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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3526 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the spinach chloroplast ribosome reveals the location of plastid-specific ribosomal proteins and extensions | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Spinacia oleracea (ホウレンソウ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Graf M / Wilson D | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2017 タイトル: Cryo-EM structure of the spinach chloroplast ribosome reveals the location of plastid-specific ribosomal proteins and extensions. 著者: Michael Graf / Stefan Arenz / Paul Huter / Alexandra Dönhöfer / Jirí Novácek / Daniel N Wilson / 要旨: Ribosomes are the protein synthesizing machines of the cell. Recent advances in cryo-EM have led to the determination of structures from a variety of species, including bacterial 70S and eukaryotic ...Ribosomes are the protein synthesizing machines of the cell. Recent advances in cryo-EM have led to the determination of structures from a variety of species, including bacterial 70S and eukaryotic 80S ribosomes as well as mitoribosomes from eukaryotic mitochondria, however, to date high resolution structures of plastid 70S ribosomes have been lacking. Here we present a cryo-EM structure of the spinach chloroplast 70S ribosome, with an average resolution of 5.4 Å for the small 30S subunit and 3.6 Å for the large 50S ribosomal subunit. The structure reveals the location of the plastid-specific ribosomal proteins (RPs) PSRP1, PSRP4, PSRP5 and PSRP6 as well as the numerous plastid-specific extensions of the RPs. We discover many features by which the plastid-specific extensions stabilize the ribosome via establishing additional interactions with surrounding ribosomal RNA and RPs. Moreover, we identify a large conglomerate of plastid-specific protein mass adjacent to the tunnel exit site that could facilitate interaction of the chloroplast ribosome with the thylakoid membrane and the protein-targeting machinery. Comparing the Escherichia coli 70S ribosome with that of the spinach chloroplast ribosome provides detailed insight into the co-evolution of RP and rRNA. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3526.map.gz | 10.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3526-v30.xml emd-3526.xml | 14.3 KB 14.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3526.png | 22.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3526 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3526 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3526.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 190.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.061 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : 30S subunit of the spinach chloroplast ribosome
全体 | 名称: 30S subunit of the spinach chloroplast ribosome |
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要素 |
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-超分子 #1: 30S subunit of the spinach chloroplast ribosome
超分子 | 名称: 30S subunit of the spinach chloroplast ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#32 |
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由来(天然) | 生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: Solutions were made fresh and filtered previous to usage. | |||||||||||||||
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グリッド | モデル: Quantifoil R3/3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均電子線量: 2.6 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.11) / 使用した粒子像数: 37636 |