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万見
- EMDB-33146: Cryo-EM structures of human mitochondrial NAD(P)+-dependent malic... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33146
タイトルCryo-EM structures of human mitochondrial NAD(P)+-dependent malic enzyme in a ternary complex with NAD+ and allosteric inhibitor EA
マップデータME2-EA Full Map
試料
  • 複合体: human mitochondrial NAD(P)+-dependent malic enzyme in a ternary complex with NAD+ and allosteric inhibitor EA
    • タンパク質・ペプチド: NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial
  • リガンド: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
  • リガンド: 4-[(3-carboxy-2-oxidanyl-naphthalen-1-yl)methyl]-3-oxidanyl-naphthalene-2-carboxylic acid
キーワードHuman mitochondrial NAD(P)+-dependent malic enzyme (ME2) / inhibitor (酵素阻害剤) / HYDROLASE (加水分解酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


リンゴ酸デヒドロゲナーゼ (オキサロ酢酸脱炭酸) / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NAD+) activity / regulation of NADP metabolic process / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NADP+) activity / malic enzyme activity / oxaloacetate decarboxylase activity / Citric acid cycle (TCA cycle) / malate metabolic process / pyruvate metabolic process / NAD binding ...リンゴ酸デヒドロゲナーゼ (オキサロ酢酸脱炭酸) / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NAD+) activity / regulation of NADP metabolic process / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NADP+) activity / malic enzyme activity / oxaloacetate decarboxylase activity / Citric acid cycle (TCA cycle) / malate metabolic process / pyruvate metabolic process / NAD binding / electron transfer activity / ミトコンドリアマトリックス / intracellular membrane-bounded organelle / ミトコンドリア / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Malic enzyme, conserved site / Malic enzymes signature. / Malic oxidoreductase / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD-binding / Malic enzyme, N-terminal domain superfamily / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD binding domain / Malic enzyme, NAD binding domain ...Malic enzyme, conserved site / Malic enzymes signature. / Malic oxidoreductase / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD-binding / Malic enzyme, N-terminal domain superfamily / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD binding domain / Malic enzyme, NAD binding domain / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Wang CH / Hsieh JT / Ho MC / Hung HC
資金援助 台湾, 2件
OrganizationGrant number国
Academia Sinica (Taiwan) 台湾
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: Suppression of the human malic enzyme 2 modifies energy metabolism and inhibits cellular respiration
著者: Hsieh JY / Chen KC / Wang CH / Liu GY / Ye JA / Chou YT / Lin YC / Lyu CJ / Chang RY / Liu YL / Li YH / Lee MR / Ho MC / Hung HC
履歴
登録2022年3月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月29日-
マップ公開2023年3月29日-
更新2023年5月31日-
現状2023年5月31日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33146.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33146.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈ME2-EA Full Map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.7
最小 - 最大-1.9114475 - 3.6021388
平均 (標準偏差)0.0020906862 (±0.09504375)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 314.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: ME2-EA Half Map 1

ファイルemd_33146_half_map_1.map
注釈ME2-EA Half Map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: ME2-EA Half Map 2

ファイルemd_33146_half_map_2.map
注釈ME2-EA Half Map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : human mitochondrial NAD(P)+-dependent malic enzyme in a ternary c...

全体名称: human mitochondrial NAD(P)+-dependent malic enzyme in a ternary complex with NAD+ and allosteric inhibitor EA
要素
  • 複合体: human mitochondrial NAD(P)+-dependent malic enzyme in a ternary complex with NAD+ and allosteric inhibitor EA
    • タンパク質・ペプチド: NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial
  • リガンド: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
  • リガンド: 4-[(3-carboxy-2-oxidanyl-naphthalen-1-yl)methyl]-3-oxidanyl-naphthalene-2-carboxylic acid

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超分子 #1: human mitochondrial NAD(P)+-dependent malic enzyme in a ternary c...

超分子名称: human mitochondrial NAD(P)+-dependent malic enzyme in a ternary complex with NAD+ and allosteric inhibitor EA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial

分子名称: NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
EC番号: リンゴ酸デヒドロゲナーゼ (オキサロ酢酸脱炭酸)
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 65.521434 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MLSRLRVVST TCTLACRHLH IKEKGKPLML NPRTNKGMAF TLQERQMLGL QGLLPPKIET QDIQALRFHR NLKKMTSPLE KYIYIMGIQ ERNEKLFYRI LQDDIESLMP IVYTPTVGLA CSQYGHIFRR PKGLFISISD RGHVRSIVDN WPENHVKAVV V TDGERILG ...文字列:
MLSRLRVVST TCTLACRHLH IKEKGKPLML NPRTNKGMAF TLQERQMLGL QGLLPPKIET QDIQALRFHR NLKKMTSPLE KYIYIMGIQ ERNEKLFYRI LQDDIESLMP IVYTPTVGLA CSQYGHIFRR PKGLFISISD RGHVRSIVDN WPENHVKAVV V TDGERILG LGDLGVYGMG IPVGKLCLYT ACAGIRPDRC LPVCIDVGTD NIALLKDPFY MGLYQKRDRT QQYDDLIDEF MK AITDRYG RNTLIQFEDF GNHNAFRFLR KYREKYCTFN DDIQGTAAVA LAGLLAAQKV ISKPISEHKI LFLGAGEAAL GIA NLIVMS MVENGLSEQE AQKKIWMFDK YGLLVKGRKA KIDSYQEPFT HSAPESIPDT FEDAVNILKP STIIGVAGAG RLFT PDVIR AMASINERPV IFALSNPTAQ AECTAEEAYT LTEGRCLFAS GSPFGPVKLT DGRVFTPGQG NNVYIFPGVA LAVIL CNTR HISDSVFLEA AKALTSQLTD EELAQGRLYP PLANIQEVSI NIAIKVTEYL YANKMAFRYP EPEDKAKYVK ERTWRS EYD SLLPDVYEWP ESASSPPVIT E

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分子 #2: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE

分子名称: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 8 / 式: NAD
分子量理論値: 663.425 Da
Chemical component information

ChemComp-NAD:
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NAD*YM / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド

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分子 #3: 4-[(3-carboxy-2-oxidanyl-naphthalen-1-yl)methyl]-3-oxidanyl-napht...

分子名称: 4-[(3-carboxy-2-oxidanyl-naphthalen-1-yl)methyl]-3-oxidanyl-naphthalene-2-carboxylic acid
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: JBR
分子量理論値: 388.37 Da
Chemical component information

ChemComp-JBR:
4-[(3-carboxy-2-oxidanyl-naphthalen-1-yl)methyl]-3-oxidanyl-naphthalene-2-carboxylic acid / パモ酸 / パモ酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.9 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.72 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 75943
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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