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万見- EMDB-3092: BG505 SOSIP.664 trimer in complex with PGT124 Fab with 32H heavy chain -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3092 | |||||||||
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タイトル | BG505 SOSIP.664 trimer in complex with PGT124 Fab with 32H heavy chain | |||||||||
マップデータ | BG505 SOSIP.664 in complex with a PGT124 precursor Fab | |||||||||
試料 |
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キーワード | PGT124 / HIV-1 / broadly neutralizing antibody (中和抗体) / Env | |||||||||
生物種 | Human Immunodeficiency Virus-1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 22.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Lee JH / Garces F / Wilson IA / Ward AB | |||||||||
引用 | ジャーナル: Immunity / 年: 2015 タイトル: Affinity Maturation of a Potent Family of HIV Antibodies Is Primarily Focused on Accommodating or Avoiding Glycans. 著者: Fernando Garces / Jeong Hyun Lee / Natalia de Val / Alba Torrents de la Pena / Leopold Kong / Cristina Puchades / Yuanzi Hua / Robyn L Stanfield / Dennis R Burton / John P Moore / Rogier W ...著者: Fernando Garces / Jeong Hyun Lee / Natalia de Val / Alba Torrents de la Pena / Leopold Kong / Cristina Puchades / Yuanzi Hua / Robyn L Stanfield / Dennis R Burton / John P Moore / Rogier W Sanders / Andrew B Ward / Ian A Wilson / 要旨: The high-mannose patch on the HIV-1 envelope (Env) glycoprotein is the epicenter for binding of the potent broadly neutralizing PGT121 family of antibodies, but strategies for generating such ...The high-mannose patch on the HIV-1 envelope (Env) glycoprotein is the epicenter for binding of the potent broadly neutralizing PGT121 family of antibodies, but strategies for generating such antibodies by vaccination have not been defined. We generated structures of inferred antibody intermediates by X-ray crystallography and electron microscopy to elucidate the molecular events that occurred during evolution of this family. Binding analyses revealed that affinity maturation was primarily focused on avoiding, accommodating, or binding the N137 glycan. The overall antibody approach angle to Env was defined very early in the maturation process, yet some variation evolved in the PGT121 family branches that led to differences in glycan specificities in their respective epitopes. Furthermore, we determined a crystal structure of the recombinant BG505 SOSIP.664 HIV-1 trimer with a PGT121 family member at 3.0 Å that, in concert with these antibody intermediate structures, provides insights to advance design of HIV vaccine candidates. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3092.map.gz | 14 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3092-v30.xml emd-3092.xml | 10.3 KB 10.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd-3092_13588.png | 354.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3092 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3092 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3092.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | BG505 SOSIP.664 in complex with a PGT124 precursor Fab | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : PGT124 32H+3L Fab in complex with BG505 SOSIP.664
全体 | 名称: PGT124 32H+3L Fab in complex with BG505 SOSIP.664 |
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要素 |
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-超分子 #1000: PGT124 32H+3L Fab in complex with BG505 SOSIP.664
超分子 | 名称: PGT124 32H+3L Fab in complex with BG505 SOSIP.664 / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 3 Fabs bind one SOSIP trimer / Number unique components: 2 |
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分子量 | 理論値: 570 MDa |
-分子 #1: BG505 SOSIP.664 Env trimer
分子 | 名称: BG505 SOSIP.664 Env trimer / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: BG505 SOSIP.664 / コピー数: 1 / 集合状態: Trimer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Human Immunodeficiency Virus-1 (ヒト免疫不全ウイルス) 別称: HIV-1 |
分子量 | 理論値: 420 MDa |
組換発現 | 生物種: Mammalian (哺乳類) / 組換細胞: HEK293S |
-分子 #2: PGT124 Fab with 32H heavy chain
分子 | 名称: PGT124 Fab with 32H heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: PGT124 32H-3L 詳細: One light and one heavy chain forms the Fab heterodimer コピー数: 3 / 集合状態: Heterodimer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human |
分子量 | 理論値: 50 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293F |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.01 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 20 mM Tris, 150 mM NaCl |
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: Grids adsorbed with protein then stained with 2% w/v uranyl formate |
グリッド | 詳細: 400 mesh Cu grid with carbon support, plasma cleaned |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 12 |
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電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最小 デフォーカス(公称値): 0.7 µm / 倍率(公称値): 52000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
温度 | 平均: 298 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Corrected at 52,000x mag |
日付 | 2014年6月14日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) 実像数: 460 / 平均電子線量: 25 e/Å2 |
Tilt angle min | 0 |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Sparx / 使用した粒子像数: 8719 |
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-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: Chimera |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |