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- EMDB-3005: Cytoplasmic ring of the native X. laevis nuclear pore complex. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3005
タイトルCytoplasmic ring of the native X. laevis nuclear pore complex.
マップデータRecommended UCSF Chimera hide dust setting: size 315.0
試料
  • 試料: X. laevis nuclear pore complex
  • タンパク質・ペプチド: Nuclear pore complex核膜孔
キーワードX. laevis (アフリカツメガエル) / Nuclear pore complex (核膜孔) / Cytoplasmic ring
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Eibauer M / Pellanda M / Turgay Y / Dubrovsky A / Wild A / Medalia O
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Structure and gating of the nuclear pore complex.
著者: Matthias Eibauer / Mauro Pellanda / Yagmur Turgay / Anna Dubrovsky / Annik Wild / Ohad Medalia /
要旨: Nuclear pore complexes (NPCs) perforate the nuclear envelope and allow the exchange of macromolecules between the nucleus and the cytoplasm. To acquire a deeper understanding of this transport ...Nuclear pore complexes (NPCs) perforate the nuclear envelope and allow the exchange of macromolecules between the nucleus and the cytoplasm. To acquire a deeper understanding of this transport mechanism, we analyse the structure of the NPC scaffold and permeability barrier, by reconstructing the Xenopus laevis oocyte NPC from native nuclear envelopes up to 20 Å resolution by cryo-electron tomography in conjunction with subtomogram averaging. In addition to resolving individual protein domains of the NPC constituents, we propose a model for the architecture of the molecular gate at its central channel. Furthermore, we compare and contrast this native NPC structure to one that exhibits reduced transport activity and unveil the spatial properties of the NPC gate.
履歴
登録2015年5月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年6月17日-
マップ公開2015年7月1日-
更新2015年9月23日-
現状2015年9月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4.9
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4.9
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3005.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3005.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Recommended UCSF Chimera hide dust setting: size 315.0
ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.6 Å
密度
表面レベル登録者による: 4.9 / ムービー #1: 4.9
最小 - 最大-25.057827 - 60.734989169999999
平均 (標準偏差)0.0 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 1689.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z6.66.66.6
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1689.6001689.6001689.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-21-120
NX/NY/NZ432573
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-25.05860.735-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : X. laevis nuclear pore complex

全体名称: X. laevis nuclear pore complex
要素
  • 試料: X. laevis nuclear pore complex
  • タンパク質・ペプチド: Nuclear pore complex核膜孔

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超分子 #1000: X. laevis nuclear pore complex

超分子名称: X. laevis nuclear pore complex / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The sample is spreaded X. laevis nuclear envelope containing nuclear pore complexes
Number unique components: 1

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分子 #1: Nuclear pore complex

分子名称: Nuclear pore complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: NPC / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / 細胞: Oocyte / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: Nuclear envelope

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 5.5 µm
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 °
日付2013年6月10日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均電子線量: 20 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Whole micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: TOM / 詳細: Protomer averaging, subprotomer averaging / 使用したサブトモグラム数: 5478

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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