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- EMDB-31742: Structure of the Dicer-2-R2D2 heterodimer bound to small RNA duplex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31742
タイトルStructure of the Dicer-2-R2D2 heterodimer bound to small RNA duplex
マップデータ
試料
  • 複合体: Dicer-2-R2D2-siRNA
    • タンパク質・ペプチド: Dicer-2, isoform A
    • タンパク質・ペプチド: R2D2
    • RNA: RNA (5'-R(P*UP*GP*AP*GP*G)-3')
    • RNA: RNA (5'-R(P*CP*CP*UP*CP*UP*CP*U)-3')
    • RNA: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*AP*GP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*GP*GP*UP*UP*GP*UP*AP*UP*AP*G)-3')
    • RNA: RNA (5'-R(*CP*UP*AP*UP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*UP*C)-3')
機能・相同性
機能・相同性情報


follicle cell of egg chamber stalk formation / regulatory ncRNA processing / bidentate ribonuclease III activity / positive regulation of Toll signaling pathway / MicroRNA (miRNA) biogenesis / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / PKR-mediated signaling / dsRNA transport / regulation of regulatory ncRNA processing / dosage compensation by hyperactivation of X chromosome ...follicle cell of egg chamber stalk formation / regulatory ncRNA processing / bidentate ribonuclease III activity / positive regulation of Toll signaling pathway / MicroRNA (miRNA) biogenesis / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / PKR-mediated signaling / dsRNA transport / regulation of regulatory ncRNA processing / dosage compensation by hyperactivation of X chromosome / global gene silencing by mRNA cleavage / ribonuclease III / deoxyribonuclease I activity / apoptotic DNA fragmentation / RISC-loading complex / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / detection of virus / RISC complex assembly / ribonuclease III activity / siRNA processing / siRNA binding / ATP-dependent activity, acting on RNA / positive regulation of innate immune response / RISC complex / heterochromatin formation / positive regulation of defense response to virus by host / locomotory behavior / helicase activity / mRNA 3'-UTR binding / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / cellular response to virus / double-stranded RNA binding / defense response to virus / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / Dicer, platform domain / Dicer dimerisation domain / Dicer dimerisation domain / Dicer dimerisation domain superfamily / Dicer double-stranded RNA-binding fold domain profile. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain ...: / Dicer, platform domain / Dicer dimerisation domain / Dicer dimerisation domain / Dicer dimerisation domain superfamily / Dicer double-stranded RNA-binding fold domain profile. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / PAZ / PAZ domain / PAZ domain / PAZ domain profile. / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Endoribonuclease Dcr-2 / LD06392p
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Yamaguchi S / Nishizawa T / Kusakizako T / Yamashita K / Tomita A / Hirano H / Nishimasu H / Nureki O
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)202111067 日本
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Structure of the Dicer-2-R2D2 heterodimer bound to a small RNA duplex.
著者: Sonomi Yamaguchi / Masahiro Naganuma / Tomohiro Nishizawa / Tsukasa Kusakizako / Yukihide Tomari / Hiroshi Nishimasu / Osamu Nureki /
要旨: In flies, Argonaute2 (Ago2) and small interfering RNA (siRNA) form an RNA-induced silencing complex to repress viral transcripts. The RNase III enzyme Dicer-2 associates with its partner protein R2D2 ...In flies, Argonaute2 (Ago2) and small interfering RNA (siRNA) form an RNA-induced silencing complex to repress viral transcripts. The RNase III enzyme Dicer-2 associates with its partner protein R2D2 and cleaves long double-stranded RNAs to produce 21-nucleotide siRNA duplexes, which are then loaded into Ago2 in a defined orientation. Here we report cryo-electron microscopy structures of the Dicer-2-R2D2 and Dicer-2-R2D2-siRNA complexes. R2D2 interacts with the helicase domain and the central linker of Dicer-2 to inhibit the promiscuous processing of microRNA precursors by Dicer-2. Notably, our structure represents the strand-selection state in the siRNA-loading process, and reveals that R2D2 asymmetrically recognizes the end of the siRNA duplex with the higher base-pairing stability, and the other end is exposed to the solvent and is accessible by Ago2. Our findings explain how R2D2 senses the thermodynamic asymmetry of the siRNA and facilitates the siRNA loading into Ago2 in a defined orientation, thereby determining which strand of the siRNA duplex is used by Ago2 as the guide strand for target silencing.
履歴
登録2021年8月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月23日-
マップ公開2022年3月23日-
更新2022年7月27日-
現状2022年7月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_31742.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31742.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 36.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.9985 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0208
最小 - 最大-0.069547065 - 0.12095462
平均 (標準偏差)0.00032967346 (±0.0041563446)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ212212212
Spacing212212212
セルA=B=C: 211.68117 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_31742_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_31742_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_31742_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Dicer-2-R2D2-siRNA

全体名称: Dicer-2-R2D2-siRNA
要素
  • 複合体: Dicer-2-R2D2-siRNA
    • タンパク質・ペプチド: Dicer-2, isoform A
    • タンパク質・ペプチド: R2D2
    • RNA: RNA (5'-R(P*UP*GP*AP*GP*G)-3')
    • RNA: RNA (5'-R(P*CP*CP*UP*CP*UP*CP*U)-3')
    • RNA: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*AP*GP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*GP*GP*UP*UP*GP*UP*AP*UP*AP*G)-3')
    • RNA: RNA (5'-R(*CP*UP*AP*UP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*UP*C)-3')

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超分子 #1: Dicer-2-R2D2-siRNA

超分子名称: Dicer-2-R2D2-siRNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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分子 #1: Dicer-2, isoform A

分子名称: Dicer-2, isoform A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: deoxyribonuclease I
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 199.309 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: HHHHHHHHAA AMEDVEIKPR GYQLRLVDHL TKSNGIVYLP TGSGKTFVAI LVLKRFSQDF DKPIESGGKR ALFMCNTVEL ARQQAMAVR RCTNFKVGFY VGEQGVDDWT RGMWSDEIKK NQVLVGTAQV FLDMVTQTYV ALSSLSVVII DECHHGTGHH P FREFMRLF ...文字列:
HHHHHHHHAA AMEDVEIKPR GYQLRLVDHL TKSNGIVYLP TGSGKTFVAI LVLKRFSQDF DKPIESGGKR ALFMCNTVEL ARQQAMAVR RCTNFKVGFY VGEQGVDDWT RGMWSDEIKK NQVLVGTAQV FLDMVTQTYV ALSSLSVVII DECHHGTGHH P FREFMRLF TIANQTKLPR VVGLTGVLIK GNEITNVATK LKELEITYRG NIITVSDTKE LENVMLYATK PTEVMVSFPH QE QVLTVTR LISAEIEKFY VSLDLMNIGV QPIRRSKSLQ CLRDPSKKSF VKQLFNDFLY QMKEYGIYAA SIAIISLIVE FDI KRRQAE TLSVKLMHRT ALTLCEKIRH LLVQKLQDMT YDDDDDNVNT EEVIMNFSTP KVQRFLMSLK VSFADKDPKD ICCL VFVER RYTCKCIYGL LLNYIQSTPE LRNVLTPQFM VGRNNISPDF ESVLERKWQK SAIQQFRDGN ANLMICSSVL EEGID VQAC NHVFILDPVK TFNMYVQSKG RARTTEAKFV LFTADKEREK TIQQIYQYRK AHNDIAEYLK DRVLEKTEPE LYEIKG HFQ DDIDPFTNEN GAVLLPNNAL AILHRYCQTI PTDAFGFVIP WFHVLQEDER DRIFGVSAKG KHVISINMPV NCMLRDT IY SDPMDNVKTA KISAAFKACK VLYSLGELNE RFVPKTLKER VASIADVHFE HWNKYGDSVT ATVNKADKSK DRTYKTEC P LEFYDALPRV GEICYAYEIF LEPQFESCEY TEHMYLNLQT PRNYAILLRN KLPRLAEMPL FSNQGKLHVR VANAPLEVI IQNSEQLELL HQFHGMVFRD ILKIWHPFFV LDRRSKENSY LVVPLILGAG EQKCFDWELM TNFRRLPQSH GSNVQQREQQ PAPRPEDFE GKIVTQWYAN YDKPMLVTKV HRELTPLSYM EKNQQDKTYY EFTMSKYGNR IGDVVHKDKF MIEVRDLTEQ L TFYVHNRG KFNAKSKAKM KVILIPELCF NFNFPGDLWL KLIFLPSILN RMYFLLHAEA LRKRFNTYLN LHLLPFNGTD YM PRPLEID YSLKRNVDPL GNVIPTEDIE EPKSLLEPMP TKSIEASVAN LEITEFENPW QKYMEPVDLS RNLLSTYPVE LDY YYHFSV GNVCEMNEMD FEDKEYWAKN QFHMPTGNIY GNRTPAKTNA NVPALMPSKP TVRGKVKPLL ILQKTVSKEH ITPA EQGEF LAAITASSAA DVFDMERLEI LGDSFLKLSA TLYLASKYSD WNEGTLTEVK SKLVSNRNLL FCLIDADIPK TLNTI QFTP RYTWLPPGIS LPHNVLALWR ENPEFAKIIG PHNLRDLALG DEESLVKGNC SDINYNRFVE GCRANGQSFY AGADFS SEV NFCVGLVTIP NKVIADTLEA LLGVIVKNYG LQHAFKMLEY FKICRADIDK PLTQLLNLEL GGKKMRANVN TTEIDGF LI NHYYLEKNLG YTFKDRRYLL QALTHPSYPT NRITGSYQEL EFIGDAILDF LISAYIFENN TKMNPGALTD LRSALVNN T TLACICVRHR LHFFILAENA KLSEIISKFV NFQESQGHRV TNYVRILLEE ADVQPTPLDL DDELDMTELP HANKCISQE AEKGVPPKGE FNMSTNVDVP KALGDVLEAL IAAVYLDCRD LQRTWEVIFN LFEPELQEFT RKVPINHIRQ LVEHKHAKPV FSSPIVEGE TVMVSCQFTC MEKTIKVYGF GSNKDQAKLS AAKHALQQLS KCDA

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分子 #2: R2D2

分子名称: R2D2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 39.920363 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDYKDHDGDY KDHDIDYKDD DDKHRYTSLY KKAGSAAAPF TMDNKSAVSA LQEFCARTQI NLPTYSFIPG EDGGYVCKVE LLEIEALGN GRSKRDAKHL AASNILRKIQ LLPGIHGLMK DSTVGDLDEE LTNLNRDMVK ELRDYCVRRE MPLPCIEVVQ Q SGTPSAPE ...文字列:
MDYKDHDGDY KDHDIDYKDD DDKHRYTSLY KKAGSAAAPF TMDNKSAVSA LQEFCARTQI NLPTYSFIPG EDGGYVCKVE LLEIEALGN GRSKRDAKHL AASNILRKIQ LLPGIHGLMK DSTVGDLDEE LTNLNRDMVK ELRDYCVRRE MPLPCIEVVQ Q SGTPSAPE FVACCSVASI VRYGKSDKKK DARQRAAIEM LALISSNSDN LRPDQMQVAS TSKLKVVDME ESMEELEALR RK KFTTYWE LKEAGSVDHT GMRLCDRHNY FKNFYPTLKK EAIEAINSDE YESSKDKAMD VMSSLKITPK ISEVESSSLV PLL SVELNC AFDVVLMAKE TDIYDHIIDY FRTMLI

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分子 #3: RNA (5'-R(P*UP*GP*AP*GP*G)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*UP*GP*AP*GP*G)-3') / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 6.812045 KDa
配列文字列:
UGAGGUAGUA GGUUGUAUAG U

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分子 #4: RNA (5'-R(P*CP*CP*UP*CP*UP*CP*U)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*CP*CP*UP*CP*UP*CP*U)-3') / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 6.514892 KDa
配列文字列:
UAUACAACCU ACUACCUCUC U

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分子 #5: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*AP*GP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*GP*GP*UP*UP*GP*UP*AP*...

分子名称: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*AP*GP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*GP*GP*UP*UP*GP*UP*AP*UP*AP*G)-3')
タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 7.141251 KDa
配列文字列:
AUGAGGUAGU AGGUUGUAUA GU

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分子 #6: RNA (5'-R(*CP*UP*AP*UP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*CP*CP*UP*...

分子名称: RNA (5'-R(*CP*UP*AP*UP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*UP*C)-3')
タイプ: rna / ID: 6 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 6.820074 KDa
配列文字列:
CUAUACAACC UACUACCUCU CU

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 48.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 144979
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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