+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36334 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Atomic structure of wheat ribosome reveals unique features of the plant ribosomes | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Protein Synthesis Machinery / Eukaryotic Ribosome / Plant (植物) / TRANSLATION (翻訳 (生物学)) / RIBOSOME (リボソーム) | |||||||||
生物種 | Triticum aestivum (コムギ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.71 Å | |||||||||
データ登録者 | Mishra RK / Sharma PN / Hussain T | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2024 タイトル: Cryo-EM structure of wheat ribosome reveals unique features of the plant ribosomes. 著者: Rishi Kumar Mishra / Prafful Sharma / Faisal Tarique Khaja / Adwaith B Uday / Tanweer Hussain / 要旨: Plants being sessile organisms exhibit unique features in ribosomes, which might aid in rapid gene expression and regulation in response to varying environmental conditions. Here, we present high- ...Plants being sessile organisms exhibit unique features in ribosomes, which might aid in rapid gene expression and regulation in response to varying environmental conditions. Here, we present high-resolution structures of the 60S and 80S ribosomes from wheat, a monocot staple crop plant (Triticum aestivum). While plant ribosomes have unique plant-specific rRNA modification (Cm1847) in the peptide exit tunnel (PET), the zinc-finger motif in eL34 is absent, and uL4 is extended, making an exclusive interaction network. We note differences in the eL15-helix 11 (25S) interaction, eL6-ES7 assembly, and certain rRNA chemical modifications between monocot and dicot ribosomes. In eukaryotes, we observe highly conserved rRNA modification (Gm75) in 5.8S rRNA and a flipped base (G1506) in PET. These features are likely involved in sensing or stabilizing nascent chain. Finally, we discuss the importance of the universal conservation of three consecutive rRNA modifications in all ribosomes for their interaction with A-site aminoacyl-tRNA. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 年: 2018 タイトル: Real-space refinement in PHENIX for cryo-EM and crystallography 著者: Uday AB / Khaja FT | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36334.map.gz | 266.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-36334-v30.xml emd-36334.xml | 19 KB 19 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_36334_fsc.xml | 13.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_36334.png | 70.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-36334.cif.gz | 4 KB | ||
その他 | emd_36334_half_map_1.map.gz emd_36334_half_map_2.map.gz | 262.7 MB 262.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36334 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36334 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36334.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36334_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36334_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : The large subunit of wheat Ribosome
全体 | 名称: The large subunit of wheat Ribosome |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: The large subunit of wheat Ribosome
超分子 | 名称: The large subunit of wheat Ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#44 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Triticum aestivum (コムギ) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 289 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | The sample is the large subunit of wheat ribosome |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 2.7 µm / 倍率(補正後): 75000 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 44.6 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |