文字列:
RVPGGKRTQE LGLVIPMADE DGLTDGQVAG LFVIALVVFI SAMDLAKTMY NGINPAKFKT SKGKGYISPL VKRYIENGF

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #16: Photosystem I PsaA

分子名称: Photosystem I PsaA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Symbiodinium (真核生物)
分子量理論値: 75.785336 KDa
配列文字列: IFRYINTTLW AKAGHFNKAL SKGAKTTTWI WNLHDYAHDF DIQQRSTGLI ARKVFSSNLA HLSLVFFWIS GMHLHGAYLS NYDIWLKDP KSITPSSHLA YSLIGQDILN SYTSEYFSGI TITSGFFQLY RSEGIITQSQ LKYACATSLI ATLICLSGSY L HMQLMSKF ...文字列:
IFRYINTTLW AKAGHFNKAL SKGAKTTTWI WNLHDYAHDF DIQQRSTGLI ARKVFSSNLA HLSLVFFWIS GMHLHGAYLS NYDIWLKDP KSITPSSHLA YSLIGQDILN SYTSEYFSGI TITSGFFQLY RSEGIITQSQ LKYACATSLI ATLICLSGSY L HMQLMSKF TSFYKKFQSL SQDHLIIIFG SRSTSLSAHQ IHKMLPANPL LDSGISKPSI LQVISNSLSY TLALFSTNLS ST GKLLNPS TRSVFLSQVA AHHKTTGVVF ITLGLIRFLT MYKSQFSILT SYIDYHIVLS INLALIASLS IIVADHLTRT PIY PHKSTS YPTILCLSIH HAWLSGFLII GSGAHASIFN LLGSPTSEIR HRDPIYSHLI WVCIAIGLHS FSLYCHNDTL EALG RPEDI FHDNSIQLKA IFAKQSFLRA ELQPDIEMLD KKIIRITQEL GTADFIVHHI HAFTIHVTLL ILSKGVLYAR NSRFV SDKL ELGFTYPCDG PGRGGTCQIS PWDHLFSAVF WMYNCLNVVT FHYFWKMQSD VWGFVSIQKH ISHYSQGDFS VNSITI NGW LRNLLWSEAS QVIQSYALSS ICPYGFIFLI GHFIWAFSLM FLFSGRAYWQ ELIESILWSH HKLKIIPHIQ PRALSIS QG RAVGFIHYTL GGIGSTWAFI ISRLLVLT

+
分子 #17: Photosystem I PsaB

分子名称: Photosystem I PsaB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Symbiodinium (真核生物)
分子量理論値: 74.438906 KDa
配列文字列: GRCASSRYLQ VLGSIHDIEC GFGIDNTLSL NLQIFTAHWG HLTIILIWVS SNLYHIASNA NYSLWVKNPI PSMPIAHNIW DPHFTNSTS TPYSHTIITT ILIAYSGIYN QLYTSGFNTI NQIYKTTFTF SCLAVISILL AKIHINTHSE LLHKLASHTS Q IPSFFQLL ...文字列:
GRCASSRYLQ VLGSIHDIEC GFGIDNTLSL NLQIFTAHWG HLTIILIWVS SNLYHIASNA NYSLWVKNPI PSMPIAHNIW DPHFTNSTS TPYSHTIITT ILIAYSGIYN QLYTSGFNTI NQIYKTTFTF SCLAVISILL AKIHINTHSE LLHKLASHTS Q IPSFFQLL YFLDVAISSV NIRFNFHTGI LVGLFSIGYT GHLLDITIPA SRAPLIHTSP SYLTFFGGLK SNTSSLYLTD IA HHHLAIG IISILTGHLY SSFRAALGTY IRDILYTSHL THSIKSLHLA LSLILASCTP LTSTTAQHIY SLTPYFYLSY DHI YSTALY VHHSYITSFL AIASHAHTAI TLVRDWVAPL EQESSSKQIR IHTHKAAIIS HLSWVSLWLG FHTLAVYSHN DTCI AFNSP SKQILIEASN GQLIQQASGK ALYGTINSIN NYNKSFDSFI HPISPGDLYV HHAIALGLHI TVLILLKGGL EARGS KLMP DKMEHSFGFS CDGPGRGGTC DISAWDSFYL ATFWMLNSNA WISFYFHYKH LTPRQFSESS TYLESWFRDY LWFNST PLI HGYSTLGAND LSVQSWSFLL THLAWASGFM FLISWRGYWQ ELIDIILYIH LKTPILINLW NGDIYTPLAL SIVQARF IG LVHFSTGLIL TYPPFIIGAT S

+
分子 #18: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-11, acpPCI-11

分子名称: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-11, acpPCI-11
タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Symbiodinium (真核生物)
分子量理論値: 21.264883 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)VKMSPSVPY LPYPERLEGW VGGEKGFDPL RTSDIIDVYW LREAELKHGR ICMLATLGWI S VDAGWRFE ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)VKMSPSVPY LPYPERLEGW VGGEKGFDPL RTSDIIDVYW LREAELKHGR ICMLATLGWI S VDAGWRFE AEMFQGVSVI NAHNKMVEMG VMQQMLSIVG VCEIFSLYLI KEGLLGKIQR KAGDYFIGKN FLPKEEDKAK DM QLKELEN GRLAMLAFSG ICTQANLFPE SHFPY

+
分子 #19: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-9, acpPCI-9

分子名称: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-9, acpPCI-9
タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Symbiodinium (真核生物)
分子量理論値: 17.493844 KDa
配列文字列:
FENELGVQAP TGFFDPLGLS SDGSIDNFKR RRASEIKHGR VAMLATMGYM TPEITGKFPG YLSYSQSIKF ADVPNGLAAM SKVPVLGWA QVAAYGAVCE LSQDQSPGTP GAAGDFGF(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)KVITSED EETLKRKLNS E LANGRLAM MAIIGLFFQD GLTGGAY

+
分子 #20: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-2, acpPCI-2

分子名称: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-2, acpPCI-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Symbiodinium (真核生物)
分子量理論値: 19.33507 KDa
配列文字列:
FEGELGVTPP MGYFDPLGLS SDGDKKTFIR RRKSELKNGR VAMWACMGWI VPEWYRFPGE LSPSSGLKFS EIPNGMAALK ALPTEAWAQ MGAFVALLEL GPLWQDESRA PGDFKTCAKY GFPMFFVGGR EGSDSDPVKN QYSLNSEINN GRLAMMAITG M VFQNGITG TTGPEMWA

+
分子 #21: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-12, acpPCI-12

分子名称: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-12, acpPCI-12
タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Symbiodinium (真核生物)
分子量理論値: 17.109432 KDa
配列文字列:
FESELGVQAP TGFWDPLGFA KDGSMKAFKR RRASEIKHGR IAMLATMGYI TPEITGKFPG YLSPSTLLKY DDIPNGLGAI SKVPALGWA QIFVYCGYAE LSQDQTPGSP GAEGNFGFKV LTSSDPDSLE KKLASEIANG RLAMMAFTGM ATQDGLTGSA W

+
分子 #22: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-3, acpPCI-3

分子名称: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-3, acpPCI-3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Symbiodinium (真核生物)
分子量理論値: 22.912516 KDa
配列文字列: REAPKVLAGT GGPLPESFWD PAGFTNNKTD EELLFYRAAE LKHGRIAMAA VVGWFTNASG FHYLGDLWLK KPASDNPIEA FNQLSLLGV FQMVFFIGCL EWLTTVPCPP PKDAPWDVIG MSDVLEEDTD ENPMAEYKKI QMQELNNSRL AMVAIIGLIV Q ATTTG(UNK) ...文字列:
REAPKVLAGT GGPLPESFWD PAGFTNNKTD EELLFYRAAE LKHGRIAMAA VVGWFTNASG FHYLGDLWLK KPASDNPIEA FNQLSLLGV FQMVFFIGCL EWLTTVPCPP PKDAPWDVIG MSDVLEEDTD ENPMAEYKKI QMQELNNSRL AMVAIIGLIV Q ATTTG(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #23: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-5, acpPCI-5

分子名称: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-5, acpPCI-5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Symbiodinium (真核生物)
分子量理論値: 20.585494 KDa
配列文字列:
ARRELAVAYE DAGIDLMDNG KFAQGLVGAE AAFGRYEFDP IGFSKYTELV PWFREAELKH GRIAMLAWLG LVVPDFVRIP GEAYSFEAV PRVIDAHDAL NADAGPNFQI ILFISIVELC CAKKVFEWNS VETAGDYNLT RLFPEDDEAQ KQMRIAELKN G RLAMIAFG GAVTQAVITG KPFPWTF

+
分子 #24: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-4, acpPCI-4

分子名称: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-4, acpPCI-4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Symbiodinium (真核生物)
分子量理論値: 19.381953 KDa
配列文字列: FAGGLTGSDY GGFGGKYEWD PVGFSTRWPE HLAWYREAEL KHGRIAMLAF AGLLAPDLFR LPWAEFQDSS LDFANAHDKF VAG(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)F GPMWWGFIAC GGIEYQRFRK LGLGMEGLTL ENAGNLGWFD LPKNSEERLF Y ETAELKNG ...文字列:
FAGGLTGSDY GGFGGKYEWD PVGFSTRWPE HLAWYREAEL KHGRIAMLAF AGLLAPDLFR LPWAEFQDSS LDFANAHDKF VAG(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)F GPMWWGFIAC GGIEYQRFRK LGLGMEGLTL ENAGNLGWFD LPKNSEERLF Y ETAELKNG RLAMLAVSGI FTAGIFWDQH HFPFI

+
分子 #25: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-13, acpPCI-13

分子名称: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-13, acpPCI-13
タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Symbiodinium (真核生物)
分子量理論値: 17.119342 KDa
配列文字列:
FENELGVQAP VGFWDPVGFT ADGNVASFRR RRTVELKHGR ISMLAAMGYM TPEITGKFPG YLSPSTLLKY DDIPNGLGAI SKVPALGWA QIFVYCGYAE LSQDQTPGSP GAEGNFGFKV LTSSDPDSLE KKLASEIANG RLAMMAFTGM ATQDGLTGSA W

+
分子 #26: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,be...

分子名称: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol
タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 41 / 式: DD6
分子量理論値: 582.855 Da
Chemical component information

ChemComp-DD6:
(3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol / ジアジノキサンチン

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分子 #27: [(1~{S},5~{R})-3,3,5-trimethyl-5-oxidanyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9...

分子名称: [(1~{S},5~{R})-3,3,5-trimethyl-5-oxidanyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{S},4~{S},6~{R})-2,2,6-trimethyl-4-oxidanyl-7-oxabicyclo[4.1.0] ...名称: [(1~{S},5~{R})-3,3,5-trimethyl-5-oxidanyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{S},4~{S},6~{R})-2,2,6-trimethyl-4-oxidanyl-7-oxabicyclo[4.1.0]heptan-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenylidene]cyclohexyl] ethanoate
タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 7 / 式: UIX
分子量理論値: 642.907 Da

+
分子 #28: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 189 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A / クロロフィルa

+
分子 #29: Chlorophyll c1

分子名称: Chlorophyll c1 / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 20 / 式: KC1
分子量理論値: 610.941 Da
Chemical component information

ChemComp-KC1:
Chlorophyll c1 / Chlorophyll c

+
分子 #30: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 7 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #31: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 9 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #32: PERIDININ

分子名称: PERIDININ / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 18 / 式: PID
分子量理論値: 630.81 Da
Chemical component information

ChemComp-PID:
PERIDININ / ペリジニン

+
分子 #33: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 1 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

+
分子 #34: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄 / 鉄・硫黄クラスター

+
分子 #35: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 12 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン / Β-カロテン

+
分子 #36: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン / フィロキノン

+
分子 #37: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 1 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM / Phosphatidylglycerol

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 216895
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る