+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-28961 | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of the human BCDX2 complex | ||||||||||||||||||||||||||||||
マップデータ | EM map, MRC format. | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
キーワード | DNA binding protein (DNA結合タンパク質) / ATP binding domain / homologous recombination (相同組換え) / RAD51 paralog / RECOMBINATION (遺伝的組換え) | ||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 meiotic DNA recombinase assembly / Rad51C-XRCC3 complex / Rad51B-Rad51C-Rad51D-XRCC2 complex / female meiosis sister chromatid cohesion / blastocyst growth / crossover junction DNA endonuclease activity / somite development / DNA strand invasion / telomere maintenance via recombination / Impaired BRCA2 binding to PALB2 ...meiotic DNA recombinase assembly / Rad51C-XRCC3 complex / Rad51B-Rad51C-Rad51D-XRCC2 complex / female meiosis sister chromatid cohesion / blastocyst growth / crossover junction DNA endonuclease activity / somite development / DNA strand invasion / telomere maintenance via recombination / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / gamma-tubulin binding / reciprocal meiotic recombination / regulation of fibroblast apoptotic process / sister chromatid cohesion / centrosome cycle / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / positive regulation of neurogenesis / ATP-dependent DNA damage sensor activity / male meiosis I / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / response to X-ray / ATP-dependent activity, acting on DNA / interstrand cross-link repair / somitogenesis / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / telomere maintenance / 神経発生 / meiotic cell cycle / DNA複製 / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / response to gamma radiation / double-strand break repair via homologous recombination / multicellular organism growth / HDR through Homologous Recombination (HRR) / 遺伝的組換え / single-stranded DNA binding / mitotic cell cycle / 細胞結合 / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / double-stranded DNA binding / 精子形成 / DNA recombination / in utero embryonic development / negative regulation of neuron apoptotic process / chromosome, telomeric region / regulation of cell cycle / intracellular membrane-bounded organelle / DNA修復 / 中心体 / positive regulation of cell population proliferation / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / ミトコンドリア / DNA binding / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Jia L / Wasmuth EV / Ruben EA / Sung P / Rawal Y / Greene EC / Meir A / Olsen SK | ||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 9件
| ||||||||||||||||||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2023 タイトル: Structural insights into BCDX2 complex function in homologous recombination. 著者: Yashpal Rawal / Lijia Jia / Aviv Meir / Shuo Zhou / Hardeep Kaur / Eliza A Ruben / Youngho Kwon / Kara A Bernstein / Maria Jasin / Alexander B Taylor / Sandeep Burma / Robert Hromas / ...著者: Yashpal Rawal / Lijia Jia / Aviv Meir / Shuo Zhou / Hardeep Kaur / Eliza A Ruben / Youngho Kwon / Kara A Bernstein / Maria Jasin / Alexander B Taylor / Sandeep Burma / Robert Hromas / Alexander V Mazin / Weixing Zhao / Daohong Zhou / Elizabeth V Wasmuth / Eric C Greene / Patrick Sung / Shaun K Olsen / 要旨: Homologous recombination (HR) fulfils a pivotal role in the repair of DNA double-strand breaks and collapsed replication forks. HR depends on the products of several paralogues of RAD51, including ...Homologous recombination (HR) fulfils a pivotal role in the repair of DNA double-strand breaks and collapsed replication forks. HR depends on the products of several paralogues of RAD51, including the tetrameric complex of RAD51B, RAD51C, RAD51D and XRCC2 (BCDX2). BCDX2 functions as a mediator of nucleoprotein filament assembly by RAD51 and single-stranded DNA (ssDNA) during HR, but its mechanism remains undefined. Here we report cryogenic electron microscopy reconstructions of human BCDX2 in apo and ssDNA-bound states. The structures reveal how the amino-terminal domains of RAD51B, RAD51C and RAD51D participate in inter-subunit interactions that underpin complex formation and ssDNA-binding specificity. Single-molecule DNA curtain analysis yields insights into how BCDX2 enhances RAD51-ssDNA nucleoprotein filament assembly. Moreover, our cryogenic electron microscopy and functional analyses explain how RAD51C alterations found in patients with cancer inactivate DNA binding and the HR mediator activity of BCDX2. Our findings shed light on the role of BCDX2 in HR and provide a foundation for understanding how pathogenic alterations in BCDX2 impact genome repair. | ||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_28961.map.gz | 32.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-28961-v30.xml emd-28961.xml | 21.8 KB 21.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_28961_fsc.xml | 11.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_28961.png | 150.3 KB | ||
マスクデータ | emd_28961_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_28961_half_map_1.map.gz emd_28961_half_map_2.map.gz | 59.4 MB 59.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28961 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28961 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8fazMC 8gbjC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_28961.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | EM map, MRC format. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.87 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_28961_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map A
ファイル | emd_28961_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half Map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map B
ファイル | emd_28961_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half Map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM structure of the human heterotetrameric BCDX2 complex
全体 | 名称: Cryo-EM structure of the human heterotetrameric BCDX2 complex |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Cryo-EM structure of the human heterotetrameric BCDX2 complex
超分子 | 名称: Cryo-EM structure of the human heterotetrameric BCDX2 complex タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: DNA repair protein RAD51 homolog 2
分子 | 名称: DNA repair protein RAD51 homolog 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 39.125855 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MGSKKLKRVG LSQELCDRLS RHQILTCQDF LCLSPLELMK VTGLSYRGVH ELLCMVSRAC APKMQTAYGI KAQRSADFSP AFLSTTLSA LDEALHGGVA CGSLTEITGP PGCGKTQFCI MMSILATLPT NMGGLEGAVV YIDTESAFSA ERLVEIAESR F PRYFNTEE ...文字列: MGSKKLKRVG LSQELCDRLS RHQILTCQDF LCLSPLELMK VTGLSYRGVH ELLCMVSRAC APKMQTAYGI KAQRSADFSP AFLSTTLSA LDEALHGGVA CGSLTEITGP PGCGKTQFCI MMSILATLPT NMGGLEGAVV YIDTESAFSA ERLVEIAESR F PRYFNTEE KLLLTSSKVH LYRELTCDEV LQRIESLEEE IISKGIKLVI LDSVASVVRK EFDAQLQGNL KERNKFLARE AS SLKYLAE EFSIPVILTN QITTHLSGAL ASQADLVSPA DDLSLSEGTS GSSCVIAALG NTWSHSVNTR LILQYLDSER RQI LIAKSP LAPFTSFVYT IKEEGLVLQA YGNSHHHHHH UniProtKB: DNA repair protein RAD51 homolog 2 |
-分子 #2: DNA repair protein RAD51 homolog 3
分子 | 名称: DNA repair protein RAD51 homolog 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 42.244609 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MRGKTFRFEM QRDLVSFPLS PAVRVKLVSA GFQTAEELLE VKPSELSKEV GISKAEALET LQIIRRECLT NKPRYAGTSE SHKKCTALE LLEQEHTQGF IITFCSALDD ILGGGVPLMK TTEICGAPGV GKTQLCMQLA VDVQIPECFG GVAGEAVFID T EGSFMVDR ...文字列: MRGKTFRFEM QRDLVSFPLS PAVRVKLVSA GFQTAEELLE VKPSELSKEV GISKAEALET LQIIRRECLT NKPRYAGTSE SHKKCTALE LLEQEHTQGF IITFCSALDD ILGGGVPLMK TTEICGAPGV GKTQLCMQLA VDVQIPECFG GVAGEAVFID T EGSFMVDR VVDLATACIQ HLQLIAEKHK GEEHRKALED FTLDNILSHI YYFRCRDYTE LLAQVYLLPD FLSEHSKVRL VI VDGIAFP FRHDLDDLSL RTRLLNGLAQ QMISLANNHR LAVILTNQMT TKIDRNQALL VPALGESWGH AATIRLIFHW DRK QRLATL YKSPSQKECT VLFQIKPQGF RDTVVTSACS LQTEGSLSTR KRSRDPEEEL UniProtKB: DNA repair protein RAD51 homolog 3 |
-分子 #3: DNA repair protein RAD51 homolog 4
分子 | 名称: DNA repair protein RAD51 homolog 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 35.084254 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MGVLRVGLCP GLTEEMIQLL RSHRIKTVVD LVSADLEEVA QKCGLSYKAL VALRRVLLAQ FSAFPVNGAD LYEELKTSTA ILSTGIGSL DKLLDAGLYT GEVTEIVGGP GSGKTQVCLC MAANVAHGLQ QNVLYVDSNG GLTASRLLQL LQAKTQDEEE Q AEALRRIQ ...文字列: MGVLRVGLCP GLTEEMIQLL RSHRIKTVVD LVSADLEEVA QKCGLSYKAL VALRRVLLAQ FSAFPVNGAD LYEELKTSTA ILSTGIGSL DKLLDAGLYT GEVTEIVGGP GSGKTQVCLC MAANVAHGLQ QNVLYVDSNG GLTASRLLQL LQAKTQDEEE Q AEALRRIQ VVHAFDIFQM LDVLQELRGT VAQQVTGSSG TVKVVVVDSV TAVVSPLLGG QQREGLALMM QLARELKTLA RD LGMAVVV TNHITRDRDS GRLKPALGRS WSFVPSTRIL LDTIEGAGAS GGRRMACLAK SSRQPTGFQE MVDIGTWGTS EQS ATLQGD QT UniProtKB: DNA repair protein RAD51 homolog 4 |
-分子 #4: DNA repair protein XRCC2
分子 | 名称: DNA repair protein XRCC2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 32.992488 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MCSAFHRAES GTELLARLEG RSSLKEIEPN LFADEDSPVH GDILEFHGPE GTGKTEMLYH LTARCILPKS EGGLEVEVLF IDTDYHFDM LRLVTILEHR LSQSSEEIIK YCLGRFFLVY CSSSTHLLLT LYSLESMFCS HPSLCLLILD SLSAFYWIDR V NGGESVNL ...文字列: MCSAFHRAES GTELLARLEG RSSLKEIEPN LFADEDSPVH GDILEFHGPE GTGKTEMLYH LTARCILPKS EGGLEVEVLF IDTDYHFDM LRLVTILEHR LSQSSEEIIK YCLGRFFLVY CSSSTHLLLT LYSLESMFCS HPSLCLLILD SLSAFYWIDR V NGGESVNL QESTLRKCSQ CLEKLVNDYR LVLFATTQTI MQKASSSSEE PSHASRRLCD VDIDYRPYLC KAWQQLVKHR MF FSKQDDS QSSNQFSLVS RCLKSNSLKK HFFIIGESGV EFCDYKDDDD K UniProtKB: DNA repair protein XRCC2 |
-分子 #5: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: ADP |
---|---|
分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADP: |
-分子 #6: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子 | 名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: ANP |
---|---|
分子量 | 理論値: 506.196 Da |
Chemical component information | ChemComp-ANP: |
-分子 #7: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: MG |
---|---|
分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.9 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 51.0 e/Å2 |