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- EMDB-29413: EM map of S. cerevisiae Rad24-RFC loading the 9-1-1 clamp onto a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29413
タイトルEM map of S. cerevisiae Rad24-RFC loading the 9-1-1 clamp onto a 10-nt gapped DNA in step 2 (open 9-1-1 ring and flexibly bound chamber DNA)
マップデータEM map of S. cerevisiae Rad24-RFC loading the 9-1-1 clamp onto a 10-nt gapped DNA in step 2 (open 9-1-1 ring and flexibly bound chamber DNA)
試料
  • 複合体: Rad24-RFC-911 clamp-DNA
    • 複合体: DNAデオキシリボ核酸
      • DNA: x 3種
    • 複合体: Proteins complexタンパク質
      • タンパク質・ペプチド: x 3種
  • タンパク質・ペプチド: x 5種
  • リガンド: x 3種
キーワードDNA damage repair (DNA修復) / Rad24-RFC / 9-1-1 clamp / DNA clamp (DNAクランプ) / alternative clamp loader / DNA damage signaling / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex / CELL CYCLE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


meiotic DNA integrity checkpoint signaling / checkpoint clamp complex / DNA clamp unloading / Rad17 RFC-like complex / Elg1 RFC-like complex / DNA replication factor C complex / Ctf18 RFC-like complex / DNA clamp loader activity / Polymerase switching / telomere maintenance via recombination ...meiotic DNA integrity checkpoint signaling / checkpoint clamp complex / DNA clamp unloading / Rad17 RFC-like complex / Elg1 RFC-like complex / DNA replication factor C complex / Ctf18 RFC-like complex / DNA clamp loader activity / Polymerase switching / telomere maintenance via recombination / nuclease activity / DNA replication checkpoint signaling / Activation of ATR in response to replication stress / mitotic DNA replication checkpoint signaling / reciprocal meiotic recombination / 相同組換え / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / sister chromatid cohesion / mitotic sister chromatid cohesion / leading strand elongation / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / subtelomeric heterochromatin formation / DNAミスマッチ修復 / telomere maintenance / meiotic cell cycle / DNA damage checkpoint signaling / nucleotide-excision repair / double-strand break repair via homologous recombination / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / site of double-strand break / double-stranded DNA binding / chromosome, telomeric region / damaged DNA binding / DNA修復 / chromatin binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Ddc1 / DNA damage checkpoint control protein Rad17 / Rad17 P-loop domain / Checkpoint protein Hus1/Mec3 / Hus1-like protein / Checkpoint protein Rad17/Rad24 / Checkpoint protein Rad17/Rad24, fungi/metazoa / Rad1/Rec1/Rad17 / Rad9/Ddc1 / Repair protein Rad1/Rec1/Rad17 ...Ddc1 / DNA damage checkpoint control protein Rad17 / Rad17 P-loop domain / Checkpoint protein Hus1/Mec3 / Hus1-like protein / Checkpoint protein Rad17/Rad24 / Checkpoint protein Rad17/Rad24, fungi/metazoa / Rad1/Rec1/Rad17 / Rad9/Ddc1 / Repair protein Rad1/Rec1/Rad17 / Replication factor C, C-terminal / Replication factor C C-terminal domain / : / DNA polymerase III, delta subunit / DNA polymerase III, clamp loader complex, gamma/delta/delta subunit, C-terminal / : / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DDC1 isoform 1 / DNA damage checkpoint control protein RAD17 / Checkpoint protein RAD24 / Replication factor C subunit 5 / Replication factor C subunit 3 / Replication factor C subunit 4 / Replication factor C subunit 2 / DNA damage checkpoint control protein MEC3
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物) / Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Zheng F / Georgescu R / Yao YN / O'Donnell ME / Li H
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM131754 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM115809 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023
タイトル: Structures of 9-1-1 DNA checkpoint clamp loading at gaps from start to finish and ramification to biology.
著者: Fengwei Zheng / Roxana E Georgescu / Nina Y Yao / Michael E O'Donnell / Huilin Li /
要旨: Recent structural studies show the Rad24-RFC loads the 9-1-1 checkpoint clamp onto a recessed 5' end by binding the 5' DNA on Rad24 at an external surface site and threading the 3' ssDNA into the ...Recent structural studies show the Rad24-RFC loads the 9-1-1 checkpoint clamp onto a recessed 5' end by binding the 5' DNA on Rad24 at an external surface site and threading the 3' ssDNA into the well-established internal chamber and into 9-1-1. We find here that Rad24-RFC loads 9-1-1 onto DNA gaps in preference to a recessed 5' DNA end, thus presumably leaving 9-1-1 on a 3' ss/ds DNA after Rad24-RFC ejects from the 5' gap end and may explain reports of 9-1-1 directly functioning in DNA repair with various TLS polymerases, in addition to signaling the ATR kinase. To gain a deeper understanding of 9-1-1 loading at gaps we report high-resolution structures of Rad24-RFC during loading of 9-1-1 onto 10-nt and 5-nt gapped DNAs. At a 10-nt gap we captured five Rad24-RFC-9-1-1 loading intermediates in which the 9-1-1 DNA entry gate varies from fully open to fully closed around DNA using ATPγS, supporting the emerging view that ATP hydrolysis is not needed for clamp opening/closing, but instead for dissociation of the loader from the clamp encircling DNA. The structure of Rad24-RFC-9-1-1 at a 5-nt gap shows a 180° axially rotated 3'-dsDNA which orients the template strand to bridge the 3'- and 5'- junctions with a minimum 5-nt ssDNA. The structures reveal a unique loop on Rad24 that limits the length of dsDNA in the inner chamber, and inability to melt DNA ends unlike RFC, thereby explaining Rad24-RFC's preference for a preexisting ssDNA gap and suggesting a direct role in gap repair in addition to its checkpoint role.
履歴
登録2023年1月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月14日-
マップ公開2023年6月14日-
更新2023年6月14日-
現状2023年6月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29413.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29413.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EM map of S. cerevisiae Rad24-RFC loading the 9-1-1 clamp onto a 10-nt gapped DNA in step 2 (open 9-1-1 ring and flexibly bound chamber DNA)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.828 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.12
最小 - 最大-0.9865499 - 1.499062
平均 (標準偏差)-0.00019707673 (±0.02788455)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 347.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_29413_half_map_1.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_29413_half_map_2.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Rad24-RFC-911 clamp-DNA

全体名称: Rad24-RFC-911 clamp-DNA
要素
  • 複合体: Rad24-RFC-911 clamp-DNA
    • 複合体: DNAデオキシリボ核酸
      • DNA: Template strand転写 (生物学)
      • DNA: Primer strand 1
      • DNA: Primer strand 2
    • 複合体: Proteins complexタンパク質
      • タンパク質・ペプチド: DNA damage checkpoint control protein MEC3
      • タンパク質・ペプチド: DNA damage checkpoint control protein RAD17
      • タンパク質・ペプチド: DDC1 isoform 1
  • タンパク質・ペプチド: Checkpoint protein RAD24
  • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 4
  • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 3
  • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 2
  • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 5
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

+
超分子 #1: Rad24-RFC-911 clamp-DNA

超分子名称: Rad24-RFC-911 clamp-DNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #6-#11

+
超分子 #2: DNA

超分子名称: DNA / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #9-#11 / 詳細: synthetic DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

+
超分子 #3: Proteins complex

超分子名称: Proteins complex / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6-#8
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
分子 #1: Checkpoint protein RAD24

分子名称: Checkpoint protein RAD24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 62.721418 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MDSTNLNKRP LLQYSLSSLG SQITKWSSSR PTSPVRKARS TENDFLSKQD TSSILPSIND DGGEQWYEKF KPNCLEQVAI HKRKLKDVQ EALDAMFLPN AKHRILLLSG PSGCSKSTVI KELSKILVPK YRQNSNGTSF RSTPNEHKVT EFRGDCIVND L PQMESFSE ...文字列:
MDSTNLNKRP LLQYSLSSLG SQITKWSSSR PTSPVRKARS TENDFLSKQD TSSILPSIND DGGEQWYEKF KPNCLEQVAI HKRKLKDVQ EALDAMFLPN AKHRILLLSG PSGCSKSTVI KELSKILVPK YRQNSNGTSF RSTPNEHKVT EFRGDCIVND L PQMESFSE FLKGARYLVM SNLSLILIED LPNVFHIDTR RRFQQLILQW LYSSEPLLPP LVICITECEI PENDNNYRKF GI DYTFSAE TIMNKEILMH PRLKRIKFNP INSTLLKKHL KFICVQNMKM LKEKNKWNKR QEVIDYIAQE TGDIRSAITT LQF WATSSG SLPISTREST ISYFHAIGKV IHGSHSTNND NEMINNLFEN SNNLLSKEDF KLGILENYNT FNKGEFSISD ASSI VDCLS ECDNMNGLPE SNEYGLREVR KTFRNISKQG HNHGTVYFPR EWKVRKLQNS FKVQAEDWLN VSLYKYNAVH SFRNI TLEF GYYAPLIRKC QSYKKKYILY YLKNLPSGSS GPKQTMDKFS DIMKVENGID VVDRIGGPIE

+
分子 #2: Replication factor C subunit 4

分子名称: Replication factor C subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 36.201039 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSKTLSLQLP WVEKYRPQVL SDIVGNKETI DRLQQIAKDG NMPHMIISGM PGIGKTTSVH CLAHELLGRS YADGVLELNA SDDRGIDVV RNQIKHFAQK KLHLPPGKHK IVILDEADSM TAGAQQALRR TMELYSNSTR FAFACNQSNK IIEPLQSRCA I LRYSKLSD ...文字列:
MSKTLSLQLP WVEKYRPQVL SDIVGNKETI DRLQQIAKDG NMPHMIISGM PGIGKTTSVH CLAHELLGRS YADGVLELNA SDDRGIDVV RNQIKHFAQK KLHLPPGKHK IVILDEADSM TAGAQQALRR TMELYSNSTR FAFACNQSNK IIEPLQSRCA I LRYSKLSD EDVLKRLLQI IKLEDVKYTN DGLEAIIFTA EGDMRQAINN LQSTVAGHGL VNADNVFKIV DSPHPLIVKK ML LASNLED SIQILRTDLW KKGYSSIDIV TTSFRVTKNL AQVKESVRLE MIKEIGLTHM RILEGVGTYL QLASMLAKIH KLN NKA

+
分子 #3: Replication factor C subunit 3

分子名称: Replication factor C subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 37.841051 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSTSTEKRSK ENLPWVEKYR PETLDEVYGQ NEVITTVRKF VDEGKLPHLL FYGPPGTGKT STIVALAREI YGKNYSNMVL ELNASDDRG IDVVRNQIKD FASTRQIFSK GFKLIILDEA DAMTNAAQNA LRRVIERYTK NTRFCVLANY AHKLTPALLS R CTRFRFQP ...文字列:
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+
分子 #4: Replication factor C subunit 2

分子名称: Replication factor C subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 39.794473 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MFEGFGPNKK RKISKLAAEQ SLAQQPWVEK YRPKNLDEVT AQDHAVTVLK KTLKSANLPH MLFYGPPGTG KTSTILALTK ELYGPDLMK SRILELNASD ERGISIVREK VKNFARLTVS KPSKHDLENY PCPPYKIIIL DEADSMTADA QSALRRTMET Y SGVTRFCL ...文字列:
MFEGFGPNKK RKISKLAAEQ SLAQQPWVEK YRPKNLDEVT AQDHAVTVLK KTLKSANLPH MLFYGPPGTG KTSTILALTK ELYGPDLMK SRILELNASD ERGISIVREK VKNFARLTVS KPSKHDLENY PCPPYKIIIL DEADSMTADA QSALRRTMET Y SGVTRFCL ICNYVTRIID PLASRCSKFR FKALDASNAI DRLRFISEQE NVKCDDGVLE RILDISAGDL RRGITLLQSA SK GAQYLGD GKNITSTQVE ELAGVVPHDI LIEIVEKVKS GDFDEIKKYV NTFMKSGWSA ASVVNQLHEY YITNDNFDTN FKN QISWLL FTTDSRLNNG TNEHIQLLNL LVKISQL

+
分子 #5: Replication factor C subunit 5

分子名称: Replication factor C subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 39.993582 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSLWVDKYRP KSLNALSHNE ELTNFLKSLS DQPRDLPHLL LYGPNGTGKK TRCMALLESI FGPGVYRLKI DVRQFVTASN RKLELNVVS SPYHLEITPS DMGNNDRIVI QELLKEVAQM EQVDFQDSKD GLAHRYKCVI INEANSLTKD AQAALRRTME K YSKNIRLI ...文字列:
MSLWVDKYRP KSLNALSHNE ELTNFLKSLS DQPRDLPHLL LYGPNGTGKK TRCMALLESI FGPGVYRLKI DVRQFVTASN RKLELNVVS SPYHLEITPS DMGNNDRIVI QELLKEVAQM EQVDFQDSKD GLAHRYKCVI INEANSLTKD AQAALRRTME K YSKNIRLI MVCDSMSPII APIKSRCLLI RCPAPSDSEI STILSDVVTN ERIQLETKDI LKRIAQASNG NLRVSLLMLE SM ALNNELA LKSSSPIIKP DWIIVIHKLT RKIVKERSVN SLIECRAVLY DLLAHCIPAN IILKELTFSL LDVETLNTTN KSS IIEYSS VFDERLSLGN KAIFHLEGFI AKVMCCLD

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分子 #6: DNA damage checkpoint control protein MEC3

分子名称: DNA damage checkpoint control protein MEC3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 53.207797 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MKLKLIVNGC EAPDDYKLLR TTINTVASLR KTAILRFNSE RLTIISTPKS SLNSSNNGTI LRGDTGQLWC TIPHDVFRLY TVISARELN TITMECNCDS LLSVFKRYDR VMNQGSSSNM TIKLQSMPEW NTNNGTLSGG TAGGVDTTSK PNPICALGIT F EEIVHTSG ...文字列:
MKLKLIVNGC EAPDDYKLLR TTINTVASLR KTAILRFNSE RLTIISTPKS SLNSSNNGTI LRGDTGQLWC TIPHDVFRLY TVISARELN TITMECNCDS LLSVFKRYDR VMNQGSSSNM TIKLQSMPEW NTNNGTLSGG TAGGVDTTSK PNPICALGIT F EEIVHTSG PNDAIVMNGG VDEHNGLPTT VGTGNLLASN KVIMHSFKVP VKLLFRAQDT RIQEPMINYI QLMMYKLPPI SG EFGSAFH GFIRRVERYS NVNHIHLMGV KKKEHGNEGD DVELKIIVNE LDWHLEICWN GPLDSVIQRQ EGLTDNPSQN QHI DTDGRQ EEGSLPIIEA DKPMSSLYTN TRDREMEENI RYDEDLLRIE DSSIADTRGN IYTADTSGDT EFNDISVMVE KAEQ ESSST HEVIIRCKDW KVCSKLYAAF EEVVLAISHD ESCVFHCSLD RGSLEDSEDV EKPRERGQII YYIARSKGL

+
分子 #7: DNA damage checkpoint control protein RAD17

分子名称: DNA damage checkpoint control protein RAD17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 45.637527 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MRINSELANK FSASTVHLEH ITTALSCLTP FGSKDDVLIF IDADGLSFVR ENNHVIKIQL LLSRELFMSY SYRNETEDHM KLCVKINHI LDSVSVMNRN SDDIVECTLS YDGHGSPFVL IFEDSFISER VEYSTYLIKD FDTNGLELDR ERISFEAIIK G EALHSALK ...文字列:
MRINSELANK FSASTVHLEH ITTALSCLTP FGSKDDVLIF IDADGLSFVR ENNHVIKIQL LLSRELFMSY SYRNETEDHM KLCVKINHI LDSVSVMNRN SDDIVECTLS YDGHGSPFVL IFEDSFISER VEYSTYLIKD FDTNGLELDR ERISFEAIIK G EALHSALK DLKEIGCKEC YVYAKTEAND ENVFALISKS QLGFSKIKLP SNRSILEKLQ VFDGDSTTVI DGFAVIGFFD FT SFDKIRK STKIASKVLF RMDVHGVLSV NILSQTDDVI ITDTTRPSNN RPGSIRQLQL PKDYPGIVIE VCMLEKESID EAA QTEIEL LMETNELGNR NSFKKSTIRK RYGTDKGNET SNDNLLQLNG KKIKLPSEEE NNKNRESEDE ENHCKYPTKD IPIF F

+
分子 #8: DDC1 isoform 1

分子名称: DDC1 isoform 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 69.7875 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSFKATITES GKQNIWFRAI YVLSTIQDDI KITVTTNELI AWSMNETDTT LCQVRFQKSF FEEYEFKPHE IVFGENGVQV IEDTYGNSH KLYSFRVNGR HLTTISRKPD GDGIKSFTIA VNNTSTCPES LANRLIVVIE MDSLIVKEYC PQFQPIKYDP I IINLKYKR ...文字列:
MSFKATITES GKQNIWFRAI YVLSTIQDDI KITVTTNELI AWSMNETDTT LCQVRFQKSF FEEYEFKPHE IVFGENGVQV IEDTYGNSH KLYSFRVNGR HLTTISRKPD GDGIKSFTIA VNNTSTCPES LANRLIVVIE MDSLIVKEYC PQFQPIKYDP I IINLKYKR RFLDVFGTAA SDRNPQEPLD PKLLDVFTNT ERELTSALFN EEVESDIRKR NQLTAADEIN YICCNSTLLK NF LDNCNVN VTDEVKLEIN VHRLSITAFT KAVYGKNNDL LRNALSMSNT ISTLDLEHYC LFTTIEDEKQ DKRSHSKRRE HMK SIIFKL KDFKNFITIG PSWKTTQDGN DNISLWFCHP GDPILMQMQK PGVKLELVEV TDSNINDDIL EGKFIKTAIS GSKE EAGLK DNKESCESPL KSKTALKREN LPHSVAGTRN SPLKVSYLTP DNGSTVAKTY RNNTARKLFV EEQSQSTNYE QDKRF RQAS SVHMNMNREQ SFDIGTTHEV ACPRNESNSL KRSIADICNE TEDPTQQSTF AKRADTTVTW GKALPAADDE VSCSNI DRK GMLKKEKLKH MQGLLNSQND TSNHKKQDNK EMEDGLGLTQ VEKPRGIFD

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分子 #9: Template strand

分子名称: Template strand / タイプ: dna / ID: 9 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 15.389855 KDa
配列文字列:
(DC)(DG)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DG)(DG)(DC) (DG)(DA)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DC)(DC)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DG)(DC) (DC) (DG)(DT)(DA)(DG)(DC)(DG)(DA)(DG) (DC)(DC)

+
分子 #10: Primer strand 1

分子名称: Primer strand 1 / タイプ: dna / ID: 10 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 6.464172 KDa
配列文字列:
(DG)(DG)(DC)(DT)(DC)(DG)(DC)(DT)(DA)(DC) (DG)(DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DG)(DG) (DA)

+
分子 #11: Primer strand 2

分子名称: Primer strand 2 / タイプ: dna / ID: 11 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 6.08494 KDa
配列文字列:
(DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DT)(DC) (DG)(DC)(DC)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DC)(DG)

+
分子 #12: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 4 / 式: AGS
分子量理論値: 523.247 Da
Chemical component information

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-γ-S / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

+
分子 #13: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 4 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #14: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
最大 デフォーカス（公称値）: 1.9000000000000001 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 64.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7sgz

初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 347098
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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