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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-35818 | |||||||||
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タイトル | Tail cap of phage lambda tail | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Bacteriophage (ファージ) / caudovirales (カウドウイルス) / siphoviridae (サイフォウイルス科) / tail complex (尾) / delivery device / macromolecular assembly / phage lambda / cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 virus tail, tube / symbiont genome ejection through host cell envelope, long flexible tail mechanism / viral tail assembly / virus tail / host cell cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia phage Lambda (λファージ) / Escherichia phage lambda (λファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang JW / Wang C | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2024 タイトル: Architecture of the bacteriophage lambda tail. 著者: Chang Wang / Jinsong Duan / Zhiwei Gu / Xiaofei Ge / Jianwei Zeng / Jiawei Wang / 要旨: Bacteriophage lambda has a double-stranded DNA genome and a long, flexible, non-contractile tail encoded by a contiguous block of 11 genes downstream of the head genes. The tail allows host ...Bacteriophage lambda has a double-stranded DNA genome and a long, flexible, non-contractile tail encoded by a contiguous block of 11 genes downstream of the head genes. The tail allows host recognition and delivery of viral DNA from the head shell to the cytoplasm of the infected cell. Here, we present a high-resolution structure of the tail complex of bacteriophage lambda determined by cryoelectron microscopy. Most component proteins of the lambda tail were determined at the atomic scale. The structure sheds light on the molecular organization of the extensively studied tail of bacteriophage lambda. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_35818.map.gz | 168.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-35818-v30.xml emd-35818.xml | 14.3 KB 14.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_35818_fsc.xml | 11.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_35818.png | 135.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-35818.cif.gz | 5.2 KB | ||
その他 | emd_35818_half_map_1.map.gz emd_35818_half_map_2.map.gz | 165.4 MB 165.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35818 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35818 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_35818.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0742 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: half 1 map
ファイル | emd_35818_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half 1 map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half 2 map
ファイル | emd_35818_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half 2 map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Tail cap of phage lambda tail
全体 | 名称: Tail cap of phage lambda tail |
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要素 |
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-超分子 #1: Tail cap of phage lambda tail
超分子 | 名称: Tail cap of phage lambda tail / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia phage Lambda (λファージ) |
-分子 #1: Tail tube protein
分子 | 名称: Tail tube protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 24 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia phage lambda (λファージ) |
分子量 | 理論値: 25.831779 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MPVPNPTMPV KGAGTTLWVY KGSGDPYANP LSDVDWSRLA KVKDLTPGEL TAESYDDSYL DDEDADWTAT GQGQKSAGDT SFTLAWMPG EQGQQALLAW FNEGDTRAYK IRFPNGTVDV FRGWVSSIGK AVTAKEVITR TVKVTNVGRP SMAEDRSTVT A ATGMTVTP ...文字列: MPVPNPTMPV KGAGTTLWVY KGSGDPYANP LSDVDWSRLA KVKDLTPGEL TAESYDDSYL DDEDADWTAT GQGQKSAGDT SFTLAWMPG EQGQQALLAW FNEGDTRAYK IRFPNGTVDV FRGWVSSIGK AVTAKEVITR TVKVTNVGRP SMAEDRSTVT A ATGMTVTP ASTSVVKGQS TTLTVAFQPE GVTDKSFRAV SADKTKATVS VSGMTITVNG VAAGKVNIPV VSGNGEFAAV AE ITVTAS UniProtKB: Tail tube protein |
-分子 #2: Tail tube terminator protein
分子 | 名称: Tail tube terminator protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia phage lambda (λファージ) |
分子量 | 理論値: 14.659124 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKHTELRAAV LDALEKHDTG ATFFDGRPAV FDEADFPAVA VYLTGAEYTG EELDSDTWQA ELHIEVFLPA QVPDSELDAW MESRIYPVM SDIPALSDLI TSMVASGYDY RRDDDAGLWS SADLTYVITY EM UniProtKB: Tail tube terminator protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: NITROGEN |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |