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- EMDB-34178: Structure of beta-arrestin2 in complex with a phosphopeptide corr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34178
タイトルStructure of beta-arrestin2 in complex with a phosphopeptide corresponding to the human C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1, C5aR1
マップデータFull map with pixel size 1.2487111.
試料
  • 複合体: Peptide4 bound beta-arrestin2 in complex with Fab30
    • 複合体: beta-arrestin 2
      • タンパク質・ペプチド: Beta-arrestin-2Arrestin beta 2
    • 複合体: Fab30
      • タンパク質・ペプチド: Fab30 Heavy Chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab30 Light Chain
    • 複合体: C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1
      • タンパク質・ペプチド: C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1
機能・相同性
機能・相同性情報


angiotensin receptor binding / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / inositol hexakisphosphate binding / G protein-coupled receptor internalization / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / positive regulation of receptor internalization / endocytic vesicle / クラスリン / phosphatidylinositol binding / receptor internalization ...angiotensin receptor binding / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / inositol hexakisphosphate binding / G protein-coupled receptor internalization / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / positive regulation of receptor internalization / endocytic vesicle / クラスリン / phosphatidylinositol binding / receptor internalization / protein transport / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / molecular adaptor activity / シグナル伝達 / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Arrestin, conserved site / Arrestins signature. / アレスチン / Arrestin, N-terminal / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain / Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin-like, C-terminal / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bos taurus (ウシ) / Mus musculus (ハツカネズミ) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Maharana J / Sarma P / Yadav MK / Banerjee R / Shukla AK
資金援助 インド, 1件
OrganizationGrant number国
Science and Engineering Research Board (SERB)IPA/2020/000405 インド
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2023
タイトル: Structure of beta-arrestin in complex with a phosphopeptide
著者: Maharana J / Sarma P / Yadav MK / Banerjee R / Shukla AK
履歴
登録2022年8月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月17日-
マップ公開2023年5月17日-
更新2023年5月17日-
現状2023年5月17日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34178.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34178.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Full map with pixel size 1.2487111.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2487 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.12
最小 - 最大-0.32184315 - 0.6644659
平均 (標準偏差)-1.5615204e-05 (±0.013877747)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 449.532 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map A with pixel size 1.2487111.

ファイルemd_34178_half_map_1.map
注釈Half map A with pixel size 1.2487111.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B with pixel size 1.2487111.

ファイルemd_34178_half_map_2.map
注釈Half map B with pixel size 1.2487111.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Peptide4 bound beta-arrestin2 in complex with Fab30

全体名称: Peptide4 bound beta-arrestin2 in complex with Fab30
要素
  • 複合体: Peptide4 bound beta-arrestin2 in complex with Fab30
    • 複合体: beta-arrestin 2
      • タンパク質・ペプチド: Beta-arrestin-2Arrestin beta 2
    • 複合体: Fab30
      • タンパク質・ペプチド: Fab30 Heavy Chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab30 Light Chain
    • 複合体: C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1
      • タンパク質・ペプチド: C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1

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超分子 #1: Peptide4 bound beta-arrestin2 in complex with Fab30

超分子名称: Peptide4 bound beta-arrestin2 in complex with Fab30 / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 280 KDa

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超分子 #2: beta-arrestin 2

超分子名称: beta-arrestin 2 / タイプ: complex / ID: 2 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

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超分子 #3: Fab30

超分子名称: Fab30 / タイプ: complex / ID: 3 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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超分子 #4: C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1

超分子名称: C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1 / タイプ: complex / ID: 4 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Beta-arrestin-2

分子名称: Beta-arrestin-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 47.217676 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGEKPGTRVF KKSSPNGKLT VYLGKRDFVD HLDKVDPVDG VVLVDPDYLK DRKVFVTLTV AFRYGREDCD VLGLSFRKDL FIANYQAFP PTPNPPRPPT RLQERLLRKL GQHAHPFFFT IPQNLPSSVT LQPGPEDTGK ALGVDFEIRA FVAKSLEEKS H KRNSVRLV ...文字列:
MGEKPGTRVF KKSSPNGKLT VYLGKRDFVD HLDKVDPVDG VVLVDPDYLK DRKVFVTLTV AFRYGREDCD VLGLSFRKDL FIANYQAFP PTPNPPRPPT RLQERLLRKL GQHAHPFFFT IPQNLPSSVT LQPGPEDTGK ALGVDFEIRA FVAKSLEEKS H KRNSVRLV IRKVQFAPEK PGPQPSAETT RHFLMSDRSL HLEASLDKEL YYHGEPLNVN VHVTNNSTKT VKKIKVSVRQ YA DIVLFST AQYKVPVAQV EQDDQVSPSS TFSKVYTITP FLANNREKRG LALDGKLKHE DTNLASSTIV KEGANKEVLG ILV SYRVKV KLVVSRGGDV SVELPFVLMH PKPHDHIALP RPQSAATHPP TLLPSAVPET DAPVDTNLIE FETNYATDDD IVFE DFARL RLKGLKDEDY DDQFC

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分子 #2: Fab30 Heavy Chain

分子名称: Fab30 Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 25.512354 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NVYSSSIHWV RQAPGKGLEW VASISSYYGY TYYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARSRQFWYSG LDYWGQGTLV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA ...文字列:
EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NVYSSSIHWV RQAPGKGLEW VASISSYYGY TYYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARSRQFWYSG LDYWGQGTLV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTQTYICNV NHKPSNTKVD KKVEPKSCDK THHHHHHHH

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分子 #3: Fab30 Light Chain

分子名称: Fab30 Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.435064 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQYKYVPVTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDSQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列:
SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQYKYVPVTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDSQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC

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分子 #4: C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1

分子名称: C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 2.69834 KDa
配列文字列:
E(SEP)K(SEP)F(TPO)R(SEP)(TPO)V D(TPO)MAQKTQAV

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
300.0 mMNaCl塩化ナトリウムSodium chloride塩化ナトリウム
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: Blotted for 3 seconds before plunging..

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 46000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 実像数: 8614 / 平均電子線量: 51.0 e/Å2

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4012616
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8goc

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / 使用した粒子像数: 38206

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

8goc

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8goo:
Structure of beta-arrestin2 in complex with a phosphopeptide corresponding to the human C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1, C5aR1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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