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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3506 | |||||||||
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タイトル | cryoEM structure of bacterial holo-translocon | |||||||||
マップデータ | map of cross-linked HTL | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein insertion into membrane from inner side / membrane insertase activity / cell envelope Sec protein transport complex / protein transport by the Sec complex / intracellular protein transmembrane transport / protein-transporting ATPase activity / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / signal sequence binding / protein insertion into membrane / protein transmembrane transporter activity ...protein insertion into membrane from inner side / membrane insertase activity / cell envelope Sec protein transport complex / protein transport by the Sec complex / intracellular protein transmembrane transport / protein-transporting ATPase activity / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / signal sequence binding / protein insertion into membrane / protein transmembrane transporter activity / protein secretion / protein targeting / intracellular protein transport / protein transport / フォールディング / protein-containing complex assembly / membrane => GO:0016020 / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 14.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Schaffitzel C / Botte M / Karuppasamy M / Papai G / Schultz P | |||||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016 タイトル: A central cavity within the holo-translocon suggests a mechanism for membrane protein insertion. 著者: Mathieu Botte / Nathan R Zaccai / Jelger Lycklama À Nijeholt / Remy Martin / Kèvin Knoops / Gabor Papai / Juan Zou / Aurélien Deniaud / Manikandan Karuppasamy / Qiyang Jiang / Abhishek ...著者: Mathieu Botte / Nathan R Zaccai / Jelger Lycklama À Nijeholt / Remy Martin / Kèvin Knoops / Gabor Papai / Juan Zou / Aurélien Deniaud / Manikandan Karuppasamy / Qiyang Jiang / Abhishek Singha Roy / Klaus Schulten / Patrick Schultz / Juri Rappsilber / Giuseppe Zaccai / Imre Berger / Ian Collinson / Christiane Schaffitzel / 要旨: The conserved SecYEG protein-conducting channel and the accessory proteins SecDF-YajC and YidC constitute the bacterial holo-translocon (HTL), capable of protein-secretion and membrane-protein ...The conserved SecYEG protein-conducting channel and the accessory proteins SecDF-YajC and YidC constitute the bacterial holo-translocon (HTL), capable of protein-secretion and membrane-protein insertion. By employing an integrative approach combining small-angle neutron scattering (SANS), low-resolution electron microscopy and biophysical analyses we determined the arrangement of the proteins and lipids within the super-complex. The results guided the placement of X-ray structures of individual HTL components and allowed the proposal of a model of the functional translocon. Their arrangement around a central lipid-containing pool conveys an unexpected, but compelling mechanism for membrane-protein insertion. The periplasmic domains of YidC and SecD are poised at the protein-channel exit-site of SecY, presumably to aid the emergence of translocating polypeptides. The SecY lateral gate for membrane-insertion is adjacent to the membrane 'insertase' YidC. Absolute-scale SANS employing a novel contrast-match-point analysis revealed a dynamic complex adopting open and compact configurations around an adaptable central lipid-filled chamber, wherein polytopic membrane-proteins could fold, sheltered from aggregation and proteolysis. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3506.map.gz | 9.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3506-v30.xml emd-3506.xml | 18 KB 18 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_3506_fsc.xml | 5.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_3506.png | 143.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3506 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3506 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3506.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 10.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | map of cross-linked HTL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.36 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : bacterial holo-translocon (HTL)
全体 | 名称: bacterial holo-translocon (HTL) |
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要素 |
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-超分子 #1: bacterial holo-translocon (HTL)
超分子 | 名称: bacterial holo-translocon (HTL) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Membrane Protein Complex consisting of SecYEG-SecDFYajC-YidC |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: PACEMBL_HTL3 |
分子量 | 実験値: 250 KDa |
-分子 #1: Protein translocase subunit SecY
分子 | 名称: Protein translocase subunit SecY / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 50.410523 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: VWNCERITIS HRKQTMAKQP GLDFQSAKGG LGELKRRLLF VIGALIVFRI GSFIPIPGID AAVLAKLLEQ QRGTIIEMFN MFSGGALSR ASIFALGIMP YISASIIIQL LTVVHPTLAE IKKEGESGRR KISQYTRYGT LVLAIFQSIG IATGLPNMPG M QGLVINPG ...文字列: VWNCERITIS HRKQTMAKQP GLDFQSAKGG LGELKRRLLF VIGALIVFRI GSFIPIPGID AAVLAKLLEQ QRGTIIEMFN MFSGGALSR ASIFALGIMP YISASIIIQL LTVVHPTLAE IKKEGESGRR KISQYTRYGT LVLAIFQSIG IATGLPNMPG M QGLVINPG FAFYFTAVVS LVTGTMFLMW LGEQITERGI GNGISIIIFA GIVAGLPPAI AHTIEQARQG DLHFLVLLLV AV LVFAVTF FVVFVERGQR RIVVNYAKRQ QGRRVYAAQS THLPLKVNMA GVIPAIFASS IILFPATIAS WFGGGTGWNW LTT ISLYLQ PGQPLYVLLY ASAIIFFCFF YTALVFNPRE TADNLKKSGA FVPGIRPGEQ TAKYIDKVMT RLTLVGALYI TFIC LIPEF MRDAMKVPFY FGGTSLLIVV VVIMDFMAQV QTLMMSSQYE SALKKANLKG YGR |
-分子 #2: Protein translocase subunit SecE
分子 | 名称: Protein translocase subunit SecE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 15.248021 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MHHHHHHDDD DKAMGANTEA QGSGRGLEAM KWVVVVALLL VAIVGNYLYR DIMLPLRALA VVILIAAAGG VALLTTKGKA TVAFAREAR TEVRKVIWPT RQETLHTTLI VAAVTAVMSL ILWGLDGILV RLVSFITGLR F |
-分子 #3: Protein-export membrane protein SecG
分子 | 名称: Protein-export membrane protein SecG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 14.326448 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: VGTGWYSGSP GILYHWPEVL RIQELIMYEA LLVVFLIVAI GLVGLIMLQQ GKGADMGASF GAGASATLFG SSGSGNFMTR MTALLATLF FIISLVLGNI NSNKTNKGSE WENLSAPAKT EQTQPAAPAK PTSDIPN |
-分子 #4: Protein translocase subunit SecD
分子 | 名称: Protein translocase subunit SecD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 67.687984 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MHHHHHHMLN RYPLWKYVML IVVIVIGLLY ALPNLFGEDP AVQITGARGV AASEQTLIQV QKTLQEEKIT AKSVALEEGA ILARFDSTD TQLRAREALM GVMGDKYVVA LNLAPATPRW LAAIHAEPMK LGLDLRGGVH FLMEVDMDTV LGKLQEQNID S LRSDLREK ...文字列: MHHHHHHMLN RYPLWKYVML IVVIVIGLLY ALPNLFGEDP AVQITGARGV AASEQTLIQV QKTLQEEKIT AKSVALEEGA ILARFDSTD TQLRAREALM GVMGDKYVVA LNLAPATPRW LAAIHAEPMK LGLDLRGGVH FLMEVDMDTV LGKLQEQNID S LRSDLREK GIPYTTVRKE NNYGLSITFR DAKARDEAIA YLSKRHPDLV ISSQGSNQLR AVMSDARLSE AREYAVQQNI NI LRNRVNQ LGVAEPVVQR QGADRIVVEL PGIQDTARAK EILGATATLE FRLVNTNVDQ AAAASGRVPG DSEVKQTREG QPV VLYKRV ILTGDHITDS TSSQDEYNQP QVNISLDSAG GNIMSNFTKD NIGKPMATLF VEYKDSGKKD ANGRAVLVKQ EEVI NIANI QSRLGNSFRI TGINNPNEAR QLSLLLRAGA LIAPIQIVEE RTIGPTLGMQ NIEQGLEACL AGLLVSILFM IIFYK KFGL IATSALIANL ILIVGIMSLL PGATLSMPGI AGIVLTLAVA VDANVLINER IKEELSNGRT VQQAIDEGYR GAFSSI FDA NITTLIKVII LYAVGTGAIK GFAITTGIGV ATSMFTAIVG TRAIVNLLYG GKRVKKLSI |
-分子 #5: Protein translocase subunit SecF
分子 | 名称: Protein translocase subunit SecF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 35.41325 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MAQEYTVEQL NHGRKVYDFM RWDYWAFGIS GLLLIAAIVI MGVRGFNWGL DFTGGTVIEI TLEKPAEIDV MRDALQKAGF EEPMLQNFG SSHDIMVRMP PAEGETGGQV LGSQVLKVIN ESTNQNAAVK RIEFVGPSVG ADLAQTGAMA LMAALLSILV Y VGFRFEWR ...文字列: MAQEYTVEQL NHGRKVYDFM RWDYWAFGIS GLLLIAAIVI MGVRGFNWGL DFTGGTVIEI TLEKPAEIDV MRDALQKAGF EEPMLQNFG SSHDIMVRMP PAEGETGGQV LGSQVLKVIN ESTNQNAAVK RIEFVGPSVG ADLAQTGAMA LMAALLSILV Y VGFRFEWR LAAGVVIALA HDVIITLGIL SLFHIEIDLT IVASLMSVIG YSLNDSIVVS DRIRENFRKI RRGTPYEIFN VS LTQTLHR TLITSGTTLM VILMLYLFGG PVLEGFSLTM LIGVSIGTAS SIYVASALAL KLGMKREHML QQKVEKEGAD QPS ILP |
-分子 #6: Membrane protein insertase YidC
分子 | 名称: Membrane protein insertase YidC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 62.658582 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MDPSSRDSQR NLLVIALLFV SFMIWQAWEQ DKNPQPQAQQ TTQTTTTAAG SAADQGVPAS GQGKLISVKT DVLDLTINTR GGDVEQALL PAYPKELNST QPFQLLETSP QFIYQAQSGL TGRDGPDNPA NGPRPLYNVE KDAYVLAEGQ NELQVPMTYT D AAGNTFTK ...文字列: MDPSSRDSQR NLLVIALLFV SFMIWQAWEQ DKNPQPQAQQ TTQTTTTAAG SAADQGVPAS GQGKLISVKT DVLDLTINTR GGDVEQALL PAYPKELNST QPFQLLETSP QFIYQAQSGL TGRDGPDNPA NGPRPLYNVE KDAYVLAEGQ NELQVPMTYT D AAGNTFTK TFVLKRGDYA VNVNYNVQNA GEKPLEISSF GQLKQSITLP PHLDTGSSNF ALHTFRGAAY STPDAAYAAY AF DTIADNE NLNISSKGGW VAMLQQYFAT AWIPHNDGTN NFYTANLGNG IAAIGYKSQP VLVQPGQTGA MNSTLWVGPE IQD KMAAVA PHLDLTVDYG WLWFISQPLF KLLKWIHSFV GNWGFSIIII TFIVRGIMYP LTKAQYTSMA KMRMLQPKIQ AMRE RLGDD KQRISQEMMA LYKAEKVNPL GGCFPLLIQM PIFLALYYML MGSVELRQAP FALWIHDLSA QDPYYILPIL MGVTM FFIQ KMSPTTVTDP MQQKIMTFMP VIFTVFFLWF PSGLVLYYIV SNLVTIIQQQ LIYRGLEKRG LHSREKKKSH HHHHH |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 5 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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電子線 | 加速電圧: 100 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON I (4k x 4k) 平均電子線量: 10.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |