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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30007 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of phosphoketolase from Bifidobacterium longum | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 フルクトース-6-リン酸ホスホケトラーゼ / fructose-6-phosphate phosphoketolase activity / carbohydrate metabolic process 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bifidobacterium longum subsp. longum F8 (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Nakata K / Miyazaki N / Yamaguchi H / Hirose M / Miyano H / Mizukoshi T / Kashiwagi T / Iwasaki K | |||||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2022 タイトル: High-resolution structure of phosphoketolase from Bifidobacterium longum determined by cryo-EM single-particle analysis. 著者: Kunio Nakata / Naoyuki Miyazaki / Hiroki Yamaguchi / Mika Hirose / Tatsuki Kashiwagi / Nidamarthi H V Kutumbarao / Osamu Miyashita / Florence Tama / Hiroshi Miyano / Toshimi Mizukoshi / Kenji Iwasaki / 要旨: In bifidobacteria, phosphoketolase (PKT) plays a key role in the central hexose fermentation pathway called "bifid shunt." The three-dimensional structure of PKT from Bifidobacterium longum with co- ...In bifidobacteria, phosphoketolase (PKT) plays a key role in the central hexose fermentation pathway called "bifid shunt." The three-dimensional structure of PKT from Bifidobacterium longum with co-enzyme thiamine diphosphate (ThDpp) was determined at 2.1 Å resolution by cryo-EM single-particle analysis using 196,147 particles to build up the structural model of a PKT octamer related by D symmetry. Although the cryo-EM structure of PKT was almost identical to the X-ray crystal structure previously determined at 2.2 Å resolution, several interesting structural features were observed in the cryo-EM structure. Because this structure was solved at relatively high resolution, it was observed that several amino acid residues adopt multiple conformations. Among them, Q546-D547-H548-N549 (the QN-loop) demonstrate the largest structural change, which seems to be related to the enzymatic function of PKT. The QN-loop is at the entrance to the substrate binding pocket. The minor conformer of the QN-loop is similar to the conformation of the QN-loop in the crystal structure. The major conformer is located further from ThDpp than the minor conformer. Interestingly, the major conformer in the cryo-EM structure of PKT resembles the corresponding loop structure of substrate-bound Escherichia coli transketolase. That is, the minor and major conformers may correspond to "closed" and "open" states for substrate access, respectively. Moreover, because of the high-resolution analysis, many water molecules were observed in the cryo-EM structure of PKT. Structural features of the water molecules in the cryo-EM structure are discussed and compared with water molecules observed in the crystal structure. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30007.map.gz | 17.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30007-v30.xml emd-30007.xml | 14.8 KB 14.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_30007_fsc.xml | 12.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_30007.png | 161.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30007 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30007 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30007.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.87 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Phosphoketolase with thiamine-diphophate
全体 | 名称: Phosphoketolase with thiamine-diphophate |
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要素 |
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-超分子 #1: Phosphoketolase with thiamine-diphophate
超分子 | 名称: Phosphoketolase with thiamine-diphophate / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Bifidobacterium longum subsp. longum F8 (バクテリア) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pET24 |
-分子 #1: Phosphoketolase
分子 | 名称: Phosphoketolase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO EC番号: フルクトース-6-リン酸ホスホケトラーゼ |
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由来(天然) | 生物種: Bifidobacterium longum subsp. longum F8 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 93.450016 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MTSPVIGTPW KKLNAPVSEE ALEGVDKYWR VANYLSIGQI YLRSNPLMKE PFTREDVKHR LVGHWGTTPG LNFLIGHINR FIADHGQNT VIIMGPGHGG PAGTSQSYLD GTYTETFPKI TKDEAGLQKF FRQFSYPGGI PSHFAPETPG SIHEGGELGY A LSHAYGAI ...文字列: MTSPVIGTPW KKLNAPVSEE ALEGVDKYWR VANYLSIGQI YLRSNPLMKE PFTREDVKHR LVGHWGTTPG LNFLIGHINR FIADHGQNT VIIMGPGHGG PAGTSQSYLD GTYTETFPKI TKDEAGLQKF FRQFSYPGGI PSHFAPETPG SIHEGGELGY A LSHAYGAI MDNPSLFVPA IVGDGEAETG PLATGWQSNK LVNPRTDGIV LPILHLNGYK IANPTILSRI SDEELHEFFH GM GYEPYEF VAGFDDEDHM SIHRRFAELW ETIWDEICDI KATAQTDNVH RPFYPMLIFR TPKGWTCPKY IDGKKTEGSW RSH QVPLAS ARDTEAHFEV LKNWLESYKP EELFDANGAV KDDVLAFMPK GELRIGANPN ANGGVIRNDL KLPNLEDYEV KEVA EYGHG WGQLEATRTL GAYTRDIIKN NPRDFRIFGP DETASNRLQA SYEVTNKQWD AGYISDEVDE HMHVSGQVVE QLSEH QMEG FLEAYLLTGR HGIWSSYESF VHVIDSMLNQ HAKWLEATVR EIPWRKPIAS MNLLVSSHVW RQDHNGFSHQ DPGVTS VLL NKCFHNDHVI GIYFATDANM LLAIAEKCYK STNKINAIIA GKQPAATWLT LDEARAELEK GAAAWDWAST AKNNDEA EV VLAAAGDVPT QEIMAASDKL KELGVKFKVV NVADLLSLQS AKENDEALTD EEFADIFTAD KPVLFAYHSY AHDVRGLI Y DRPNHDNFNV HGYEEEGSTT TPYDMVRVNR IDRYELTAEA LRMIDADKYA DKIDELEKFR DEAFQFAVDN GYDHPDYTD WVYSGVNTDK KGAVTATAAT AGDNEHHHHH H |
-分子 #2: THIAMINE DIPHOSPHATE
分子 | 名称: THIAMINE DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 8 / 式: TPP |
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分子量 | 理論値: 425.314 Da |
Chemical component information | ChemComp-TPP: |
-分子 #3: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 8 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-分子 #4: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2967 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 10 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 9 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: MOLYBDENUM / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.75 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 実像数: 2897 / 平均露光時間: 45.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |